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Investigation

Adaptation of pathogenic fungi to the host and development of new antifungal therapies

Research Lines

Content with Investigacion Biomarcadores y Multiómicas .

Biomarcadores y Multiómicas

A)   Inmunopatogenia de hepatitis víricas

Historia natural de la hepatitis C crónica e impacto de la eliminación del virus de la hepatitis C (VHC) en pacientes coinfectados VIH/VHC:

La progresión de la historia natural de la infección por el VHC es más acelerada en pacientes coinfectados por el VIH. En estos pacientes, aunque el tratamiento de la infección por VHC con antivirales de acción directa (DAAs) reduce el riesgo de complicaciones hepáticas y muerte, los cambios fisiopatológicos no se normalizan por completo y persiste el riesgo residual de complicaciones hepáticas y no hepáticas. Por tanto, es de vital importancia, estudiar el impacto de la eliminación del VHC sobre la evolución de la enfermedad hepática a largo plazo, así como el efecto sobre las comorbilidades asociadas.

Eventos no definitorios de SIDA en personas VIH: Impacto de la hepatitis B y D.

La infección por VIH promueve una disfunción inmunitaria caracterizada por una activación inmunitaria exacerbada e inflamación crónica. El tratamiento antirretroviral no restaura completamente la salud ya que las personas viviendo con VIH en tratamiento tienen un mayor riesgo que la población general de desarrollar eventos adversos clínicos. En este contexto, las hepatitis B y D parecen promover estos eventos, sin embargo, todavía existe poca información sobre su potencial impacto. Esta línea está enfocada al estudio de biomarcadores pronósticos del desarrollo de eventos extrahepáticos.

  1. ​B) Enfoques ómicos para potenciar la medicina de precisión

Determinantes genéticos: susceptibilidad y progresión de enfermedades infecciosas:

La susceptibilidad a la infección y progresión de las enfermedades infecciosas es variable entre individuos con factores de riesgo similares, lo que sugiere que el background genético es un factor importante. Sin embargo, todavía a día de hoy se desconocen muchos de los factores genéticos implicados en la variabilidad interpersonal en la respuesta a enfermedades infecciosas, siendo de alta relevancia impulsar este campo.

Huella metabolómica implicada en la susceptibilidad y progresión de enfermedades infecciosas

La metabolómica constituye una herramienta poderosa para identificar nuevos biomarcadores de diagnóstico y pronóstico. También implica el monitoreo en tiempo real de los fenotipos metabólicos a lo largo del tiempo y en respuesta a los tratamientos, para informar mejor sobre la toma de decisiones clínicas. Las hepatitis víricas, así como otras infecciones contribuyen a una cascada de alteraciones metabólicas sistémicas en el huésped que pueden tener un fuerte impacto en la progresión de la enfermedad.

Impacto del microbioma en enfermedades infecciosas

Los avances en las tecnologías de secuenciación han acelerado la investigación sobre el microbioma humano, con hallazgos prometedores que muestran un gran potencial para revolucionar el conocimiento fisiopatológico de enfermedades, así como su prevención y tratamiento. Cuando aumenta la permeabilidad intestinal, o hay un crecimiento excesivo de bacterias, puede producirse translocación de bacterias derivadas del intestino a la sangre que provocan la activación de células inmunes contribuyendo a un estado de inflamación y activación inmunitaria persistente.

Integración de ómicas e identificación de biomarcadores moleculares tempranos en enfermedades infecciosas.

El uso de un enfoque multiómico es un campo emergente para obtener conocimientos profundos sobre los sistemas biológicos y lograr un progreso significativo en la comprensión de la interacción huésped-patógeno. Se espera que las plataformas de análisis multiómicos revolucionen el diagnóstico y la clasificación de enfermedades infecciosas, ya que la integración de datos y conocimientos es clave para desentrañar los factores de riesgo y la construcción de mejores modelos predictivos de enfermedad. Este enfoque se está aplicando a diferentes enfermedades infecciosas tales como la infección por el VHC, VHB, VHD, VIH, y COVID-19, entre otros.

Research projects

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1. PI21CIII/00033 - Título: Análisis multi-ómico para evaluar el impacto a largo plazo de la erradicación del VHC en pacientes coinfectados por VIH/VHC con cirrosis. Investigador principal: María Ángeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2021. Financiación: 92.000 euros. Duración: 2022-2024 (3 años).

2. COV20/0114 - Título: Integración de ómicas frente al COVID-19. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa / Amanda Fernández Rodríguez. Organismo Financiador: Instituto de Salud Carlos III. Financiación: 131.969 euros. Duración: 2020-2021 (1 año).

3. CP17CIII/00007 - Título: Impacto del metaboloma, microbioma bacteriano y viroma en la evolución de pacientes cirróticos, con y sin VIH, que eliminan el VHC con tratamiento antiviral. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2017. Financiación: 100.000 euros. Duración: 2019-2021 (3 años).

4. PI18CIII/00028: Enfermedad hepática avanzada en pacientes cirróticos infectados por el VHC: Análisis metabolómico. Investigador principal: María Angeles Jiménez Sousa. Organismo Financiador: ISCIII - Fondo de Investigación Sanitaria (FIS). AESI 2018. Financiación: 26.900 euros. Duración: 2019-2021 (3 años).

Formando parte del equipo investigador:

1. 925.581 - Título: Estudio de los factores genéticos asociados al desarrollo de secuelas en el paciente crítico post-COVID. Investigador principal: Rafael Blancas Gómez-Casero. Organismo Financiador: FUAX-Santander 2022. Financiación: 27.000 euros. Duración: 1/04/2022-31/03/2023 (1 año).

2. IISP 60091 - Título: Genetic contribution to weight gain after initiation of antiretroviral therapy in patients with HIV infection RIS EPICLIN 01-2020. Organismo Financiador: Merck Sharp & Dohme Corp. Importe: 68.701 €. Fecha de Convocatoria: 2020. Duración: 18 meses. Investigador principal: Juan Berenguer; HGU "Gregorio Marañón", Unidad de Enfermedades Infecciosas/VIH.

3. COV20/00622 - Título: Determinantes genéticos y biomarcadores genómicos de riesgo en pacientes con infección por coronavirus SARS-COV-2. Organismo Financiador: Instituto de Salud Carlos III. Importe: 597.900 €. Fecha de Convocatoria: 2020. Duración: 1 año. Investigador principal: Ángel Carracedo Álvarez; Universidad de Santiago de Compostela.

4. CIVP19A5953: Búsqueda de biomarcadores en vesículas extracelulares para el diagnóstico y pronóstico del shock séptico post-quirúrgicoIP: Eduardo Tamayo Gómez;.Fundación Ramón Areces. 2019-2021. 70.567€.

La Dra. María Angeles Jiménez Sousa  lidera tres subproyectos del consorcio “Spanish COalition to Unlock Research on host Genetics on COVID-19 (http://www.scourge-covid.org/)" que surgió a partir de uno de los proyectos del fondo COVID-ISCIII (REF:COV20_00622). Esta propuesta engloba a más de 60 grupos españoles, 9 biobancos y 22 grupos de investigación de distintos países Latinoaméricanos (México, Cuba, República Dominicana, Nicaragua, Colombia, Ecuador, Perú, Paraguay, Brasil, Uruguay y Argentina) y está alineada con el “The COVID-9 Host Genetics Initiative" (https://www.covid19hg.org/).

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Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014.

5. M.D. Fernandez-Garcia, M. Bangert, F. de Ory, A. Potente, L. Hernández, F. Lasala, L. Herrero, F. Molero, A. Negredo, A. Vázquez, T. Minguito, P. Balfagón, J. de la Fuente, S. Puente, E. Ramírez de Arellano, M. Lago, M.J. Martinez, J. Gascón, F. Norman, R. Lopez-Velez, E. Sulleiro, D. Pou, N. Serre, R. Fernández-Roblas, A. Tenorio, L. Franco, M.P. Sánchez-Seco (2016). Chikungunya virus infections among travelers returning to Spain, 2008-2014. EUROSURVEILLANCE 2016; 21(36):pii=30336.

PUBMED DOI

Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014.

6. A.O. Martínez-Torres, M.M. Mosquera, F. de Ory, A. González-Praetorius, J.E. Echevarría (2016). Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014. PLoS One. 11(9):e0162403

PUBMED DOI

Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG.

7. F. de Ory, M.E. Guisasola, P. Balfagón, J.C. Sanz. 2018. Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG. JOURNAL OF CLINICAL LABORATORY ANALYSIS; 32:e22203.

PUBMED DOI

Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015.

8. A.M. Gavilán, A. Fernández-García, A. Rueda, A. Castellanos, J. Masa-Calles, N. López-Perea, M.V. Torres de Mier, F. de Ory, J.E. Echevarría. 2018. Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015. EUROSURVEILLANCE, 2018;23(15):pii=17-00349.

PUBMED DOI

Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM.

9. F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco, A. Vázquez, M.D. Montero, E. Sulleiro, M.J. Martinez, L. Matas, F.J. Merino, and Working Group for the Study of Zika Virus Infections (WGSZVI). 2018. Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM. VIRUSES 10, 379

PUBMED DOI

Measles virus genotype D4 strains with non-standard genome lengths circulated during the large outbreaks in Spain in 2011-2012

10. H. Gil, A. Fernández-García, M.M. Mosquera, J.M. Hübschen, A. Castellanos, F. de Ory, J. Masa, J.E. Echevarria. 2018. Measles virus genotype D4 strains with non-standard length M-F non-coding region circulated during the major outbreaks of 2011-2012 in Spain. PLOS ONE July 16, 2018.

PUBMED DOI

Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms

• Muñoz-Chimeno M, Rodríguez-Paredes V, García-Lugo MA, Avellón A. Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms. Front Microbiol. 2022 Oct 6;13:1011662.

PUBMED DOI

Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España

Palladino C, Esteban-Cartelle B, Mate-Cano I, Sánchez-Carrillo M, Resino S, Briz V. Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018; 36 (5): 262-267

PUBMED DOI

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