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Investigation

Pneumococcus

Research Lines

Content with Investigacion Virus humanos de la familia herpesviridae .

Virus humanos de la familia herpesviridae

• Infecciones neurológicas y/o sistémicas producidas por virus herpes simple, virus de la varicela zóster y enterovirus.

• Infecciones sistémicas producidas por virus Epstein-Barr, citomegalovirus, virus herpes 6, 7 y 8.

• Epidemiología molecular del virus de la varicela zóster: Estudio de clados y genotipos.

• Estudio molecular de casos de varicela y herpes zóster en pacientes vacunados.

• Investigación de mutaciones que confieren resistencia a antivirales en citomegalovirus.

• Infección congénita por citomegalovirus: Estudio de marcadores virológicos e inmunológicos.

• Aplicación de la tecnología de NGS para el estudio etiológico de la infección neurológica.

1. EPIDEMIOLOGÍA MOLECULAR DEL VIRUS DE LA VARICELA ZÓSTER: ESTUDIO DE CLADOS Y GENOTIPOS

Las políticas de vacunación deben basarse en la vigilancia epidemiológica, incluida la caracterización molecular de los virus circulantes que producen no solo la varicela, sino también el herpes zóster o la enfermedad neurológica, a fin de evaluar el impacto de los programas de vacunación en la incidencia y el patrón de circulación viral. Además, dado que los eventos de recombinación no son infrecuentes en VZV, su investigación resulta imprescindible para evaluar la aparición de nuevas cepas recombinantes entre la cepa de la vacuna y las de tipo salvaje o, entre las de tipo salvaje que pudieran dar lugar a cepas más virulentas que cambiaran el patrón de distribución de la enfermedad.

El objetivo principal de esta línea de investigación es la caracterización genética completa a través de secuenciación de Sanger y NGS de las cepas de VZV circulante en nuestro país con especial énfasis en la población pediátrica y aquella en la que se ha detectado fallo vacunal.

Proyectos asociados (en curso):

Estudio del fallo vacunal en enfermedades víricas inmunoprevenibles. AESI2019 Investigación en Salud. PI19CIII/00041 /MPY 513/19

Publicación asociada:

González; A. Molina-Ortega; P. Pérez-Romero; J.E. Echevarría; L. He; David Tarragó Asensio. Varicella-zoster virus clades circulating in Spain over two decades. Journal of Clinical Virology. 110, pp. 17 - 21. 2019. DOI: 10.1016/j.jcv.2018.11.008

 

2. DIAGNÓSTICO, REFERENCIA Y NUEVOS PROCEDIMIENTOS BASADOS EN LA METAGENÓMICA VIRAL PARA EL ESTUDIO ETIOLÓGICO DE LA INFECCIÓN NEUROLÓGICA

Los virus son la causa más frecuente de meningitis y encefalitis de origen infeccioso. Para identificar el agente etiológico de las infecciones del sistema nervioso central, los laboratorios utilizan ensayos basados en la PCR a partir de muestras de líquido cefalorraquídeo. El diagnóstico molecular ha mejorado sustancialmente con la introducción en nuestro laboratorio de la PCR a tiempo real multiplex, lo cual permite detectar muchos más patógenos con una alta sensibilidad y especificidad, al mismo tiempo que cuantificar la carga viral en la muestra del paciente.  A pesar de estos avances, la etiología sigue siendo desconocida en aproximadamente un 40-60% de los casos con sospecha de meningitis/encefalitis viral, pudiendo llegar a ser de hasta el 81% según los diversos estudios. En España, un proyecto de 2012 destinado a determinar los virus causantes de infecciones del sistema nervioso central mediante pruebas convencionales, concluyó que un número significativo de casos (43% de meningitis, 60% de meningoencefalitis y 72% de encefalitis) permanecieron sin diagnóstico etiológico. Los datos actuales del Centro Nacional de Microbiología muestran que aproximadamente el 80% de los casos con sospecha clínica de infección viral del sistema nervioso central permanecen sin diagnosticar. Esto puede deberse principalmente a la amplia variedad de virus que pueden causar enfermedad neurológica, por falta de sensibilidad de los métodos diagnósticos o a una etiología por virus de especies conocidas que no se asociaban a enfermedad neurológica o bien a nuevas especies desconocidas. En esta línea de investigación se trata de identificar por secuenciación masiva el agente etiológico de infecciones del sistema nervioso central de sospecha vírica a las que no se ha llegado a un diagnóstico etiológico por métodos convencionales.

Proyectos asociados (en curso):

AESI2020 PI20CIII/00005. Diagnóstico virológico por secuenciación masiva de casos de meningitis y encefalitis sin filiación etiológica.

 

3. RESISTENCIA A ANTIVIRICOS EN CMV DE PACIENTES INMUNOCOMPROMETIDOS

Una de las principales preocupaciones actuales tras la realización de un trasplante es la infección por CMV resistente a los fármacos antivirales, altamente correlacionada con un aumento de morbilidad y mortandad. Para realizar una adecuada selección del tratamiento, es importante investigar todos los posibles mecanismos de resistencia que puedan darse. Actualmente, al identificarse las mutaciones de resistencia más habituales en la infección por CMV, los estudios genotípicos de secuenciación son el método de elección y suponen la base para la selección de un tratamiento alternativo. El análisis del genoma viral en busca de mutaciones de resistencia debe ir dirigido a zonas concretas del genoma viral, concretamente a mutaciones que afectan a los genes UL54 (codones 300-1000) y UL97 (codones 400-670). En general, más del 90% de las mutaciones más comunes descritas se localizan en el gen UL97, concretamente entre los codones 460-520, involucrados en la unión de ATP y del 590 al 607, implicados en el reconocimiento del sustrato.

Cuando las mutaciones afectan solamente al gen UL97, los virus presentan resistencia al ganciclovir, pero siguen siendo sensibles a otros antivirales, como foscarnet o cidofovir. Sin embargo, si estas aparecen simultáneamente en el gen UL54, el nivel de resistencia al ganciclovir aumenta y aparecen resistencias cruzadas con otros antivirales.

Recientemente, el Letermovir ha surgido como alternativa terapéutica ya que es activo frente a cepas resistentes al ganciclovir, foscarnet y cidofovir. Las mutaciones de resistencia asociadas al LET han sido mapeadas principalmente en el gen UL56, concretamente a la región codificante para los aminoácidos 229-369.

Esta línea de investigación tiene como objetivo determinar, estudiar y evaluar las mutaciones en UL97, UL54 y UL56 que pudieran asociarse a resistencia a los antivirales descritos.

 

4. INFECCIÓN CONGÉNITA POR CITOMEGALOVIRUS: ESTUDIO DE MARCADORES VIROLÓGICOS E INMUNOLÓGICOS

Tanto el haplotipo HLA-I A/C como el polimorfismo en gpUl40 de la cepa de CMV infectante puede afectar a la capacidad de los diferentes pacientes en su respuesta a CMV mediada por las células NK y los linfocitos CD8 citotóxicos y restringida por HLA-E. HLA-E presenta en la superficie de las células péptidos antigénicos propios provenientes del procesamiento de HLA-C y A. Polimorfismos en un nonámero de la secuencia líder de la gpUL40 del CMV generan distintos péptidos de unión a HLA-E de la misma forma que lo hacen los péptidos provenientes del HLA A y C. Por tanto, esta íntima asociación entre los antígenos del virus y los propios pudiera ser utilizada como biomarcador para poder predecir la morbilidad y mortalidad en los pacientes con infección congénita por CMV. El objetivo principal de esta línea de investigación es la completa caracterización del gen ul40 para estudiar polimorfismos que puedan relacionarse con la clínica en la infección congénita por CMV, así como en el pronóstico y evolución de sus secuelas.

Proyecto asociado:

MPY1372/12. Investigación genético molecular en virus de la familia herpesviridae.

Research projects

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1. RTC2019-007023-1, Desarrollo de kits diagnósticos mediante PCR multiplex en tiempo real en formato líquido y gelificado para detección enfermedades víricas y sepsis. Ministerio de Ciencia e Innovación. Investigación. Retos. Inmaculada Casas Flecha. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2021-31/12/2023. 1.685.803 €. DTA: I. colaborador.

2. AESI2020 PI20CIII/00005,  Diagnóstico  virológico  por  secuenciación  masiva  de  casos  de  meningitis  y  encefalitis  sin  filiación  etiológica  AESI  Investigación  en  salud. Mª Dolores Fernández García. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2021- 31/12/2023. 74.600 €. DTA:I colaborador.MDF: I. principal.

3. PI-0216-2019, Junta de Andalucía. Aplicación de la secuenciación masiva para el diagnóstico de infecciones neurológicas de origen vírico no filiadas. IMIBIC (Instituto Maimónides de Investigación Biomédica de Córdoba). 23/12/2019- 22/06/2022. 59.540,56 €.MDF: I. principal. DTA: I. colaborador.

4. PI19CIII/00041 /MPY 513/19, Estudio del fallo vacunal en enfermedades víricas inmunoprevenibles AESI2019 Investigación en Salud. Aurora Fernández García. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2020-31/12/2022. 102.497,27 €. DTA: I. colaborador.

5. PI20CIII/00009, Caracterización de la respuesta inmune de anticuerpos en pacientes con trasplante para el desarrollo de una vacuna AESI Investigación en Salud. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2021-31/12/2023. 92.000 €. DTA: I. colaborador.

6. DTS18CIII/00006, Desarrollo preclínico de vacunas de ADN frente a CMV a través de análisis inmunogénico del proteoma completo de CMV AESI2018 Desarrollo Tecnológico en Salud. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2019- 31/12/2020. 98.400 €. DTA: I. colaborador.

7. MPY1372/12, Investigación genético molecular en virus de la familia herpesviridae. Ayudas a Grupos de Investigación Emergentes. David Tarragó Asensio. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2013-31/12/2015. 63.100 €. DTA: I. principal. 

Referencia Virológica en Infecciones Producidas por Virus Herpes

​El grupo de investigación ofrece y realiza actividades de diagnóstico y referencia a través de la cartera de servicios del Centro Nacional de Microbiología a todo el sistema nacional de salud. Estas actividades son realizadas por los técnicos del grupo y diseñadas, supervisadas y validados sus resultados de forma facultativa por el responsable del grupo.

Estos servicios incluyen:

Detección de virus herpes (virus herpes simple 1 y 2, virus de la varicela zóster) y enterovirus (genérico) en infecciones del sistema nervioso central, infecciones respiratorias, infecciones del tracto intestinal e infecciones sistémicas.

Detección de virus herpes (CMV, EBV, HHV6, HHV7 y HHV8) y determinación de carga viral de citomegalovirus y virus de Epstein Barr en infecciones sistémicas, del sistema nervioso central, respiratorias y del tracto intestinal.

Determinación de cepas salvajes versus cepas resistentes a antivirales en CMV

Determinación de cepa salvaje versus cepa vacunal del virus de la varicela zóster.

Publications

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Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España

2. Palladino C, Esteban-Cartelle B, Mate-Cano I, Sánchez-Carrillo M, Resino S, Briz V. Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018; 36 (5): 262-267. (A; FI= 1.707; Q2 Microbiology).

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Development of water-soluble polyanionic carbosilane dendrimers as novel and highly potent topical anti-HIV-2 microbicides.

4. Briz V, Sepulveda-Crespo D, Diniz AR; Borrego P, Rodes B; Javier de la Mata F, Gomez R, Taveira N, Muñoz-Fernandez MA. Development of water-soluble polyanionic carbosilane dendrimers as novel and highly potent topical anti-HIV-2 microbicides. Nanoscale 2015, 7(35): 14669-14683. (A; FI= 7.76; D1 Materials Science, Multidisciplinary).

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Hepatitis A outbreak disproportionately affecting men who have sex with men (MSM) in the European Union and European Economic Area, June 2016 to May 2017.

6. Hepatitis A outbreak disproportionately affecting men who have sex with men (MSM) in the European Union and European Economic Area, June 2016 to May 2017. Ndumbi P, Freidl GS, Williams CJ, Mårdh O, Varela C, Avellón A, …. Severi E; Members Of The European Hepatitis A Outbreak Investigation Team. Euro Surveill. 2018 Aug;23(33). doi: 10.2807/1560-7917.ES.2018.23.33.1700641.

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Detection of hepatitis C virus (HCV) core-specific antibody suggests occult HCV infection among blood donors

7. Detection of hepatitis C virus (HCV) core-specific antibody suggests occult HCV infection among blood donors. Quiroga JA, Avellón A, Bartolomé J, Andréu M, Flores E, González MI, González R, Pérez S, Richart LA, Castillo I, Alcover J, Palacios R, Carreño V, Echevarría JM. Transfusion. 2016 Jul;56(7):1883-90. Epub 2016 May 17.

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Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15.

8. Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15. Adlhoch C, Avellon A, Baylis SA, Ciccaglione AR, Couturier E, de Sousa R, Epštein J, Ethelberg S, Faber M, Fehér Á, Ijaz S, Lange H, Manďáková Z, Mellou K, Mozalevskis A, Rimhanen-Finne R, Rizzi V, Said B, Sundqvist L, Thornton L, Tosti ME, van Pelt W, Aspinall E, Domanovic D, Severi E, Takkinen J, Dalton HR. J Clin Virol. 2016 Sep;82:9-16. Epub 2016 Jun 23.

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Full coding hepatitis E virus genotype 3 genome amplification method

9. Full coding hepatitis E virus genotype 3 genome amplification method. Muñoz-Chimeno M, Forero JE, Echevarría JM, Muñoz-Bellido JL, Vázquez-López L, Morago L, García-Galera MC, Avellón A. J Virol Methods. 2016 Apr;230:18-23. Epub 2016 Jan 16.

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Antigenicity of Leishmania-Activated C-Kinase Antigen (LACK) in Human Peripheral Blood Mononuclear Cells, and Protective Effect of Prime-Boost Vaccination With pCI-neo-LACK Plus Attenuated LACK-Expressing Vaccinia Viruses in Hamsters

2. Fernández L, Carrillo E, Sánchez-Sampedro L, Sánchez C, Ibarra-Meneses AV, Jimenez MA, Almeida VDA, Esteban M, Moreno J. Antigenicity of Leishmania-Activated C-Kinase Antigen (LACK) in Human Peripheral Blood Mononuclear Cells, and Protective Effect of Prime-Boost Vaccination With pCI-neo-LACK Plus Attenuated LACK-Expressing Vaccinia Viruses in Hamsters. Front Immunol. 2018 Apr 23;9:843.

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Interleukin-2 as a marker for detecting asymptomatic individuals in areas where Leishmania infantum is endemic.

5. Ibarra-Meneses AV, Carrillo E, Sánchez C, García-Martínez J, López Lacomba D, San Martin JV, Alves F, Alvar J, Moreno J. Interleukin-2 as a marker for detecting asymptomatic individuals in areas where Leishmania infantum is endemic. Clin Microbiol Infect. 2016 Aug;22(8):739.e1-4.

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Protein malnutrition impairs the immune response and influences the severity of infection in a hamster model of chronic visceral leishmaniasis.

7. Carrillo E, Jimenez MA, Sanchez C, Cunha J, Martins CM, da Paixão Sevá A, Moreno J. Protein malnutrition impairs the immune response and influences the severity of infection in a hamster model of chronic visceral leishmaniasis. PLoS One. 2014 Feb 25;9(2):e89412.

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Molecular typing of Leishmania infantum isolates from a leishmaniasis outbreak in Madrid, Spain, 2009 to 2012

9. Chicharro C, Llanes-Acevedo IP, García E, Nieto J, Moreno J, Cruz I. Molecular typing of Leishmania infantum isolates from a leishmaniasis outbreak in Madrid, Spain, 2009 to 2012. Euro Surveill. 2013 Jul 25;18(30):20545.

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High levels of anti-Phlebotomus perniciosus saliva antibodies in different reservoirs from the re-emerging leishmaniasis focus in Madrid, Spain.

2. Martín-Martín I, Molina R, Rohoušová I, Drahota J., Volf P, Jiménez M. High levels of anti-Phlebotomus perniciosus saliva antibodies in different reservoirs from the re-emerging leishmaniasis focus in Madrid, Spain. Vet Parasitol 2014, 202: 207–216.

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Could wild rabbits (Oryctolagus cuniculus) be reservoirs for Leishmania infantum in the focus of Madrid, Spain?

3. Jiménez M, González E, Martín-Martín I, Hernández S, Molina R. Could wild rabbits (Oryctolagus cuniculus) be reservoirs for Leishmania infantum in the focus of Madrid, Spain?. Vet Parasitol 2014, 202: 296–300.

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Review of ten-years presence of Aedes albopictus in Spain 2004–2014: known distribution and public health concerns.

5. Collantes F, Delacour S, Alarcón-Elbal PM, Ruiz-Arrondo I, Delgado JA, Torrell-Sorio A, Bengoa M, Eritja R, Miranda MA, Molina R, Lucientes J. Review of ten-years presence of Aedes albopictus in Spain 2004–2014: known distribution and public health concerns. Parasit Vectors. 2015 Dec 23;8:655.

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Phleboviruses detection in Phlebotomus perniciosus from a human leishmaniasis focus in South-West Madrid region, Spain.

6. Remoli ME, Jiménez M, Fortuna C, Benedetti E, Marchi A, Genovese D, Gramiccia M, Molina R, Ciufolini MG. Phleboviruses detection in Phlebotomus perniciosus from a human leishmaniasis focus in South-West Madrid region, Spain. Parasit Vectors 2016, 9:205.

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Infectivity of Post-Kala-azar Dermal Leishmaniasis patients to sand flies: revisiting a proof of concept in the context of the Kala-azar Elimination Program in the Indian subcontinent.

7. Molina R, Ghosh D, Carrillo E, Monnerat S, Bern C, Mondal D, Alvar J. Infectivity of Post-Kala-azar Dermal Leishmaniasis patients to sand flies: revisiting a proof of concept in the context of the Kala-azar Elimination Program in the Indian subcontinent. Clin Infect Dis 2017, 65:

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Prevalence and molecular characterization of Strongyloides stercoralis, Giardia duodenalis, Cryptosporidium spp., and Blastocystis spp. isolates in schoolchildren in Cubal, Central Angola

2. Dacal E, Saugar JM, de Lucio A, Hernández de Mingo M, Robinson E, Aznar Ruiz de Alegría ML, Espasa M, Ninda A, Gandasegui J, Sulleiro E, Moreno M, Salvador F, Molina I, Rodríguez E, Carmena D. 2018. Prevalence and molecular characterization of Strongyloides stercoralis, Giardia duodenalis, Cryptosporidium spp., and Blastocystis spp. isolates in schoolchildren in Cubal, Central Angola. Parasites and Vectors, 11: 67.

PUBMED DOI

Molecular diversity and frequency of the diarrheagenic enteric protozoan Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp. in a hospital setting in Northern Spain.

3. Azcona-Gutiérrez JM, de Lucio A, Hernández-de-Mingo M, García-García C, Soria-Blanco LM, Morales L, Aguilera M, Fuentes I, Carmena D. 2017. Molecular diversity and frequency of the diarrheagenic enteric protozoan Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp. in a hospital setting in Northern Spain. PLoS One, 12: e0178575.

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Detection of zoonotic protozoa Toxoplasma gondii and Sarcocystis suihominis in wild boars from Spain. Zoonoses Public Health

4. Calero-Bernal, R., Pérez-Martín, J.E., Reina, D., Serrano, F.J., Frontera, E., Fuentes, I, Dubey, J.P., 2016. Detection of zoonotic protozoa Toxoplasma gondii and Sarcocystis suihominis in wild boars from Spain. Zoonoses Public Health. 63:346-50

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Epidemiological and clinical profile of adult patients with Blastocystis sp. infection in Barcelona, Spain.

5. Salvador F, Sulleiro E, Sánchez-Montalvá A, Alonso C, Santos J, Fuentes I, Molina I. 2016; Epidemiological and clinical profile of adult patients with Blastocystis sp. infection in Barcelona, Spain. Parasit Vectors; 9:548.

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Prevalence and genetic diversity of Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp. among schoolchildren in a rural area of the Amhara Region, North-West Ethiopia

6. de Lucio A, Amor-Aramendía A, Bailo B, Saugar JM, Anegagrie M, Arroyo A, López-Quintana B, Zewdie D, Ayehubizu Z, Yizengaw E, Abera B, Yimer M, Mulu W, Hailu T, Herrador Z, Fuentes I, Carmena D. 2016. Prevalence and genetic diversity of Giardia duodenalis and Cryptosporidium spp. among schoolchildren in a rural area of the Amhara Region, North-West Ethiopia. PLoS One 11: e0159992.

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Prevalence and genotype identification of Toxoplasma gondii in wild animals from southwestern Spain.

8. Calero-Bernal R, Saugar JM, Frontera E, Pérez-Martín JE, Habela MA, Serrano FJ, Reina D, Fuentes I. 2015. Prevalence and genotype identification of Toxoplasma gondii in wild animals from southwestern Spain. J Wildl Dis, 51:233-8.

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High SARS-CoV-2 Viral Load and Low CCL5 Expression Levels in the Upper Respiratory Tract Are Associated With COVID-19 Severity.

4. Pérez-García F, Martin-Vicente M, Rojas-García RL, Castilla-García L, Muñoz-Gomez MJ, Hervás-Fernández I, González-Ventosa V, Vidal-Alcántara EJ, Cuadros-González J, Bermejo-Martin JF (‡), Resino S (‡ *), Martínez I (‡). High SARS-CoV-2 Viral Load and Low CCL5 Expression Levels in the Upper Respiratory Tract Are Associated With COVID-19 Severity. J Infect Dis 2022; 225(6):977-982 (A; FI= 7.76; Q1, Infectious Diseases; JCR 2021). PMID: 34910814 DOI: 10.1093/infdis/jiab604.

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Metabolomic changes after DAAs therapy are related to the improvement of cirrhosis and inflammation in HIV/HCV-coinfected patients.

5. Virseda-Berdices A, Rojo D, Martínez I, Berenguer J, González-García J, Brochado-Kith O, Fernández-Rodríguez A, Díez C, Hontañon V, Pérez-Latorre L, Micán R, Barbas C, Resino S (‡ *), Jiménez-Sousa MA (‡ *). Metabolomic changes after DAAs therapy are related to the improvement of cirrhosis and inflammation in HIV/HCV-coinfected patients. Biomed Pharmacother 2022, 147: 112626. (A; FI= 7.42; D1, Pharmacology & Pharmacy; JCR 2021).

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Blood microbiome is associated with changes in portal hypertension after successful direct-acting antiviral therapy in patients with HCV-related cirrhosis.

7. Virseda-Berdices A, Brochado-Kith O, Díez C, Hontañon V, Berenguer J, González-García J, Rojo D, Fernández-Rodríguez A, Ibañez-Samaniego L, Llop-Herrera E, Olveira A, Perez-Latorre L, Barbas C, Rava M (‡), Resino S (‡ *), Jiménez-Sousa MA (‡ *). Blood microbiome is associated with changes in portal hypertension after successful direct-acting antiviral therapy in patients with HCV-related cirrhosis. J Antimicrob Chemoth 2022; 77 (3): 719–726 (A; FI= 5.76; Q1, Pharmacology & Pharmacy; JCR 2020).

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A Q Fever Outbreak with a High Rate of Abortions at a Dairy Goat Farm: Coxiella burnetii Shedding, Environmental Contamination, and Viability

3. Álvarez-Alonso R, Basterretxea M, Barandika JF, Hurtado A, Idiazabal J, Jado I, Beraza X, Montes M, Liendo P, García-Pérez AL. A Q Fever Outbreak with a High Rate of Abortions at a Dairy Goat Farm: Coxiella burnetii Shedding, Environmental Contamination, and Viability. Appl Environ Microbiol. 2018 Oct 1;84(20).

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Irruptive mammal host populations shape tularemia epidemiology.

4. Luque-Larena, Juan J.; Mougeot, Francois; Arroyo, Beatriz; Dolors Vidal, Ma; Rodriguez-Pastor, Ruth; Escudero, Raquel; Anda, Pedro; Lambin, Xavier. Irruptive mammal host populations shape tularemia epidemiology. Plos Pathogens. 13 - 11, Public Library Science, 01/11/2017.

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Environmental sampling coupled with real-time PCR and genotyping to investigate the source of a Q fever outbreak in a work setting.

5. Hurtado A, Alonso E, Aspiritxaga I, López Etxaniz I, Ocabo B, Barandika JF, Fernández-Ortiz DE Murúa JI, Urbaneja F, Álvarez-Alonso R, Jado I, García-Pérez AL. Environmental sampling coupled with real-time PCR and genotyping to investigate the source of a Q fever outbreak in a work setting. Epidemiol Infect. 2017 Jul;145(9):1834-1842.

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Density-Dependent Prevalence of Francisella tularensis in Fluctuating Vole Populations, Northwestern Spain

6. Rodriguez-Pastor, Ruth; Escudero, Raquel; Vidal, Dolors; Mougeot, Francois; Arroyo, Beatriz; Lambin, Xavier; Maria Vila-Coro, Ave; Rodriguez-Moreno, Isabel; Anda, Pedro; Luque-Larena, Juan J.Density-Dependent Prevalence of Francisella tularensis in Fluctuating Vole Populations, Northwestern Spain. Emerging Infectious Diseases. 23 - 8, pp. 1377 - 1379. Centers Disease Control, 01/08/2017.

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Genotypes of Coxiella burnetii in wildlife: disentangling the molecular epidemiology of a multi-host pathogen

7. González-Barrio D, Jado I, Fernández-de-Mera IG, Del Rocio Fernández-Santos M, Rodríguez-Vargas M, García-Amil C, Beltrán-Beck B, Anda P, Ruiz-Fons F. Genotypes of Coxiella burnetii in wildlife: disentangling the molecular epidemiology of a multi-host pathogen. Environ Microbiol Rep. 2016 Oct;8(5):708-714.

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Development of Improved Serodiagnostics for Tularemia by Use of Francisella tularensis Proteome Microarrays

8. Nakajima, Rie; Escudero, Raquel; Molina, Douglas M.; Rodriguez-Vargas, Manuela; Randall, Arlo; Jasinskas, Algis; Pablo, Jozelyn; Felgner, Philip L.; AuCoin, David P.; Anda, Pedro; Davies, D. Huw. Towards Development of Improved Serodiagnostics for Tularemia by Use of Francisella tularensis Proteome Microarrays. Journal of Clinical Microbiology. 2016 Jul;54(7):1755-1765.

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Interruption of onchocerciasis transmission in Bioko Island: Accelerating the movement from control to elimination in Equatorial Guinea

5. Herrador Z, Garcia B, Ncogo P, Perteguer MJ, Rubio JM, Rivas E, Cimas M, Ordoñez G, de Pablos S, Hernández-González A, Nguema R, Moya L, Romay-Barja M, Garate T, Barbre K, Benito A. Interruption of onchocerciasis transmission in Bioko Island: Accelerating the movement from control to elimination in Equatorial Guinea. PLoS Negl Trop Dis. 2018 May 3;12(5):e0006471.

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LAMP kit for diagnosis of non-falciparum malaria in Plasmodium ovale infected patients

7. Thuy-Huong Ta-Tang, Sergio L. B. Luz, Francisco J. Merino, Isabel de Fuentes, Rogelio López-Vélez, Tatiana A. P. Almeida, Marta Lanza, Cláudia M. M. Abrahim, and José M. Rubio (2016). Atypical Mansonella ozzardi Microfilariae from an Endemic Area of Brazilian Amazonia. Am. J. Trop. Med. Hyg 95(3), 2016, pp. 633–636.

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Comparison of Imported Plasmodium ovale curtisi and P. ovale wallikeri Infections among Patients in Spain, 2005-2011.

9. Rojo-Marcos G, Rubio-Muñoz JM, Ramírez-Olivencia G, García-Bujalance S, Elcuaz-Romano R, Díaz-Menéndez M, Calderón M, García-Bermejo I, Ruiz-Giardín JM, Merino-Fernández FJ, Torrús-Tendero D, Delgado-Iribarren A, Ribell-Bachs M,Arévalo-Serrano J, Cuadros-González J (2014). Comparison of Imported Plasmodium ovale curtisi and P. ovale wallikeri Infections among Patients in Spain, 2005-2011. Emerg Infect Dis. 2014 Mar;20(3):409-16.

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Arbovirus surveillance: first dengue virus detection in local Aedes albopictus mosquitoes in Europe, Catalonia, Spain, 2015.

1. C Aranda; MJ Martínez; T Montalvo; R Eritja; J Navero-Castillejos; E Herreros; E Marqués; R Escosa; I Corbella; E Bigas; L Picart; M Jané; I Barrabeig; N Torner; S Talavera; Ana Vázquez; María Paz Sánchez-Seco; Nuria Busquets. Arbovirus surveillance: first dengue virus detection in local Aedes albopictus mosquitoes in Europe, Catalonia, Spain, 2015.Eurosurveillance. 23 - 47, 2018.

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Phylogenetic Characterization of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus, Spain

2. Eva Ramírez de Arellano; Lourdes Hernández; M José Goyanes; Marta Arsuaga; Ana Fernández Cruz; Anabel Negredo; María Paz Sánchez Seco. Phylogenetic Characterization of Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus, Spain. Emerging infectious diseases. 23 - 12, pp. 2078 - 2080. 12/2017. ISSN 1080-6059

PUBMED DOI

Toscana virus infection in Catalonia (Spain).

4. Neus Cardeñosa; Diana Kaptoul; Pedro Fernández Viladrich; Carles Aranda; Fernando de Ory; Jordi Niubó; Pere Plans; Angela Domínguez; Giovanni Fedele; Antonio Tenorio; María Paz Sánchez Seco. Toscana virus infection in Catalonia (Spain). Vector borne and zoonotic diseases (Larchmont, N.Y.). 13 - 4, pp. 273 - 278. 04/2013. ISSN 1557-7759

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. Autochthonous Crimean-Congo Hemorrhagic Fever in Spain

5. Anabel Negredo; Fernando de la Calle Prieto; Eduardo Palencia Herrejón; Marta Mora Rillo; Jenaro Astray Mochales; María P Sánchez Seco; Esther Bermejo Lopez; Javier Menárguez; Ana Fernández Cruz; Beatriz Sánchez Artola; Elena Keough Delgado; Eva Ramírez de Arellano; Fátima Lasala; Jakob Milla; Jose L Fraile; Maria Ordobás Gavín; Amalia Martinez de la Gándara; Lorenzo López Perez; Domingo Diaz Diaz; M Aurora López García; Pilar Delgado Jimenez; Alejandro Martín Quirós; Elena Trigo; Juan C Figueira; Jesús Manzanares; Elena Rodriguez Baena; Luis Garcia Comas; Olaia Rodríguez Fraga; Nicolás García Arenzana; Maria V Fernández Díaz; Victor M Cornejo; Petra Emmerich; Jonas Schmidt Chanasit; Jose R Arribas. Autochthonous Crimean-Congo Hemorrhagic Fever in Spain.The New England journal of medicine. 377 - 2, pp. 154 - 161. 13/07/2017. ISSN 1533-4406

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Zika Virus Screening among Spanish Team Members After 2016 Rio de Janeiro, Brazil, Olympic Games

6. Natalia Rodriguez Valero; Alberto M Borobia; Mar Lago; Maria Paz Sánchez Seco; Fernando de Ory; Ana Vázquez; Jose Luis Pérez Arellano; Cristina Carranza Rodríguez; Miguel J Martínez; Alicia Capón; Elias Cañas; Joaquin Salas Coronas; Arkaitz Azcune Galparsoro; Jose Muñoz. Zika Virus Screening among Spanish Team Members After 2016 Rio de Janeiro, Brazil, Olympic Games. Emerging infectious diseases. 23 - 8, pp. 1426 - 1428. 08/2017. ISSN 1080-6059

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Prolonged Zika Virus Viremia during Pregnancy

7. Anna Suy; Elena Sulleiro; Carlota Rodó; Élida Vázquez; Cristina Bocanegra; Israel Molina; Juliana Esperalba; María P Sánchez Seco; Hector Boix; Tomás Pumarola; Elena Carreras. Prolonged Zika Virus Viremia during Pregnancy. The New England journal of medicine. 375 - 26, pp. 2611 - 2613. 29/12/2016. ISSN 1533-4406

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Real time PCR assay for detection of all known lineages of West Nile Virus

8. Vázquez A, Herrero L, Negredo AI, Hernández L, Sánchez-Seco MP, Tenorio A. Real time PCR assay for detection of all known lineages of West Nile Virus. J Virol Methods. 2016 Oct; 236:266-70. 27481597.

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Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection

9. Nicole Espy; Unai Pérez-Sautu; Eva Ramírez de Arellano; Anabel Negredo; MR Wiley; S Bavari; Marta Díaz Manéndez; María Paz Sánchez-Seco; Gustavo Palacios. Ribavirin Had Demonstrable Effects on the Crimean-Congo Hemorrhagic Fever Virus (CCHFV) Population and Load in a Patient With CCHF Infection. J Infect Dis. 217 - 12, pp. 1952 - 1956. 25/05/2018.

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Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain.

10. M Mora-Rillo, M Arsuaga, G Ramírez-Olivencia, F de la Calle, A M Borobia, P Sánchez-Seco, M Lago, J C Figueira, B Fernández-Puntero, A Viejo, A Negredo, C Nuñez, E Flores, A J Carcas, V Jiménez-Yuste, F Lasala, A García-de-Lorenzo, F Arnalich, J R Arribas, for the La Paz-Carlos III University Hospital Isolation Unit. Acute respiratory distress syndrome after convalescent plasma use: treatment of a patient with Ebola virus disease contracted in Madrid, Spain. Lancet Respir Med. 3-7, pp:554-562. 31/05/2015

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Viral infections of the central nervous system in Spain: a prospective study.

1. F. de Ory, A. Avellón, J.E. Echevarría, M.P. Sánchez-Seco, G. Trallero, M. Cabrerizo, I. Casas, F. Pozo, G. Fedele, D. Vicente, M. J. Pena, A. Moreno, J. Niubo, N. Rabella, G. Rubio, M. Pérez Ruiz, M. Rodríguez-Iglesias, C. Gimeno, J.M. Eiros, S. Melón, M. Blasco, I. López-Miragaya, E. Varela, A. Martinez-Sapiña, G. Rodríguez, M.Á. Marcos, M.I. Gegúndez, G. Cilla, I. Gabilondo, J.M. Navarro, J. Torres, C. Aznar, A. Castellanos, M.E. Guisasola, A.I. Negredo, A. Tenorio, S. Vázquez-Morón (2013). Viral Infections of the Central Nervous System in Spain: a prospective Study. JOURNAL OF MEDICAL VIROLOGY 85: 554-562.

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Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM

2. F. de Ory, T. Minguito, J.E. Echevarría, M.M. Mosquera, A. Fuertes (2014). Comparative evaluation of tests for detection of parvovirus B19 IgG and IgM. APMIS 122: 223-229.

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Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM.

3. F. de Ory, T. Minguito, P. Balfagón, J.C. Sanz (2015). Comparison of chemiluminescent immunoassay and ELISA for measles IgG and IgM. APMIS, 123: 648-651.

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First case of imported Zika virus infection in Spain

4. P. Bachiller-Luque, M. Dominguez-Gil-González, J. Alvarez-Manzanares, A. Vázquez, F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco Fariñas (2016). First case of Zika virus infection imported to Spain (original breve). ENFERMEDADES INFECCIOSAS Y MICROBIOLOGÍA CLÍNICA, 34: 243-246.

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Chikungunya virus infections among travellers returning to Spain, 2008 to 2014.

5. M.D. Fernandez-Garcia, M. Bangert, F. de Ory, A. Potente, L. Hernández, F. Lasala, L. Herrero, F. Molero, A. Negredo, A. Vázquez, T. Minguito, P. Balfagón, J. de la Fuente, S. Puente, E. Ramírez de Arellano, M. Lago, M.J. Martinez, J. Gascón, F. Norman, R. Lopez-Velez, E. Sulleiro, D. Pou, N. Serre, R. Fernández-Roblas, A. Tenorio, L. Franco, M.P. Sánchez-Seco (2016). Chikungunya virus infections among travelers returning to Spain, 2008-2014. EUROSURVEILLANCE 2016; 21(36):pii=30336.

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Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014.

6. A.O. Martínez-Torres, M.M. Mosquera, F. de Ory, A. González-Praetorius, J.E. Echevarría (2016). Genetic Characterization of Rubella Virus Strains Detected in Spain, 1998-2014. PLoS One. 11(9):e0162403

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Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG.

7. F. de Ory, M.E. Guisasola, P. Balfagón, J.C. Sanz. 2018. Comparison of commercial methods of immunoblot, ELISA, and chemiluminescent immunoassay for detecting type-specific herpes simplex viruses-1 and -2 IgG. JOURNAL OF CLINICAL LABORATORY ANALYSIS; 32:e22203.

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Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015.

8. A.M. Gavilán, A. Fernández-García, A. Rueda, A. Castellanos, J. Masa-Calles, N. López-Perea, M.V. Torres de Mier, F. de Ory, J.E. Echevarría. 2018. Genomic non-coding regions reveal hidden patterns of mumps virus circulation in Spain, 2005 to 2015. EUROSURVEILLANCE, 2018;23(15):pii=17-00349.

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Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM.

9. F. de Ory, M.P. Sánchez-Seco, A. Vázquez, M.D. Montero, E. Sulleiro, M.J. Martinez, L. Matas, F.J. Merino, and Working Group for the Study of Zika Virus Infections (WGSZVI). 2018. Comparative evaluation of indirect immunofluoresecence and NS-1 based ELISA for the determination of Zika virus specific IgM. VIRUSES 10, 379

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Measles virus genotype D4 strains with non-standard genome lengths circulated during the large outbreaks in Spain in 2011-2012

10. H. Gil, A. Fernández-García, M.M. Mosquera, J.M. Hübschen, A. Castellanos, F. de Ory, J. Masa, J.E. Echevarria. 2018. Measles virus genotype D4 strains with non-standard length M-F non-coding region circulated during the major outbreaks of 2011-2012 in Spain. PLOS ONE July 16, 2018.

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Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms

• Muñoz-Chimeno M, Rodríguez-Paredes V, García-Lugo MA, Avellón A. Hepatitis E genotype 3 genome: A comprehensive analysis of entropy, motif conservation, relevant mutations, and clade-associated polymorphisms. Front Microbiol. 2022 Oct 6;13:1011662.

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Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España

Palladino C, Esteban-Cartelle B, Mate-Cano I, Sánchez-Carrillo M, Resino S, Briz V. Frecuencia de sustituciones relevantes asociadas a resistencia en la región NS5A a elbasvir en el virus de la hepatitis C en pacientes con genotipo 1a en España Enferm Infecc Microbiol Clin. 2018; 36 (5): 262-267

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Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder.

• Muñoz-Chimeno M, Cenalmor A, García-Lugo MA, Hernandez M, David Rodríguez-Lazaro D, Avellón A. Proline-Rich Hypervariable Region of Hepatitis E Virus: Arranging the Disorder. Microorganisms. 2020 Sep 15;8(9):1417.

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Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection.

• Avellón A, Ala A, Diaz A, Domingo D, González R, Hidalgo L, Kooner L, Loganathan S, Martin D, McPherson S, Muñoz-Chimeno M, Ryder S, Gabrielle Slapak G, Ryan P, Valbuena M, Kennedy PT. Clinical performance of Determine HBsAg 2 rapid test for Hepatitis B detection. J Med Virol. 2020 Apr 9.

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Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019.

• Muñoz-Chimeno M, Bartúren S, García-Lugo MA, Morago L, Rodríguez A, Galán JC, Pérez-Rivilla A, Rodríguez M, Millán R, Del Álamo M, Alonso R, Molina L, Aguinaga A, Avellón A. Hepatitis E virus genotype 3 microbiological surveillance by the Spanish Reference Laboratory: geographic distribution and phylogenetic analysis of subtypes from 2009 to 2019. Euro Surveill. 2022 Jun;27(23):2100542.

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Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe

• Adlhoch C, Avellón A, Baylis SA, Ciccaglione AR, Couturier E, de Sousa R, Epštein J, Ethelberg S, Faber M, Fehér A, Ijaz S, Lange H, Manďáková Z, Mellou K, Mozalevskis A, Rimhanen-Finne R, Rizzi V, Said B, Sundqvist L, Thornton L, Tosti ME, van Pelt W, Aspinall E, Domanovic D, Severi E, Takkinen J, Dalton HR. Hepatitis E virus: Assessment of the epidemiological situation in humans in Europe, 2014/15. J Clin Virol. 2016 Sep;82:9-16.

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Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit

2. Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.

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Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.

3. Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.

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List of staff

Additional Information

The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen. 

Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria. 

Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.

The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen. 

Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria. 

Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.

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