Transcriptomic tools applied to the diagnosis and prognosis of infectious diseases
Research Lines
Content with Investigacion .
Caracterización molecular de los estafilococcus
El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:
Estafilococos coagulasa negativa
Identificación:
Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico
Por secuencia del gen rpoB
Por secuencia del gen tuf
Marcadores moleculares
Perfil por PFGE
SSC
mec
MLST
Detección de genes
Genes mec
Genes de resistencia
Mecanismos de resistencia al linezolid
Dominio V del gen 23S ARNr
Gen rplC (riboproteína L3)
Gen rplD (riboproteína L4)
Gen rplV (riboproteína L22)
Staphylococcus aureus
Identificación:
PCR del gen Sau
Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico
Por secuencia del gen rpoB
Por secuencia del gen tuf
Marcadores moleculares
PFGE
MLST
SSC
mec
Spa-tipo
Detección de genes
Genes mec
Gen PVL
Toxinas exfoliativas (SST)
Toxina del Shock Tóxico (TSST)
Research projects
Content with Investigacion .
En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.
Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.
Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.
Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.
Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.
También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia".
Publications
Pharmacologic control of homeostatic and antigen-driven proliferation to target HIV-1 persistence
Pharmacologic control of homeostatic and antigen-driven proliferation to target HIV-1 persistence. Innis EA, Levinger C, Szaniawski MA, Williams ESCP, Alcamí J, Bosque A, Schiffer JT, Coiras M, Spivak AM, Planelles V. Biochem Pharmacol. 2021 Oct 26:114816. doi: 10.1016/j.bcp.2021.114816. PMID: 34715067.
PUBMED DOIImpaired Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity in a Spanish Cohort of Patients With COVID-19 Admitted to the ICU.
Impaired Antibody-Dependent Cellular Cytotoxicity in a Spanish Cohort of Patients With COVID-19 Admitted to the ICU. Vigón L, García-Pérez J, Rodríguez-Mora S, Torres M, Mateos E, Castillo de la Osa M, Cervero M, Malo De Molina R, Navarro C, Murciano-Antón MA, García-Gutiérrez V, Planelles V, Alcamí J, Pérez-Olmeda M, López-Huertas MR, Coiras M (AC). Front Immunol. 2021 Sep 20;12:742631. doi: 10.3389/fimmu.2021.742631. eCollection 2021. PMID: 34616404.
PUBMED DOIProvirus reactivation is impaired in HIV-1 infected individuals on treatment with dasatinib and antiretroviral therapy.
Provirus reactivation is impaired in HIV-1 infected individuals on treatment with dasatinib and antiretroviral therapy. Vigón L, Martínez-Román P, Rodríguez-Mora S, Torres M, Puertas MC, Mateos E, Salgado M, Navarro A, Sánchez-Conde M, Ambrosioni J, Cervero M, Wyen C, Hoffmann C, Miró JM, Alcamí J, Podzamczer D, García-Gutiérrez V, Martínez-Picado J, Briz V, Rosa López-Huertas M, Planelles V, Coiras M (AC). Biochem Pharmacol. 2021 Oct;192:114666. doi: 10.1016/j.bcp.2021.114666. PMID: 34186065.
PUBMED DOIKinetics of the invasion and egress processes of Babesia divergens, observed by time-lapse video microscopy.
Sevilla E; González LM; Luque D; Gray J; Montero E. 2018. Kinetics of the invasion and egress processes of Babesia divergens, observed by time-lapse video microscopy. Scientific Reports. 8:14116.DOI: 10.1038/s41598-018-32349-7
PUBMED DOIMisdiagnosis of Babesiosis as Malaria, Equatorial Guinea, 2014.
2. Arsuaga M; González LM; Salvador Padial E; Woubshet Dinkessa A; Sevilla E; Trigo E; Puente S; Gray J; Montero E. 2018. Misdiagnosis of Babesiosis as Malaria, Equatorial Guinea, 2014. Emerging Infectious Diseases.24-8, pp.1588-1589.
PUBMED DOIA fatal case of Babesia divergens infection in Northwestern Spain
3. Asensi V; González LM; Fernández-Suárez J; Sevilla E; Navascués RÁ; Suárez ML; Lauret ME; Bernardo A; Carton JA; Montero E. 2018. A fatal case of Babesia divergens infection in Northwestern Spain. Ticks Tick Borne Dis.9-3, pp.730-734.
PUBMED DOIFirst report of Babesia microti-caused babesiosis in Spain.
Arsuaga M*; Gonzalez LM*; Lobo CA; Calle F; Bautista JM; Azcárate IG; Puente S; Montero E. 2016. First report of Babesia microti-caused babesiosis in Spain. Vector Borne Zoonotic Dis.16-10, pp.677-679. (*)= contribuyeron igualmente en este trabajo.
PUBMED DOIThe efficacy of the ultraviolet C pathogen inactivation system in the reduction of Babesia divergens in pooled buffy coat platelets
Castro E, González LM, Rubio JM, Ramiro R, Gironés N, Montero E. 2014. The efficacy of the ultraviolet C pathogen inactivation system in the reduction of Babesia divergens in pooled buffy coat platelets. Transfusion. 54(9): 2207-2216.
PUBMED DOIClinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak
Ramírez de Arellano E, Saavedra-Lozano J, Villalón P, Jové-Blanco A, Grandioso D, Sotelo J, Gamell A, González-López JJ, Cervantes E, Gónzalez MJ, Rello-Saltor V, Esteva C, Sanz-Santaeufemia F, Yagüe G, Manzanares Á, Brañas P, Ruiz de Gopegui E, Carrasco-Colom J, García F, Cercenado E, Mellado I, Del Castillo E, Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Calvo C; Spanish PedGAS-Net/CIBERINFEC GAS Study Group. Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak. mSphere. 2024 Mar 26;9(3):e0072923
PUBMED DOIAn alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains
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PUBMED DOIEffect of pneumococcal conjugate vaccines and SARS-CoV-2 on antimicrobial resistance and the emergence of Streptococcus pneumoniae serotypes with reduced susceptibility in Spain, 2004-20: a national surveillance study
Sempere J, Llamosí M, López Ruiz B, Del Río I, Pérez-García C, Lago D, Gimeno M, Coronel P, González-Camacho F, Domenech M, Yuste J. Effect of pneumococcal conjugate vaccines and SARS-CoV-2 on antimicrobial resistance and the emergence of Streptococcus pneumoniae serotypes with reduced susceptibility in Spain, 2004-20: a national surveillance study. Lancet Microbe. 2022 Oct;3(10):e744-e752.
PUBMED DOISeconeolitsine, the Novel Inhibitor of DNA Topoisomerase I, Protects against Invasive Pneumococcal Disease Caused by Fluoroquinolone-Resistant Strains
Tirado-Vélez JM, Carreño D, Sevillano D, Alou L, Yuste J, de la Campa AG. Seconeolitsine, the Novel Inhibitor of DNA Topoisomerase I, Protects against Invasive Pneumococcal Disease Caused by Fluoroquinolone-Resistant Strains. Antibiotics. 2021 May 13;10(5):573.
PUBMED DOIMinilungs from Human Embryonic Stem Cells to Study the Interaction of Streptococcus pneumoniae with the Respiratory Tract
Sempere J, Rossi SA, Chamorro-Herrero I, González-Camacho F, de Lucas MP, Rojas-Cabañeros JM, Taborda CP, Zaragoza Ó, Yuste J, Zambrano A. Minilungs from Human Embryonic Stem Cells to Study the Interaction of Streptococcus pneumoniae with the Respiratory Tract. Microbiol Spectr. 2022 Jun 29;10(3):e0045322
PUBMED DOIA national longitudinal study evaluating the activity of cefditoren and other antibiotics against non-susceptible Streptococcus pneumoniae strains during the period 2004-20 in Spain
Sempere J, González-Camacho F, Domenech M, Llamosí M, Del Río I, López-Ruiz B, Gimeno M, Coronel P, Yuste J. A national longitudinal study evaluating the activity of cefditoren and other antibiotics against non-susceptible Streptococcus pneumoniae strains during the period 2004-20 in Spain. J Antimicrob Chemother. 2022 Mar 31;77(4):1045-1051.
PUBMED DOINationwide Trends of Invasive Pneumococcal Disease in Spain From 2009 Through 2019 in Children and Adults During the Pneumococcal Conjugate Vaccine Era
de Miguel S, Domenech M, González-Camacho F, Sempere J, Vicioso D, Sanz JC, Comas LG, Ardanuy C, Fenoll A, Yuste J. Nationwide Trends of Invasive Pneumococcal Disease in Spain From 2009 Through 2019 in Children and Adults During the Pneumococcal Conjugate Vaccine Era. Clin Infect Dis. 2021 Dec 6;73(11):e3778-e3787
PUBMED DOIPulmonary BCG induces lung-resident macrophage activation and confers long-term protection against tuberculosis
7. Mata E, Tarancón R, Guerrero C, Moreo E, Moreau F, Uranga S, Gomez AB, Marinova D, Domenech M, Gonzalez-Camacho F, Monzon M, Badiola J, Dominguez-Andres J, Yuste J, Anel A, Peixoto A, Martin C, Aguilo N. Pulmonary BCG induces lung-resident macrophage activation and confers long-term protection against tuberculosis. Sci Immunol. 2021 Sep 24;6(63):eabc2934
PUBMED DOIVaccination with LytA, LytC, or Pce of Streptococcus pneumoniae Protects against Sepsis by Inducing IgGs That Activate the Complement System
Corsini B, Aguinagalde L, Ruiz S, Domenech M, Yuste J. Vaccination with LytA, LytC, or Pce of Streptococcus pneumoniae Protects against Sepsis by Inducing IgGs That Activate the Complement System. Vaccines. 2021 Feb 23;9(2):186.
PUBMED DOITyrosine kinase 2 modulates splenic B cells through type I IFN and TLR7 signaling.
Bodega-Mayor I, Delgado-Wicke P, Arrabal A, Alegría-Carrasco E, Nicolao-Gómez A, Jaén-Castaño M, Espadas C, Dopazo A, Martín-Gayo E, Gaspar ML, de Andrés B, Fernández-Ruiz E. Cell Mol Life Sci. 2024 Apr 29;81(1):199.
PUBMED DOIRoles of the multiplex real-time PCR assay and β-D-glucan in a high-risk population for intra-abdominal candidiasis (IAC)
Fortún J, Buitrago MJ, Gioia F, Gómez-Gª de la Pedrosa E, Alvarez ME, Martín-Dávila P, Pintado V, Cobeta P, Martinez-Castro N, Soriano C, Moreno I, Corral S, Muñoz P, Moreno-Jimenez G, Cuenca-Estrella M, Moreno-Guillen S. Med Mycol. 2020 Aug 1;58(6):789-796.
PUBMED DOIEuropean collaborative evaluation of the Enzygnost HBsAg 6.0 assay: performance on hepatitis B virus surface antigen variants
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Rodriguez-Pastor, Ruth; Escudero, Raquel; Lambin, Xavier; Vidal, M Dolors; Gil, Horacio; Jado, Isabel; Rodriguez-Vargas, Manuela; Luque-Larena, Juan Jose; Mougeot, Francois. Zoonotic pathogens in fluctuating common vole (Microtus arvalis) populations: occurrence and dynamics. Parasitology. pp. 1 - 10. 24/09/2018.
PUBMED DOILong-range dispersal moved Francisella tularensis into Western Europe from the East
Dwibedi, Chinmay; Birdsell, Dawn; Larkeryd, Adrian; Myrtennas, Kerstin; Ohrman, Caroline; Nilsson, Elin; Karlsson, Edvin; Hochhalter, Christian; Rivera, Andrew; Maltinsky, Sara; Bayer, Brittany; Keim, Paul; Scholz, Holger C; Tomaso, Herbert; Wittwer, Matthias; Beuret, Christian; Schuerch, Nadia; Pilo, Paola; Hernandez Perez, Marta; Rodriguez-Lazaro, David; Escudero, Raquel; Anda, Pedro; Forsman, Mats; Wagner, David M; Larsson, Par; Johansson, Anders. Long-range dispersal moved Francisella tularensis into Western Europe from the East. Microbial genomics. 2 - 12, pp. e000100. 01/01/2016.
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PUBMED DOI