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Investigation
Pneumococcus
Research Lines
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Patogénesis e inmunidad viral
A) Desarrollo de metodología point of care frente a hepatitis virales en el reservorio del VIH
El tratamiento precoz de las hepatitis virales reduce el deterioro progresivo del hígado y evita el trasplante hepático. Resulta esencial disponer de métodos diagnóstico rápido, sencillos y coste-efectivos, para el cribado, en la vigilancia epidemiológica y el diagnóstico virológico temprano de enfermedades virales hepáticas. Línea de investigación llevada a cabo en colaboración con el Dr. Ricardo Madrid (BioAssays S.L).
B) Impacto de la coinfección y eliminación de las hepatitis virales en el reservorio del VIH
La coinfección por el VHC impacta en el reservorio del VIH, principal obstáculo para eliminar esta infección. Se realizan distintos abordajes del estudio del reservorio del VIH en pacientes VIH+ con distinta exposición al VHC, y tras su eliminación espontánea o con antivirales de acción directa, con el objetivo de identificar y proponer nuevas estrategias de eliminación/curación del VIH. Esta línea de Investigación se desarrolla en el seno del Grupo Multidisciplinar COVIHEP (COinfección por VIH y HEPatitis).
C) Identificación de marcadores de senescencia inducida por virus y estrategias paliativas
Las infecciones virales inducen una senescencia acelerada cuyo impacto afecta a la evolución de la enfermedad y a posibles comorbilidades. Nuestro objetivo es profundizar en los mecanismos que desencadenan la inmunosenescencia y estrés oxidativo asociado a infecciones virales e identificar nuevas estrategias terapéuticas que palien el envejecimiento prematuro en estos pacientes.
D) Impacto de SARS-CoV-2 en la infección por el VIH y hepatitis virales
Se desconocen las complicaciones a largo plazo de la infección por SARS-CoV-2 en personas que viven con VIH y/o hepatitis virales que podrían experimentar un desarrollo clínico de la enfermedad más desfavorable. La identificación de biomarcadores de gravedad no invasivos (como en sangre/plasma) resulta de especial interés en estos pacientes.
E) Origen y Epidemiología de la enfermedad hepática
Estudio del origen y la dinámica de transmisión espacio-temporal de los virus hepáticos, clave para el entendimiento de su evolución y propagación, así como en el análisis de la carga global de las enfermedades, lo que podría ayudar a desarrollar programas de Salud Pública encaminados a prevenir y frenar su transmisión.
F) Impacto de la viremia de bajo grado del VIH
Se desconoce tanto el origen como los mecanismos de la viremia de bajo grado, presente entre el 3 y 16% que las personas que viven con VIH. Su presencia podría desembocar en un mayor riesgo de sufrir comorbilidades relacionadas con enfermedades cardiovasculares, cáncer y trastornos metabólicos.
G) Calidad del aire y su impacto en poblaciones vulnerables
La contaminación del aire agrava las patologías infecciosas y la salud cardiovascular y respiratoria. La evolución de la enfermedad en personas con enfermedades crónicas con VIH y hepatitis puede verse agravada tras la inhalación continua de contaminantes ambientales. Línea de investigación llevada a cabo en colaboración con el CNSA y el CNE del ISCIII.
H) Coinfección por VHE y protistas entéricos en el reservorio humano y animal: vigilancia e investigación
La coinfección entre virus y protistas entéricos podría influir en la cotransmisión y patogenicidad de dichas especies. Línea de investigación, bajo el concepto “One Health” que se centra en la vigilancia y estudio de la coinfección del VHE y protistas entéricos. Colaboración con el grupo multidisciplinar COHEPROEN (COinfección HEpatitis y PROtistas ENtéricos).
Research projects
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A) Proyectos de investigación financiados en los últimos 10 años
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Como investigadora principal
1. Impact of long-tem HCV eradication on HIV infection: integration of Immune-virologic HIV markers, host transcriptome, and plasma microbiome data. Ministerio de Ciencia (Proyectos de Generación de Conocimiento 2021). Expediente: PID2021-126781OB-I00 financiado por por MICIU/AEI /10.13039/501100011033 y por FEDER, UE Septiembre 2022 - agosto 2025. 157.300€.
2. Identificación de biomarcadores inmunológicos asociados a las infecciones virales crónicas hepatitis C y VIH relacionados con la infección por SARS-COV-2 y su pronóstico. Consejo de Educación e Investigación. Comunidad de Madrid. Doctorados Industriales. Expediente: IND2020/BMD-17373. 2021-2024. 150.000€.
3. Impacto de la erradicación y aclaramiento del VHC con los nuevos antivirales de acción directa, en pacientes coinfectados VIH/VHC en el reservorio VIH en sangre periférica y sistema inmune. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI18CIII/00020. 2019-2021. 154.000€.
4. Desarrollo de un sistema de diagnóstico in vitro para la determinación del virus de la Hepatitis C mediante nanosondas. Organismo Financiador: Comunidad Autónoma de Madrid. Doctorados Industriales. Expediente: IND2017/BMD7683. 2018-2020. 128.000€.
5. Validación preclínica de un nuevo método de diagnóstico in vitro para la determinación de la infección por el virus de la hepatitis C en humanos. Organismo financiador: BioAssays SL. Expediente: MVP-325/19. 2019-2023. 193.400€.
6. Estudio del reservorio VIH en sangre periférica y su relación con la infección por VHC, sistema inmune y perfil de microARNs. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI15CIII/00031. 2016-2018. 154.000€.
7. Development of a cell-based assay to characterize resistance mutations and drug susceptibility to protease inhibitors against hepatitis C virus and evaluation in vivo as predictors of failure. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: CP13/00098. 2014-2016. 120.000€.
- Como investigadora asociada
1. URBANOME (Urban Observatory for Multi-participatory Enhancement of Health and Wellbeing). IP: Saúl García Dos Santos-Alves. Agencia Financiadora: Horizon 2020 H2020-SC1-BHC-2018-2020 / H2020-SC1-2020-Two-Stage-RTDework. Call topic: Innovative actions for improving urban health and wellbeing - addressing environment, climate and socioeconomic factors". Expediente: 945391. 01/04/2021 - 01/04/2025. 268.000 €.
2. Antibiotics, hormones, persistent and mobile organic contaminants and pathogens, the complex mixture in agriculture and livestock scenario. Risk to health or natural attenuation? (Nat4Health). IP: Ana de Santiago y Raffaella Meffe. Agencia Financiadora: Ministerio de ciencia e Innovación. Convocatoria: Proyectos I+D+i 2020. Modalidad: Retos Investigación. Expediente: PID2020-118521RB-I00. 01/09/2021 - 01/09/2025. 170.000 €.
3. Inmunopatogenía del VIH. Red Temática De Investigación Cooperativa (RIS). Expediente: RD16CIII/00025. IP: Salvador Resino. (Instituto de Salud Carlos III). 01/01/2017-06/03/2022. 250.000 €.
4. Efectos de la erradicación del VHC en pacientes con cirrosis avanzada por VHC. Una aproximación traslacional. Investigador principal: Salvador Resino García. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI14/CIII/00011. 2016-2018. 154.000 €.
5. Desarrollo y mecanismo de acción de dendrímeros como microbicidas para frenar la infección por el VIH por transmisión sexual (vaginal y anal): prueba de concepto. IP: Mª Angeles Muñoz Fernández. Organismo Financiador: Fondo de Investigación Sanitaria (ISCIII). Expediente: PI13/02016. 2014-2016. 180.000 €.
6. Peptides-associated dendrimers in dendritic cells for the development of new nano-HIV vaccines. DENPEPTHIV. EuroNanoMed. IP: Mª Angeles Muñoz Fernández. Organismo financiador: Instituto de Salud Carlos III. Proyectos al amparo del Espacio Europeo de Investigación dentro del VII Programa Europeo. FP7 Cooperation Work Programme: Health-2010. Expediente: PS09102669. 2010-2013. 220.000 €.
Publications
HCV eradication with IFN-based therapy does not completely restore gene expression in PBMCs from HIV/HCV-coinfected patients.
9. Brochado O, Martínez I (*), Berenguer J, Medrano L, González-García J, Jiménez-Sousa MA, Carrero A, Hontañón V, Navarro J, Guardiola JM, Pérez-Latorre L, Micán R, Fernández-Rodríguez A (‡), Resino S (* ‡). HCV eradication with IFN-based therapy does not completely restore gene expression in PBMCs from HIV/HCV-coinfected patients. J Biomed Sci 2021; 28:23 (A; FI= 12.77; D1, Medicine, Research & Experimental; JCR 2021).
PUBMED DOIDynamics of HIV Reservoir and HIV-1 Viral Splicing in HCV-Exposed Individuals after Elimination with DAAs or Spontaneous Clearance.
Martínez-Román P, Crespo-Bermejo C, Valle-Millares D, Lara-Aguilar V, Arca-Lafuente S, Martín-Carbonero, Ryan P, De los Santos I, López-Huertas MR, Palladino C, Muñoz-Muñoz M, Fernández-Rodríguez A*, Coiras M, Briz V, on behalf of COVIHEP network. Dynamics of HIV Reservoir and HIV-1 Viral Splicing in HCV-Exposed Individuals after Elimination with DAAs or Spontaneous Clearance. Journal of Clinical Medicine 2022, 11: 3579.
PUBMED DOIProtein Saver® cards: the best alternative for DBS storage at room temperature for HCV RNA.
Arca-Lafuente S, Casanueva-Benítez C, Crespo-Bermejo C, Lara-Aguilar V, Martín-Carbonero L, De los Santos I, Madrid R, Briz V*. Protein Saver® cards: the best alternative for DBS storage at room temperature for HCV RNA. 903 Scientific Report 2022, 12: 10124.
PUBMED DOIDiarrhoea-causing enteric protist species in intensively and extensively raised pigs (Sus scrofa domesticus) in Southern Spain. Part II: Association with Hepatitis E virus susceptibility.
Rivero-Juarez A, Dashti A, Santín M, George, Köster PC, Lopez-Lopez P, Risalde MA, García-Bocanegra I, Gomez-Villamandos JC, Caballero-Gómez J, Frías M, Bailo B, Ortega S, Muadica AS, Calero-Bernal R, González-Barrio D, Rivero A, Briz V*, Carmena D. Diarrhoea-causing enteric protist species in intensively and extensively raised pigs (Sus scrofa domesticus) in Southern Spain. Part II: Association with Hepatitis E virus susceptibility. Transboundary and Emerging Diseases 2021, 69: e1172-e1178.
PUBMED DOIContent with Investigacion .
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Carmen Marcos Moreno
Ayudante de Investigación de OPIs
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Antonio Javier Martín Galiano
Investigador Miguel Servet II
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Mireia López Siles
Investigadora Posdoctoral
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Andrés Corral Lugo
Investigador Posdoctoral
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Ana Tajuelo Moreno-Palancas
Investigadora predoctoral
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Marta Vicente Pazos
Investigador predoctoral
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Astrid Pérez Gomez
Investigador posdoctoral
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Mar Cordero Alba
Investigador posdoctoral
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Sonia Prieto Martín Gil
Investigador predoctoral
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Beatriz Cano Castaño
Investigador predoctoral
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Michael McConnell
Científico Titular
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Federico Román Alonso
Científico Titular de OPIs
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Miriam García López
Contratada predoctoral pFIS
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María Dolores Pérez Vázquez
Científica Titular OPI
Licenciada y doctora en Farmacia (Universidad de Santiago de Compostela, Universidad Complutense de Madrid). Especialista en Microbiología y Parasitología clínicas (F.I.R.). Mi trayectoria investigadora se ha centrado en la resistencia a los antibióticos y la epidemiología de patógenos resistentes, desarrollándose principalmente en el Centro Nacional de Microbiología (ISCIII), así como en el ámbito hospitalario (HU Ramón y Cajal) y en el Wellcome Sanger Institute (Cambridge). Desde 2012, tras mi formación en bioinformática, he consolidado una línea de investigación basada en la secuenciación masiva (WGS) aplicada a la vigilancia microbiológica, promoviendo la creación de la RedLabRA para la vigilancia nacional de bacterias multirresistentes. Mi producción científica alcanza 111 publicaciones (7056 citas; h-index 39/36) y he destacado por integrar investigación, vigilancia y transferencia al Sistema Nacional de Salud, junto con una sólida actividad docente y formadora.
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Noelia Lara Fuella
Técnico Superior
ORCID code: 0009-0004-8912-7741
Noelia Lara Fuella (NLF) es Técnica Superior Especialista en Anatomía Patológica y Citología, con amplia experiencia en técnicas fenotípicas y genotípicas de identificación de mecanismos de resistencia en enterobacterias y gran positivos, amplia experiencia en técnicas de biología molecular, incluyendo aislamiento de ADN, PCR, RT-Y qPCR, campo Pulsante, preparación de librerías para su posterior análisis por secuenciación masiva, análisis de secuencias mediante herramienta Galaxy. Posee experiencia en manipulación de animales, realizando técnicas de inoculación y posterior sangrado para realización de posteriores ensayos, cultivo de células tumorales y mantenimiento de líneas celulares. Su trayectoria investigadora abarca un periodo de 22 años llevados a cabo en el Centro Nacional de Microbiología, en el Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e IRAS, durante todo este tiempo NLF ha sido clave para la realización y puesta a punto de diversas técnicas moleculares y pruebas diagnósticas del programa de vigilancia de Haemophilus Influenzae y Programa de Vigilancia de Resistencia a Antibióticos donde permanece en la actualidad.
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Verónica Casquero García
Técnico Superior Especializado de OPIs
ORCID code: 0000-0002-2365-394X
Verónica Casquero García es Licenciada en Bioquímica y en Biología, con amplia experiencia en técnicas de biología molecular, incluyendo aislamiento de ADN y ARN, PCR, RT- y qPCR, clonaje, mutagénesis dirigida, silenciamiento génico mediante shRNA y edición génica con CRISPR-Cas9. Posee experiencia en cultivo y manipulación de células madre embrionarias de ratón, células primarias de ratón y humano y líneas celulares, así como en técnicas de bioquímica de proteínas y en microscopía. Su trayectoria investigadora abarca varios centros incluyendo CSIC, CNIC y CNIO. Desde su incorporación al CNM en el Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e IRAS ha sido clave en la actualización y desarrollo de técnicas moleculares y pruebas diagnósticas del Programa de Vigilancia en Infecciones Estafilocócicas. Domina la extracción de ADN/ARN bacteriano de distintos tipos de muestras y la preparación de librerías para secuenciación genómica, metagenómica y metatranscriptómica.
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Jesús Oteo Iglesias
Investigador Científico OPI
ORCID code: 0000-0003-3327-8263
Licenciado en Medicina y Cirugía en 1992 y Doctor en 2005 por la Universidad Complutense de Madrid. Realizó la especialidad en Microbiología y Parasitología en el Hospital de Móstoles (2000) y desde 2001 ha desarrollado su carrera profesional en el CNM del ISCIII, del cual fue Director entre 2019-2021 liderando el plan de acción del CNM-ISCIII frente a la pandemia de COVID-19. Es profesor de investigación de OPIs, director científico del CIBER de Enfermedades Infecciosas (CIBERINFEC), coordinador de la Red Nacional de Laboratorios para la Vigilancia de Microorganismos Resistentes (RedLabRA) y National Focal Point español en resistencia a antimicrobianos. Su actividad investigadora está centrada en el campo de la resistencia a antibióticos, ha publicado más de 200 artículos en revistas con índice de impacto y ha sido investigador principal de numerosos proyectos. Ha sido secretario científico de la Junta Directiva de la SEIMC, y presidente de su grupo para el estudio de los mecanismos de acción y resistencia a antibióticos (GEMARA).
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Silvia García Cobos
Investigador Posdoctoral
ORCID code: 0000-0002-1417-5691
Doctora en Biología por la Universidad Complutense de Madrid (2009), realizó su tesis en el Centro Nacional de Microbiología (CNM) del Instituto de Salud Carlos III, donde investigó los mecanismos de resistencia a antibióticos β-lactámicos en Haemophilus influenzae. Continuó su investigación en el mismo centro hasta el 2013, especializándose en la caracterización molecular de mecanismos de resistencia a antibióticos y su vigilancia epidemiológica, colaborando en redes nacionales como REIPI. Entre 2013 y 2019 desarrolló su labor en el University Medical Center Groningen (UMCG), Países Bajos, donde aplicó la secuenciación completa de genomas en el estudio de la diseminación de bacterias resistentes a los antibióticos bajo el enfoque One Health y la colaboración transfronteriza (programa INTERREG), además de investigar el resistoma intestinal humano en proyectos europeos de investigación. En 2019 regresó a España con financiación del programa Atracción de Talento de la Comunidad de Madrid para iniciar una línea de investigación sobre el papel del microbioma humano en las enfermedades infecciosas bacterianas y la resistencia a antibióticos, mediante secuenciación y análisis de datos metagenómicos y metatranscriptómicos.
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María Belén Aracil García
Científica Titular OPI
ORCID code: 0000-0002-6156-8252
Licenciada y doctora en Medicina y Cirugía (Universidad Autónoma de Madrid, y Universidad Complutense de Madrid, respectivamente). Especialista en Microbiología y Parasitología clínicas (M.I.R.). Experiencia clínica en enfermedades infecciosas y microbiología desarrollada en el ámbito hospitalario (HU de Móstoles y HM Hospitales- Madrid-Montepríncipe) y en el Laboratorio de Referencia e Investigación de .Resistencia a Antibióticos y Enfermedades Relacionadas con la Asistencia Sanitaria (IRAS) del Centro Nacional de Microbiología del Instituto de Salud Carlos III, donde desde 2000 se ha desarrollado también mi actividad investigadora, enfocada en el estudio de la resistencia a los antibióticos esencialmente en patógenos multirresistentes gnosocomiales desde el punto de vista de la epidemiología molecular y la salud pública. Desde 2012, responsable de calidad del laboratorio, punto focal alternate de resistencia a antibióticos en España y coordinadora de la red EARS-Net en España, red del ECDC para la vigilancia de la resistencia a antibióticos en infecciones invasivas causadas por los principales microorganismos involucrados en la multirresistencia. Labor formativa de posgrado en la Universidad de Alcalá y la UNED y en otros ciclos formativos relacionados. Destacada producción científica con 114 publicaciones e informes técnicos y 30 proyectos de investigación.
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Isabela Alonzo González
Dra.
ORCID code: 0009-0007-4291-4870
La Dra. Isabela Alonso González es licenciada en Biología por la Universidad Complutense de Madrid, en 2002. Realizó su tesis doctoral en el ámbito de la regulación de la expresión génica en células de mamífero en el Centro de Biología Molecular Severo Ochoa (CBMSO-UAM), donde concluyó su doctorado en Biología Molecular en 2009. Tras varias estancias posdoctorales, se especializó mediante un Máster en Gestión de Proyectos de I+D y es experta en la coordinación y gestión de redes de investigación. Desde 2023 trabaja como Project Manager del proyecto MePRAM, contratada por el CIBER y, en paralelo, desarrolla su labor en el Centro Nacional de Microbiología (CNM) en el grupo de investigación del Dr. Jesús Oteo, explorando oportunidades en una nueva línea de trabajo relacionada con la proteómica y la resistencia a antimicrobianos en patógenos de interés para el Sistema Nacional de Salud (SNS), así como en el estudio de nuevas terapias celulares frente a las infecciones producidas por bacterias multirresistentes.
List of staff
Additional Information
The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen.
Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria.
Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.
The Pneumococcus Unit is in charge of two very important aspects related to pneumococcus infections, such as epidemiological surveillance and basic and translational research of diseases caused by this pathogen. Our unit contributes to the epidemiological surveillance of invasive pneumococcal disease (IPD), characterizing the serotypes and genotypes of invasive pneumococci circulating in Spain, as well as the evolution of antibiotic resistance in this pathogen.
Identification of culture-negative samples (CSF and pleural fluids) is performed using real-time PCR. Serotyping is performed using the Dot-blot and PCR-sequencing technique. Genotyping for the study of outbreaks and characterization of clones associated with hypervirulent and/or multiresistant strains is performed using the MLST technique and the analysis of complete genomes by massive sequencing. In addition, antibiotic susceptibility is determined following the EUCAST criteria.
Our unit belongs to the IBD-labnet network of the ECDC and annually notifies all cases of IPD to the ECDC and also to the IRIS (Invasive Respiratory Infection Surveillance) network. At the level of basic and translational research, our unit is responsible for studying and characterizing different molecular mechanisms of pathogenicity and protection related to pneumococcal infection. Among the main objectives are the molecular characterization of virulence factors, the study of different vaccine candidate proteins and determining the possible impact that tobacco smoke and the formation of biofilms have on the colonization of the respiratory tract.