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Investigation

Transcriptomic tools applied to the diagnosis and prognosis of infectious diseases

Research Lines

Content with Investigacion Caracterización molecular de los estafilococcus .

Caracterización molecular de los estafilococcus

​El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:

Estafilococos coagulasa negativa

Identificación:

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

Perfil por PFGE

SSC

mec

MLST

 

Detección de genes

Genes mec

Genes de resistencia

Mecanismos de resistencia al linezolid

Dominio V del gen 23S ARNr

Gen rplC (riboproteína L3)

Gen rplD (riboproteína L4)

Gen rplV (riboproteína L22)

 

 

Staphylococcus aureus

Identificación:

PCR del gen Sau

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

PFGE

MLST

SSC

mec

Spa-tipo

 

Detección de genes

Genes mec

Gen PVL

Toxinas exfoliativas (SST)

Toxina del Shock Tóxico (TSST)

Research projects

Content with Investigacion Caracterización molecular de los estafilococcus .

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoBtuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

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Rabbit trypanosome detection in Phlebotomus perniciosus sand flies from the leishmaniasis outbreak in Madrid,

González E, Molina R, Jiménez M. Rabbit trypanosome detection in Phlebotomus perniciosus sand flies from the leishmaniasis outbreak in Madrid, Spain. Acta Trop 2018, 187:201-206.

PUBMED DOI

Phlebotomine sand fly survey in the focus of leishmaniasis of Madrid, Spain (2012–2014): seasonal dynamics, Leishmania infantum infection rates and blood meal preferences.

González E, Jiménez M, Hernández S, Martín-Martín I, Molina R. Phlebotomine sand fly survey in the focus of leishmaniasis of Madrid, Spain (2012–2014): seasonal dynamics, Leishmania infantum infection rates and blood meal preferences. Parasit Vectors 2017, 10:368.

PUBMED DOI

Methods in Sand Fly Research

Molina R, Jiménez M, Alvar J, González E, Hernández-Taberna S, Martín-Martín Inés. 2017. Methods in Sand Fly Research (R. Molina, M. Jiménez & J. Alvar, edits.). Servicio de Publicaciones Universidad de Alcalá de Henares. ISBN: 978-84-16978-28-1

Kinetics of anti-Phlebotomus perniciosus saliva antibodies in experimentally bitten mice and rabbits.

Martín-Martín I, Molina R, Jiménez M. Kinetics of anti-Phlebotomus perniciosus saliva antibodies in experimentally bitten mice and rabbits. PLoS ONE, November 16, 2015; 10(11):

PUBMED DOI

Identifying salivary antigens of Phlebotomus argentipes by a 2DE approach.

Martín-Martín I, Molina R, Jiménez M. Identifying salivary antigens of Phlebotomus argentipes by a 2DE approach. Acta Trop 2013, 126: 229–239.

PUBMED DOI

Factors associated with Leishmania asymptomatic infection: results from a cross-sectional survey in highland northern Ethiopia

Custodio E, Gadisa E, Sordo L, Cruz I, Moreno J, Nieto J, Chicharro C, Aseffa A, Abraham Z, Hailu T, Cañavate C. Factors associated with Leishmania asymptomatic infection: results from a cross-sectional survey in highland northern Ethiopia. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6(9):e1813.

PUBMED DOI

Cytokine Release Assays as Tests for Exposure to Leishmania, and for Confirming Cure from Leishmaniasis, in Solid Organ Transplant Recipients.

Carrillo E, Carrasco-Antón N, López-Medrano F, Salto E, Fernández L, San Martín JV, Alvar J, Aguado JM, Moreno J. Cytokine Release Assays as Tests for Exposure to Leishmania, and for Confirming Cure from Leishmaniasis, in Solid Organ Transplant Recipients. PLoS Negl Trop Dis. 2015 Oct 23;9(10):e0004179.

PUBMED DOI

Chemotactic Protein 1 in Plasma from Soluble Leishmania Antigen-Stimulated Whole Blood as a Potential Biomarker of the Cellular Immune Response to Leishmania infantum

Ibarra-Meneses AV, Sanchez C, Alvar J, Moreno J, Carrillo E. Monocyte Chemotactic Protein 1 in Plasma from Soluble Leishmania Antigen-Stimulated Whole Blood as a Potential Biomarker of the Cellular Immune Response to Leishmania infantum. Front Immunol. 2017 Sep 29;8:1208.

PUBMED DOI

Cytokines and chemokines measured in dried SLA-stimulated whole blood spots for asymptomatic Leishmania infantum and Leishmania donovani infection.

Ibarra-Meneses AV, Mondal D, Alvar J, Moreno J, Carrillo E. Cytokines and chemokines measured in dried SLA-stimulated whole blood spots for asymptomatic Leishmania infantum and Leishmania donovani infection. Sci Rep. 2017 Dec 8;7(1):17266.

PUBMED DOI

Cellular Markers of Active Disease and Cure in Different Forms of Leishmania infantum-Induced Disease.

Botana L, Matía B, San Martin JV, Romero-Maté A, Castro A, Molina L, Fernandez L, Ibarra-Meneses A, Aguado M, Sánchez C, Horrillo L, Chicharro C, Nieto J, Ortega S, Ruiz-Giardin JM, Carrillo E, Moreno J. Cellular Markers of Active Disease and Cure in Different Forms of Leishmania infantum-Induced Disease. Front Cell Infect Microbiol. 2018 Nov 13;8:381.

PUBMED DOI

Carroll MW et al. Temporal and spatial analysis of the 2014-2015 Ebola virus outbreak in West Africa. Nature.

Carroll MW et al. Temporal and spatial analysis of the 2014-2015 Ebola virus outbreak in West Africa. Nature. 2015 Aug 6;524(7563):97-101. doi: 10.1038/nature14594. Epub 2015 Jun 17. PMID: 26083749. ​

Fernandez-Garcia MD, Meertens L, Chazal M, Hafirassou ML, Dejarnac O, Zamborlini A, Despres P, Sauvonnet N, Arenzana-Seisdedos F, Jouvenet N, Amara A. Vaccine and Wild-Type Strains of Yellow Fever Virus Engage Distinct Entry Mechanisms and Differentially Stimulate Antiviral Immune Responses.

Fernandez-Garcia MD, Meertens L, Chazal M, Hafirassou ML, Dejarnac O, Zamborlini A, Despres P, Sauvonnet N, Arenzana-Seisdedos F, Jouvenet N, Amara A. Vaccine and Wild-Type Strains of Yellow Fever Virus Engage Distinct Entry Mechanisms and Differentially Stimulate Antiviral Immune Responses. mBio. 2016 Feb 9;7(1):e01956-15. doi: 10.1128/mBio.01956-15. PMID: 26861019; PMCID:PMC4752603.

Identification and whole-genome characterization of a recombinant Enterovirus B69 isolated from a patient with Acute Flaccid Paralysis in Niger, 2015

Fernandez-Garcia MD, Majumdar M, Kebe O, Ndiaye K, Martin J. Identification and whole-genome characterization of a recombinant Enterovirus B69 isolated from a patient with Acute Flaccid Paralysis in Niger, 2015. Sci Rep. 2018 Feb 1;8(1):2181. doi: 10.1038/s41598-018-20346-9. PMID: 29391547; PMCID: PMC5795009.

Majumdar M, Sharif S, Klapsa D, Wilton T, Alam MM, Fernandez-Garcia MD, Rehman L, Mujtaba G, McAllister G, Harvala H, Templeton K, Mee ET, Asghar H, Ndiaye K, Minor PD, Martin J. Environmental Surveillance Reveals Complex Enterovirus Circulation Patterns in Human Populations. Open Forum Infect Dis. 2018

Majumdar M, Sharif S, Klapsa D, Wilton T, Alam MM, Fernandez-Garcia MD, Rehman L, Mujtaba G, McAllister G, Harvala H, Templeton K, Mee ET, Asghar H, Ndiaye K, Minor PD, Martin J. Environmental Surveillance Reveals Complex Enterovirus Circulation Patterns in Human Populations. Open Forum Infect Dis. 2018 Oct 1;5(10):ofy250. doi: 10.1093/ofid/ofy250. PMID: 30377626; PMCID: PMC6201154.

Fernandez-Garcia MD, Majumdar M, Kebe O, Fall AD, Kone M, Kande M, Dabo M, Sylla MS, Sompare D, Howard W, Faye O, Martin J, Ndiaye K. Emergence of Vaccine-Derived Polioviruses during Ebola Virus Disease Outbreak, Guinea, 2014-2015.

Fernandez-Garcia MD, Majumdar M, Kebe O, Fall AD, Kone M, Kande M, Dabo M, Sylla MS, Sompare D, Howard W, Faye O, Martin J, Ndiaye K. Emergence of Vaccine-Derived Polioviruses during Ebola Virus Disease Outbreak, Guinea, 2014-2015. Emerg Infect Dis. 2018 Jan;24(1):65-74. doi: 10.3201/eid2401.171174. PMID:29260690; PMCID: PMC5749474.

Tarragó, D.; Mateos, M.-L.; Avellón, A.; Pérez-Vázquez, M.-D.; Tenorio, A.2004

Tarragó, D.; Mateos, M.-L.; Avellón, A.; Pérez-Vázquez, M.-D.; Tenorio, A.2004. Quantitation of Cytomegalovirus DNA in Cerebrospinal Fluid and Serum Specimens from AIDS Patients Using a Novel Highly Sensitive Nested Competitive PCR and the Cobas Amplicor CMV Monitor™ Journal of Medical Virology. 72-2, pp.249-256. ISSN 01466615. 10. Tarragó, D.; Quereda, C.; Tenorio, A.2003. Different cytomegalovirus glycoprotein B genotype distribution in serum and cerebrospinal fluid specimens determined by a novel multiplex nested PCR Journal of Clinical Microbiology. 41-7, pp.2872-2877. ISSN 00951137.

Fernandez-Garcia, Maria Dolores (AC); Kebe, Ousmane; Fall, Aichatou D.; Dia, Hamet; Diop, Ousmane M.; Delpeyroux, Francis; Ndiaye, Kader. 2016.

Fernandez-Garcia, Maria Dolores (AC); Kebe, Ousmane; Fall, Aichatou D.; Dia, Hamet; Diop, Ousmane M.; Delpeyroux, Francis; Ndiaye, Kader. (1/ 7). 2016. Enterovirus A71 Genogroups C and E in Children with Acute Flaccid Paralysis, West Africa EMERGING INFECTIOUS DISEASES. 22-4, pp.753-755. ISSN 1080-6040.

Molecular epidemiology of coxsackievirus B3 infection in Spain, 2004-2015.

K Calderón, M Díaz-de Cerio, C Muñoz-Almagro, N Rabella, I Martínez-Rienda, A Moreno-Docón, G Trallero, M Cabrerizo*. Molecular epidemiology of coxsackievirus B3 infection in Spain, 2004-2015. Arch Virol 161: 1365-1370 (2016).

PUBMED DOI

Development and Evaluation of a Serological Assay for the Diagnosis of Tuberculosis in Alpacas and Llamas.

Development and Evaluation of a Serological Assay for the Diagnosis of Tuberculosis in Alpacas and Llamas. Infantes-Lorenzo, Jose A.; Whitehead, Claire E.; Moreno, Inmaculada; et ál..FRONTIERS IN VETERINARY SCIENCE Volumen: 5 Número de artículo: 189 Fecha de publicación: AUG 13 2018

PUBMED DOI

Influence of the Microenvironment in the Transcriptome of Leishmania infantum Promastigotes: Sand Fly versus Culture

Influence of the Microenvironment in the Transcriptome of Leishmania infantum Promastigotes: Sand Fly versus Culture. Alcolea, Pedro J.; Alonso, Ana; Dominguez, Mercedes; et ál..PLOS NEGLECTED TROPICAL DISEASES Volumen: 10 Número: 5 Número de artículo: e0004693 Fecha de publicación: MAY 2016

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