Transcriptomic tools applied to the diagnosis and prognosis of infectious diseases
Research Lines
Content with Investigacion .
Caracterización molecular de los estafilococcus
El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:
Estafilococos coagulasa negativa
Identificación:
Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico
Por secuencia del gen rpoB
Por secuencia del gen tuf
Marcadores moleculares
Perfil por PFGE
SSC
mec
MLST
Detección de genes
Genes mec
Genes de resistencia
Mecanismos de resistencia al linezolid
Dominio V del gen 23S ARNr
Gen rplC (riboproteína L3)
Gen rplD (riboproteína L4)
Gen rplV (riboproteína L22)
Staphylococcus aureus
Identificación:
PCR del gen Sau
Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico
Por secuencia del gen rpoB
Por secuencia del gen tuf
Marcadores moleculares
PFGE
MLST
SSC
mec
Spa-tipo
Detección de genes
Genes mec
Gen PVL
Toxinas exfoliativas (SST)
Toxina del Shock Tóxico (TSST)
Research projects
Content with Investigacion .
En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.
Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.
Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.
Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.
Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.
También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia".
Publications
Molecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand, foot and mouth disease in Spain.
M. Cabrerizo; D. Tarragó; C. Muñoz-Almagro; E. del Amo; M. Domínguez-Gil; J.M.-S. Eiros; I. López-Miragaya; C. Pérez; J. Reina; A. Otero; I. González; J.E. Echevarría; G. Trallero. Molecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand, foot and mouth disease in Spain. Clinical Microbiology and Infection. 20 - 3, pp. O150 - O156. 2014.
PUBMED DOIMolecular epidemiology of the first Spanish enterovirus A71 outbreak associated with severe neurological diseases, 2016.
R Gonzalez-Sanz*, D Casas-Alba, C Launes, C Muñoz-Almagro, M Ruiz-García, MJ Gonzalez-Abad, M Alonso, G Megias, N Rabella, M del Cuerpo, M Gozalo-Margüello, A González-Praetorius, A Martínez-Sapiña, MJ Goyanes-Galán, MP Romero, C Calvo, A Antón, M Imaz, M Aranzamendi, Á Hernandez, A Moreno-Docón, S Rey Cao, A Navascuences, A Otero, M Cabrerizo. Molecular epidemiology of the first Spanish enterovirus A71 outbreak associated with severe neurological diseases, 2016. Euro Surveill. 2019 Feb;24(7).
PUBMED DOIAcute flaccid paralysis (AFP) surveillance: challenges and opportunities from 18 years’ experience, Spain, 1998 to 2015.
J Masa-Calles, N Torner, N López-Perea, MV Torres de Mier, B Fernández-Martínez, M Cabrerizo, V Gallardo-García, C Malo, M Margolles, M Portell, N Abadía, A Blasco, S García-Hernández, H Marcos, N Rabella, C Marín, A Fuentes, I Losada, A Nieto, V García Ortúzar, M García Cenoz, JM Arteagoitia, Á Blanco Martínez, A Rivas, D Castrillejo, Spanish AFP Surveillance Working Group. Acute flaccid paralysis (AFP) surveillance: challenges and opportunities from 18 years’ experience, Spain, 1998 to 2015. EuroSurveill 2018 23(47):pii=1700423.
PUBMED DOIRecommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe.
H Harvala, E Broberg, K Benschop, N Berginc, S Ladhani, P Susi, C Christiansen, J McKenna, D Allen, P Makiello, G McAllister, M Carmen, M Sveinsdottir, K Zakikhany, T Gunnarsdottir, R Dyrdak, X Nielsen, T Madsen, J Paul, C Moore, K von Eije, A Piralla , M Strutt, M Carileir, L Vanoverschelde, R Poelman, A Anton, X López-Labrador, C Galli, K Keeren, M Maier, H Cassidy, S Derdas, C Savolainen-Kopra, S Diedrich, S Nordbø, P Minor, J Buesa, H Yu, Q Liao, JL Bailly, F Baldanti, A MacAdam, N Grossly, A Mirand, S Dudman, I Schuffenecker, S Kadamba, n Neyts, M Griffiths, J Richter, C Margaretto, S Govind, U Morley, S Krokstad, J Dean, M Salort, B Prochazka, H-R Honkanen, M Cabrerizo, M Majumdar, L Pellegrinelli, G Nebbia, M Wiewel, S Cottrell, P Coyle, O Adams, J Martin, S Midgley, P Horby, K Wolthers, B Hubert Niesters, P Simmonds and TK Fischer. Recommendations for enterovirus diagnostics and characterisation within and beyond Europe. J Clin Virol 101: 11-17 (2018).
PUBMED DOIMolecular surveillance of norovirus, 2005-16: an epidemiological analysis of data collected from the NoroNet network.
4. J van Beek, M de Graaf, H Al-Hhello, DJ Allen, K Ambert-Balay, N Botteldoorn, M Brytting, J Buesa, M Cabrerizo, M Chan, F Cloak, I Di Bartolo, S Guix, J Hewitt, N Iritani, M Jin, R Johne, I Lederer, J Mans, V Martella, L Maunula, G McAllister, S Niendorf, HG Niesters, AT Podkolzin, M Poljsak-Prijatelj, L Dam Rasmussen, G Reuter, G Tuite, A Kroneman, H Vennema, MPG Koopmans, on behalf of NoroNet. Molecular surveillance of norovirus, 2005-16: an epidemiological analysis of data collected from the NoroNet network. Lancet Infect Dis 18:545-553 (2018)
PUBMED DOIFirst Cases of Severe Flaccid Paralysis Associated with Enterovirus D68 Infection in Spain, 2015-2016.
M Cabrerizo*, JP García-Iñiguez, F Munell, A Amado, P Madurga-Revilla, C Rodrigo, S Pérez, A Martínez-Sapiña, A Antón, G Suárez, N Rabella, V Del Campo, A Otero, J Masa-Calles. First Cases of Severe Flaccid Paralysis Associated with Enterovirus D68 Infection in Spain, 2015-2016. Pediatric Infect Dis J; 36: 1214-1216 (2017).
PUBMED DOIOutbreak of brainstem encephalitis associated with enterovirus-A71 in Catalonia, Spain (2016): a clinical observational study in a children’s reference centre in Catalonia
6. D Casas-Alba, M de Sevilla, A Valero-Rello, C Fortuny, JJ Garcia, C Ortez, J Muchart, T Armangue, I Jordan, C Luaces-Cubells, I Barrabeig, R González-Sanz, M Cabrerizo, C Munoz-Almagro, C Launes. Outbreak of brainstem encephalitis associated with enterovirus-A71 in Catalonia, Spain (2016): a clinical observational study in a children’s reference centre in Catalonia. Clin Microbiol Infect 23: 874-881 (2017)
PUBMED DOIMolecular epidemiology of enterovirus and parechovirus infections according to patient age over a 4-year period in Spain.
7. M Cabrerizo*, M Díaz-Cerio, C Muñoz-Almagro, N Rabella, D Tarragó, MP Romero, MJ Pena, C Calvo, S Rey-Cao, A Moreno-Docón, I Martínez-Rienda, A Otero, G Trallero. Molecular epidemiology of enterovirus and parechovirus infections according to patient age over a 4-year period in Spain. J Med Virol 89: 435-442 (2017).
PUBMED DOIContent with Investigacion .
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Carmen Marcos Moreno
Ayudante de Investigación de OPIs
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Federico Román Alonso
Científico Titular de OPIs
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Verónica Casquero García
Técnico Superior Especializado de OPIs
ORCID code: 0000-0002-2365-394X
Verónica Casquero García es Licenciada en Bioquímica y en Biología, con amplia experiencia en técnicas de biología molecular, incluyendo aislamiento de ADN y ARN, PCR, RT- y qPCR, clonaje, mutagénesis dirigida, silenciamiento génico mediante shRNA y edición génica con CRISPR-Cas9. Posee experiencia en cultivo y manipulación de células madre embrionarias de ratón, células primarias de ratón y humano y líneas celulares, así como en técnicas de bioquímica de proteínas y en microscopía. Su trayectoria investigadora abarca varios centros incluyendo CSIC, CNIC y CNIO. Desde su incorporación al CNM en el Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e IRAS ha sido clave en la actualización y desarrollo de técnicas moleculares y pruebas diagnósticas del Programa de Vigilancia en Infecciones Estafilocócicas. Domina la extracción de ADN/ARN bacteriano de distintos tipos de muestras y la preparación de librerías para secuenciación genómica, metagenómica y metatranscriptómica.
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