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Investigation
Adaptation of pathogenic fungi to the host and development of new antifungal therapies
Research Lines
Content with Investigacion .
Biomarcadores y Multiómicas
A) Inmunopatogenia de hepatitis víricas
Historia natural de la hepatitis C crónica e impacto de la eliminación del virus de la hepatitis C (VHC) en pacientes coinfectados VIH/VHC:
La progresión de la historia natural de la infección por el VHC es más acelerada en pacientes coinfectados por el VIH. En estos pacientes, aunque el tratamiento de la infección por VHC con antivirales de acción directa (DAAs) reduce el riesgo de complicaciones hepáticas y muerte, los cambios fisiopatológicos no se normalizan por completo y persiste el riesgo residual de complicaciones hepáticas y no hepáticas. Por tanto, es de vital importancia, estudiar el impacto de la eliminación del VHC sobre la evolución de la enfermedad hepática a largo plazo, así como el efecto sobre las comorbilidades asociadas.
Eventos no definitorios de SIDA en personas VIH: Impacto de la hepatitis B y D.
La infección por VIH promueve una disfunción inmunitaria caracterizada por una activación inmunitaria exacerbada e inflamación crónica. El tratamiento antirretroviral no restaura completamente la salud ya que las personas viviendo con VIH en tratamiento tienen un mayor riesgo que la población general de desarrollar eventos adversos clínicos. En este contexto, las hepatitis B y D parecen promover estos eventos, sin embargo, todavía existe poca información sobre su potencial impacto. Esta línea está enfocada al estudio de biomarcadores pronósticos del desarrollo de eventos extrahepáticos.
- B) Enfoques ómicos para potenciar la medicina de precisión
Determinantes genéticos: susceptibilidad y progresión de enfermedades infecciosas:
La susceptibilidad a la infección y progresión de las enfermedades infecciosas es variable entre individuos con factores de riesgo similares, lo que sugiere que el background genético es un factor importante. Sin embargo, todavía a día de hoy se desconocen muchos de los factores genéticos implicados en la variabilidad interpersonal en la respuesta a enfermedades infecciosas, siendo de alta relevancia impulsar este campo.
Huella metabolómica implicada en la susceptibilidad y progresión de enfermedades infecciosas
La metabolómica constituye una herramienta poderosa para identificar nuevos biomarcadores de diagnóstico y pronóstico. También implica el monitoreo en tiempo real de los fenotipos metabólicos a lo largo del tiempo y en respuesta a los tratamientos, para informar mejor sobre la toma de decisiones clínicas. Las hepatitis víricas, así como otras infecciones contribuyen a una cascada de alteraciones metabólicas sistémicas en el huésped que pueden tener un fuerte impacto en la progresión de la enfermedad.
Impacto del microbioma en enfermedades infecciosas
Los avances en las tecnologías de secuenciación han acelerado la investigación sobre el microbioma humano, con hallazgos prometedores que muestran un gran potencial para revolucionar el conocimiento fisiopatológico de enfermedades, así como su prevención y tratamiento. Cuando aumenta la permeabilidad intestinal, o hay un crecimiento excesivo de bacterias, puede producirse translocación de bacterias derivadas del intestino a la sangre que provocan la activación de células inmunes contribuyendo a un estado de inflamación y activación inmunitaria persistente.
Integración de ómicas e identificación de biomarcadores moleculares tempranos en enfermedades infecciosas.
El uso de un enfoque multiómico es un campo emergente para obtener conocimientos profundos sobre los sistemas biológicos y lograr un progreso significativo en la comprensión de la interacción huésped-patógeno. Se espera que las plataformas de análisis multiómicos revolucionen el diagnóstico y la clasificación de enfermedades infecciosas, ya que la integración de datos y conocimientos es clave para desentrañar los factores de riesgo y la construcción de mejores modelos predictivos de enfermedad. Este enfoque se está aplicando a diferentes enfermedades infecciosas tales como la infección por el VHC, VHB, VHD, VIH, y COVID-19, entre otros.
Research projects
Content with Investigacion .
1. PI21CIII/00033 - Título: Análisis multi-ómico para evaluar el impacto a largo plazo de la erradicación del VHC en pacientes coinfectados por VIH/VHC con cirrosis. Investigador principal: María Ángeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2021. Financiación: 92.000 euros. Duración: 2022-2024 (3 años).
2. COV20/0114 - Título: Integración de ómicas frente al COVID-19. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa / Amanda Fernández Rodríguez. Organismo Financiador: Instituto de Salud Carlos III. Financiación: 131.969 euros. Duración: 2020-2021 (1 año).
3. CP17CIII/00007 - Título: Impacto del metaboloma, microbioma bacteriano y viroma en la evolución de pacientes cirróticos, con y sin VIH, que eliminan el VHC con tratamiento antiviral. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2017. Financiación: 100.000 euros. Duración: 2019-2021 (3 años).
4. PI18CIII/00028: Enfermedad hepática avanzada en pacientes cirróticos infectados por el VHC: Análisis metabolómico. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2018. Financiación: 26.900 euros. Duración: 2019-2021 (3 años).
Formando parte del equipo investigador:
1. 925.581 - Título: Estudio de los factores genéticos asociados al desarrollo de secuelas en el paciente crítico post-COVID. Investigador principal: Rafael Blancas Gómez-Casero. Organismo Financiador: FUAX-Santander 2022. Financiación: 27.000 euros. Duración: 1/04/2022-31/03/2023 (1 año).
2. IISP 60091 - Título: Genetic contribution to weight gain after initiation of antiretroviral therapy in patients with HIV infection RIS EPICLIN 01-2020. Organismo Financiador: Merck Sharp & Dohme Corp. Importe: 68.701 €. Fecha de Convocatoria: 2020. Duración: 18 meses. Investigador principal: Juan Berenguer; HGU "Gregorio Marañón", Unidad de Enfermedades Infecciosas/VIH.
3. COV20/00622 - Título: Determinantes genéticos y biomarcadores genómicos de riesgo en pacientes con infección por coronavirus SARS-COV-2. Organismo Financiador: Instituto de Salud Carlos III. Importe: 597.900 €. Fecha de Convocatoria: 2020. Duración: 1 año. Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez; Universidad de Santiago de Compostela.
4. CIVP19A5953: Búsqueda de biomarcadores en vesículas extracelulares para el diagnóstico y pronóstico del shock séptico post-quirúrgico. IP: Eduardo Tamayo Gómez;.Fundación Ramón Areces. 2019-2021. 70.567€.
La Dra. María Angeles Jiménez Sousa lidera tres subproyectos del consorcio “Spanish COalition to Unlock Research on host Genetics on COVID-19 (http://www.scourge-covid.org/)" que surgió a partir de uno de los proyectos del fondo COVID-ISCIII (REF:COV20_00622). Esta propuesta engloba a más de 60 grupos españoles, 9 biobancos y 22 grupos de investigación de distintos países Latinoaméricanos (México, Cuba, República Dominicana, Nicaragua, Colombia, Ecuador, Perú, Paraguay, Brasil, Uruguay y Argentina) y está alineada con el “The COVID-9 Host Genetics Initiative" (https://www.covid19hg.org/).
Publications
Programa de Legionelosis. En Echevarría Mayo JE y Oteo Iglesias J (Editores) Programas de Vigilancia Microbiológica Centro Nacional de Microbiología.
Fernando González-Camacho y Almudena Cascajero. Programa de Legionelosis. En Echevarría Mayo JE y Oteo Iglesias J (Editores) Programas de Vigilancia Microbiológica Centro Nacional de Microbiología. Volumen 2:77-89. 2021-2022 Majadahonda (Madrid); Instituto de Salud Carlos III, Centro Nacional de Microbiología: 2023.
Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014
3. Maria Dolores Fernandez Garcia; Mathieu Bangert; Fernando de Ory; Arantxa Potente; Lourdes Hernandez; Fatima Lasala; Laura Herrero; Francisca Molero; Anabel Negredo; Ana Vázquez; Teodora Minguito; Pilar Balfagón; Jesus de la Fuente; Sabino Puente; Eva Ramírez de Arellano; Mar Lago; Miguel Martinez; Joaquim Gascón; Francesca Norman; Rogelio Lopez Velez; Elena Sulleiro; Diana Pou; Nuria Serre; Ricardo Fernández Roblas; Antonio Tenorio; Leticia Franco; Maria Paz Sanchez Seco. Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014. Euro surveillance : bulletin Europeen sur les maladies transmissibles = European communicable disease bulletin. 21 - 36, (Sweden): 08/09/2016. ISSN 1560-7917
PUBMED DOILegionella feeleii: Ubiquitous Pathogen in the Environment and Causative Agent of Pneumonia
Vaccaro L, Gomes TS, Izquierdo F, Magnet A, Llorens Berzosa S, Ollero D, Salso S, Alhambra A, Gómez C, López Cano M, Pelaz C, Bellido Samaniego B, Del Aguila C, Fenoy S, Hurtado-Marcos C. Front Microbiol. 2021;12:707187.
DOIImmunogenicity of a third dose with mRNA-vaccines in the ChAdOx1-S/BNT162b2 vaccination regimen against SARS-CoV-2 variants.
García-Pérez J, Borobia AM, Pérez-Olmeda M, Portolés A, Castaño L, Campins-Artí M, Bertrán MJ, Bermejo M, Arribas JR, López A, Ascaso-Del-Rio A, Arana-Arri E, Fuentes Camps I, Vilella A, Cascajero A, García-Morales MT, Castillo de la Osa M, Pérez Ingidua C, Lora D, Jiménez-Santana P, Pino-Rosa S, Gómez de la Cámara A, De La Torre-Tarazona E, Calonge E, Cruces R, Belda-Iniesta C, Alcamí J, Frías J, Carcas AJ, Díez-Fuertes F. iScience. 2024; 27(9):110728
PUBMED DOILonger intervals between SARS-CoV-2 infection and mRNA-1273 doses improve the neutralization of different variants of concern
García-Pérez J, Bermejo M, Ramírez-García A, De La Torre-Tarazona HE, Cascajero A, Castillo de la Osa M, Jiménez P, Aparicio Gómez M, Calonge E, Sancho-López A, Payares-Herrera C, Layunta Acero R, Vicente-Izquierdo L, Avendaño-Solá C, Alcamí J, Pérez-Olmeda M, Díez-Fuertes F. J Med Virol. 2023; 95(3):e28679
PUBMED DOIImmune response and reactogenicity after immunization with two-doses of an experimental COVID-19 vaccine (CVnCOV) followed by a third-fourth shot with a standard mRNA vaccine (BNT162b2): RescueVacs multicenter cohort study
Ascaso-Del-Rio A, García-Pérez J, Pérez-Olmeda M, Arana-Arri E, Vergara I, Pérez-Ingidua C, Bermejo M, Castillo de la Osa M, Imaz-Ayo N, Riaño Fernández I, Astasio González O, Díez-Fuertes F, Meijide S, Arrizabalaga J, Hernández Gutiérrez L, de la Torre-Tarazona HE, Mariano Lázaro A, Vargas-Castrillón E, Alcamí J, Portolés A; RescueVac study Group. EClinicalMedicine. 2022; 51:101542
PUBMED DOIImmunogenic dynamics and SARS-CoV-2 variant neutralisation of the heterologous ChAdOx1-S/BNT162b2 vaccination: Secondary analysis of the randomised CombiVacS study
García-Pérez J, González-Pérez M, Castillo de la Osa M, Borobia AM, Castaño L, Bertrán MJ, Campins M, Portolés A, Lora D, Bermejo M, Conde P, Hernández-Gutierrez L, Carcas A, Arana-Arri E, Tortajada M, Fuentes I, Ascaso A, García-Morales MT, Erick de la Torre-Tarazona H, Arribas JR, Imaz-Ayo N, Mellado-Pau E, Agustí A, Pérez-Ingidua C, Gómez de la Cámara A, Ochando J, Belda-Iniesta C, Frías J, Alcamí J, Pérez-Olmeda M; CombiVacS study Group. EClinicalMedicine. 2022; 50:101529
PUBMED DOITranscriptomic Evidence of the Immune Response Activation in Individuals With Limb Girdle Muscular Dystrophy Dominant 2 (LGMDD2) Contributes to Resistance to HIV-1 Infection
Diez-Fuertes F, López-Huertas MR, García-Pérez J, Calonge E, Bermejo M, Mateos E, Martí P, Muelas N, Vílchez JJ, Coiras M, Alcamí J, Rodríguez-Mora S. Front Cell Dev Biol. 2022; 10:839813
PUBMED DOIImmunogenicity and reactogenicity of BNT162b2 booster in ChAdOx1-S-primed participants (CombiVacS): a multicentre, open-label, randomised, controlled, phase 2 trial
Borobia AM, Carcas AJ, Pérez-Olmeda M, Castaño L, Bertran MJ, García-Pérez J, Campins M, Portolés A, González-Pérez M, García Morales MT, Arana-Arri E, Aldea M, Díez-Fuertes F, Fuentes I, Ascaso A, Lora D, Imaz-Ayo N, Barón-Mira LE, Agustí A, Pérez-Ingidua C, Gómez de la Cámara A, Arribas JR, Ochando J, Alcamí J, Belda-Iniesta C, Frías J; CombiVacS Study Group. Lancet. 2021; 398(10295):121-130
PUBMED DOIFirst Insight into the Genome Sequences of Two Linezolid-Resistant Nocardia farcinica Strains Isolated from Patients with Cystic Fibrosis
2: Valdezate S, Monzón S, Garrido N, Zaballos A, Medina-Pascual MJ, Azcona-Gutiérrez JM, Vilar B, Cuesta I. First Insight into the Genome Sequences of Two Linezolid-Resistant Nocardia farcinica Strains Isolated from Patients with Cystic Fibrosis. Genome Announc. 2017 Nov 16;5(46).
PUBMED DOIApoptosis, Toll-like, RIG-I-like and NOD-like Receptors Are Pathways Jointly Induced by Diverse Respiratory Bacterial and Viral Pathogens.
3: Martínez I, Oliveros JC, Cuesta I, de la Barrera J, Ausina V, Casals C, de Lorenzo A, García E, García-Fojeda B, Garmendia J, González-Nicolau M, Lacoma A, Menéndez M, Moranta D, Nieto A, Ortín J, Pérez-González A, Prat C, Ramos-Sevillano E, Regueiro V, Rodriguez-Frandsen A, Solís D, Yuste J, Bengoechea JA, Melero JA. Apoptosis, Toll-like, RIG-I-like and NOD-like Receptors Are Pathways Jointly Induced by Diverse Respiratory Bacterial and Viral Pathogens. Front Microbiol. 2017 Mar 1;8:276
PUBMED DOIMolecular identification, antifungal resistance and virulence of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus deneoformans isolated in Seville, Spain
Gago S, Serrano C, Alastruey-Izquierdo A, Cuesta I, Martín-Mazuelos E, Aller AI, Gómez-López A, Mellado E. Molecular identification, antifungal resistance and virulence of Cryptococcus neoformans and Cryptococcus deneoformans isolated in Seville, Spain. Mycoses. 2017 Jan;60(1):40-50
PUBMED DOIHigh-Quality Draft Genome Sequence of Babesia divergens, the Etiological Agent of Cattle and Human Babesiosis
7: Cuesta I, González LM, Estrada K, Grande R, Zaballos A, Lobo CA, Barrera J, Sanchez-Flores A, Montero E. High-Quality Draft Genome Sequence of Babesia divergens, the Etiological Agent of Cattle and Human Babesiosis. Genome Announc. 2014 Nov 13;2(6).
PUBMED DOISerum galactomannan-based early detection of invasive aspergillosis in hematology patients receiving effective antimold prophylaxis
8: Duarte RF, Sánchez-Ortega I, Cuesta I, Arnan M, Patiño B, Fernández de Sevilla A, Gudiol C, Ayats J, Cuenca-Estrella M. Serum galactomannan-based early detection of invasive aspergillosis in hematology patients receiving effective antimold prophylaxis. Clin Infect Dis. 2014 Dec 15;59(12):1696-702.
PUBMED DOIAnalysis of the protein domain and domain architecture content in fungi and its application in the search of new antifungal targets.
9: Barrera A, Alastruey-Izquierdo A, Martín MJ, Cuesta I, Vizcaíno JA. Analysis of the protein domain and domain architecture content in fungi and its application in the search of new antifungal targets. PLoS Comput Biol. 2014 Jul 17;10(7):e1003733.
PUBMED DOI