La Unidad de Citometría de Flujo (UCF), se encarga de la asistencia científico-técnica, formación y realización de ensayos por Citometría de Flujo analítica y preparativa en el ISCIII, y se encuentra certificada por AENOR (Norma ISO 9001:2015). Asimismo, realiza labores de formación y colabora ocasionalmente con investigadores externos.

La citometría de flujo es una técnica experimental basada en la unión a sondas fluorescentes de moléculas específicas asociadas a células o partículas, lo cual permite la caracterización fenotípica, bioquímica y molecular de células (o partículas) individuales. Las células son conducidas a través de un flujo en un líquido envolvente y al incidir sobre ellas la luz de uno o varios láseres (a una determinada longitud de onda) las sondas fluorescentes se excitan y emiten luz fluorescente, que es recogida por detectores. Estos, son capaces de convertir la señal lumínica en señal electrónica de una forma proporcional a la intensidad recibida. Asimismo, también se recoge la información relativa al tamaño y a la granularidad celular.