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Investigation

Bacterial Taxonomy

Research Lines

Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

Resistencia a Antibióticos

Nuestro objetivo general es aportar conocimiento precoz sobre cualquier mecanismo de resistencia a antibióticos emergente en nuestro país. Dicho aporte de conocimiento se fundamenta en unos objetivos transversales clave:

  1) La capacidad de adaptar la investigación a los problemas de resistencia emergentes

  2) La promoción de estudios de investigación cooperativos y multidisciplinares con diferentes centros españoles y extranjeros

  3) La transferencia ágil de los resultados de la investigación a la práctica clínica del Sistema Nacional de Salud

  4) El fomento de la interrelación de la investigación con la referencia, la asesoría, la formación y la divulgación.

Nuestros principales objetivos científicos son la caracterización de las bases moleculares de la resistencia a antibióticos en bacterias patógenas, el estudio de la epidemiología molecular y la estructura poblacional de las bacterias resistentes, la caracterización de los elementos genéticos móviles que portan los genes de resistencia, y el desarrollo de técnicas diagnósticas y alternativas terapéuticas frente a bacterias con resistencia extensa, basado en nuevas tecnologías como la secuenciación de genomas bacterianos. La investigación en las vías de diseminación de enterobacterias, Acinetobacter baumannii y Pseudomonas aeruginosa productores de carbapenemasas es uno de nuestros objetivos prioritarios.


Algunas iniciativas en las que participamos son la red europea de vigilancia de la resistencia a antibióticos (EARS-Net), el  sistema de la OMS desarrollado para apoyar el plan de acción mundial sobre la resistencia a los antimicrobianos (GLASS), la red española de investigación en patología infecciosa (REIPI), el Plan nacional contra la resistencia a antibióticos (PRAN), el Comité Coordinador de la red de laboratorios para la vigilancia de microorganismos resistentes, y la coordinación nacional de los proyectos CARBA-ES-2019 (nacional) y CCRE-survey (ECDC).

Líneas de investigación

- Detección y caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos emergentes, sobre todo a antibióticos de última línea como los antibióticos carbapenémicos y la colistina.


- Caracterización y trazabilidad interregional, mediante el análisis de secuencias de genomas completos (WGS), de clones de alto riesgo con múltiple resistencia a antibióticos, y de plásmidos epidémicos portadores de genes de resistencia.


- Identificación mediante recursos bio-informáticos de posibles dianas para el desarrollo de nuevos productos o moléculas relacionadas con el control de la resistencia a antibióticos (vacunas, pruebas diagnósticas, atenuantes de virulencia y otros).


- Análisis de las tendencias evolutivas de la resistencia a antibióticos en patógenos bacterianos productores de bacteriemia; European Antimicrobial Resistance Surveillance Net (EARS-Net) del ECDC y Global Antimicrobial Resistance Surveillance System (GLASS) de la OMS.


- Análisis del microbioma y resistoma del tracto gastrointestinal humano y su relación con la colonización por bacterias multi-resistentes y desarrollo de infecciones (metagenómica).

Investigación en infecciones multirresistentes

 

La emergencia y diseminación global de cepas bacterianas de diferentes especies con resistencia a distintas clases de antibióticos (cepas multirresistentes) supone una amenaza para la eficacia del tratamiento antibiótico. El Antibiotic Resistance Global Report publicado por la Organización Mundial de la Salud en 2014 destacó altas tasas de resistencia en varias especies de bacterias patógenas en cada una de las seis regiones incluidas en el estudio (WHO; 2014). Las infecciones causadas por bacterias resistentes están asociadas a una mortalidad significativa, produciendo más de 700.000 muertes al año, y se estima que esta cifra llegará a 10 millones de muertes anuales en 2050, si no cambia la tendencia actual (Antimicrobial Resistance Rev; 2015). En 2017, la Organización Mundial de la Salud identificó las especies bacterianas frente a las que deberían implementarse nuevas medidas de tratamiento y prevención (WHO 2017). En este informe se clasificaron las especies Gram negativas multirresistentes.

Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella pneumoniae con la prioridad más alta (Priority 1: Critical). Las tasas de resistencia a los antimicrobianos de primera línea de estas bacterias Gram-negativas multirresistentes se han incrementado a nivel global durante la última década, complicando significativamente el manejo clínico de las infecciones producidas por estos microorganismos. En este contexto, nuestro grupo está desarrollando las siguientes líneas de investigación:

1. Desarrollo de vacunas para infecciones multirresistentes

Esta línea de investigación tiene como objetivo del desarrollo preclínico de vacunas profilácticas y anticuerpos monoclonales terapéuticos para infecciones producidas por bacterias Gram negativas multirresistentes de difícil manejo clínico debido a la resistencia antimicrobiana. La investigación realizada en esta línea tiene como objetivo identificar y caracterizar antígenos de las bacterias multirresistentes (Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae y Pseudomonas aeruginosa) que sirvan para el desarrollo de anticuerpos monoclonales y vacunas a través de estudios epidemiológicos, genómicos y proteómicos.

2. Caracterización de tratamientos novedosos para infecciones multirresistentes

Esta línea de investigación tiene como objetivo identificar y caracterizar nuevos tratamientos basados en moléculas novedosas y/o combinaciones de antibióticos existentes para infecciones producidas por bacterias Gram negativas multirresistentes.  También se emplean técnicas moleculares y "omicas" para la identificación de nuevas dianas para el desarrollo de antibióticos novedosas. 

3. Desarrollo de vacunas frente a SARS-CoV-2

Debido la situación producida por la propagación del SARS-CoV-2 urge la realización de estudios que tienen como objetvo el desarrollo de vacunas profilácticas.  Nuestro grupo lidera el desarrollo de un prototipo de vacuna basado en ADN plasmídico que expresa antígenos de SARS-CoV-2 y la caracterización de la respuesta inmune inducida por esta vacuna en un modelo murino de inmunización.

Caracterización molecular de los estafilococcus

​El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:

Estafilococos coagulasa negativa

Identificación:

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

Perfil por PFGE

SSC

mec

MLST

 

Detección de genes

Genes mec

Genes de resistencia

Mecanismos de resistencia al linezolid

Dominio V del gen 23S ARNr

Gen rplC (riboproteína L3)

Gen rplD (riboproteína L4)

Gen rplV (riboproteína L22)

 

 

Staphylococcus aureus

Identificación:

PCR del gen Sau

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

PFGE

MLST

SSC

mec

Spa-tipo

 

Detección de genes

Genes mec

Gen PVL

Toxinas exfoliativas (SST)

Toxina del Shock Tóxico (TSST)

Research projects

Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

A continuación se detallan los proyectos de investigación del grupo con vigencia en los últimos cinco años:

1. Título del proyecto: Terapias de RNA, Inmunoterapia y Diagnóstico Avanzado frente a las Resistencias Antimicrobianas. END-RAM (PLEC2024-011123).

Proyecto financiado por el CDTI y la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Transmisiones de 2024 (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez

2. Título del proyecto: AMIR: Inmunoterapia avanzada basada en macrófagos para infecciones resistentes a antibióticos (CPP2024-011561)

Proyecto financiado por la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Retos 2025 (vigencia 2026-2028). IP: Isabela Alonso González.

3. Título del proyecto: Desarrollo y Estandarización de un Banco de fagos para el tratamiento de Infecciones Pulmonares crónicas producidas por Bacterias Multirresistentes (DEBIPhage) (COOP24CIII/00021).

Proyecto financiado por el ISCIIII en la convocatoria COOPERA-ISCIII (AESi 2024) (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez.

4. Título del proyecto: Estudio comprehensivo del impacto de las bacterias multirresistentes productoras de metalocarbapenemasas a nivel nacional: Proyecto multicéntrico nacional CARB/MBL-ES-25 (PI24CIII/00044)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2024 (vigencia 2025-2027). IPs: María Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias; coordinadora: Eva Ramírez de Arellano.

5. Título del proyecto: Phage Therapy An-persister strategy (PHAGES-An-PERS) (JPIAMR-ACTION 2024)

Proyecto financiado por la JPIAMR-Action 2024 (vigencia 2025-2027) IP: María del Mar Tomás Carmona (H.U. A Coruña). IP del CNM: Jesús Oteo Iglesias.

6. Título del proyecto: Improving surveillance of antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa in Europe (ISARPAE) (JPIAMR_NC_2022-021)

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024) IP: Antonio Oliver Palomo (H.U Son Espases de Palma de Mallorca). Investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/isarpae/#network-partners

7. Título del proyecto: Bridging of Antimicrobial resistance Surveillance systems In Community Settings across Europe (BASICS) (JPIAMR_NC_2022-020).

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024). IP: Olivier Lemenand; investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/basics/

8. Título del proyecto: La medicina de precisión contra la resistencia a antimicrobianos: Proyecto MePRAM (PMP22/00092)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria de Medicina Personalizada y de Precisión 2022 (vigencia 2023-junio 2026). IP: Jesús Oteo Iglesias.

9. Título del proyecto: Impact of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in patients infected by SARS-CoV-2: Prevalence and genomic characterization (PI21CIII/00039)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2020 (vigencia 2022-2024, prorrogado hasta 2025). IPs: María Dolores Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias.

10. Título del proyecto: Impacto de la hospitalización en UCI en el microbioma y resistoma intestinal, estudio de cohorte observacional (2018-T1/BMD-11581)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2019-2023). IP: Silvia García Cobos.

11. Título del proyecto: Metatranscriptomics to investigate the functional gut microbiome and resistome in critically ill patients (2022-5A/BMD-24243)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2023-2024). IP: Silvia García Cobos.

12. Título del proyecto: PROTECT, Inhibidores de carbapenemasas: actividad frente a Enterobacterales productores de carbapenemasas, mecanismos e impacto en la evolución de la resistencia antimicrobiana (PI22/01212).

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AES 2022 (vigencia 2023-2025). IP: Jorge Arca Suarez. Investigador colaborador del grupo: Maria Belén Aracil.

13. Título del proyecto: Incidencia y caracterización genómica de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli productores de carbapenemasas aislados en hospitales españoles: Proyecto multicéntrico nacional CARB-ES-2019 (PI18CIII/00030)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IP: Jesús Oteo Iglesias.

14. Título del proyecto: Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistente (MPY 380/18)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IPs: María Pérez Vázquez y Michael McConnelly

15. Aunque no se trata de proyectos de investigación con financiación competitiva al uso, caben destacar los estudios de vigilancia mediante WGS que el ECDC a través de su red EURGen-Net está llevando a cabo en los últimos años, y que se estructuran a través de redes nacionales; la subred española está coordinada desde el CNM-ISCIII por nuestro grupo.

15.1. ECDC genomic-based survey of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in Europe (CRAb). Inicio 2025. Coordinación española: Belén Aracil García y Jared Sotelo Tascón

15.2. ECDC genomic surveillance of carbapenem-resistant Enterobacterales 2025 (CRE25 survey). Inicio 2025. Coordinación española Belén Aracil García y Javier Cañada García.

Financiación activa:

1. STOPINFECTIONS: Desarrollo de la primera vacuna válida internacional contra la neumonía resistente a antibióticos. Convocatoria ​Retos de Colaboración 2019. Proyecto RTC 2019-007058-1 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033.  

2. AMREADY: Desarrollo y fabricación de vacunas como soluciones y preparación ante la crisis sanitaria mundial por la resistencia a antibióticos. Convocatoria Proyectos I+D+i en líneas estratégicas, en colaboración público-privada 2021. Número de expediente PLEC2021-008078. Proyecto PLEC2021-008078 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR.


 

3. TRANSVAC DS: Design Study for a European Vaccine R&D Infrastructure. (Unión Europea; Horizonte 2020) Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2022. 1.900.000 €.

4. Development of a multiepitope vaccine for the prevention of COVID-19. (CaixaImpulse Program) CF01-0002. IP: Michael McConnell. 2020-2020. 300.000 €.

5. NANOVAX: Desarrollo de nanopartículas funcionalizadas para mejorar la respuesta a vacunas frente a enfermedades infecciosas. (DTS19CIII/0007) Instituto de Salud Carlos III. IP: Michael McConnell. 2020-2021. 86.000 €.

6.  Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistentes. Instituto de Salud Carlos III (FIS). Co-IP: Michael McConnell. 2019-2021. 97.700 €.

7. Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-COV-2 en España. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 325.909 €.

8. Investigación para el desarrollo de vectores de expresión de antígenos de Actinobacillus pleuropneumonia. IP: Michael McConnell. 2019-2022. 11.000 €.

9. Investigación de anticuerpos frente a Acinetobacter baumannii. Co-IP Michael McConnell. 2018-2021. 40.400 €.

10. KapaVax: Development of a trivalent vaccine for the prevention of infection caused by Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae. CARB-X. IP (ISCIII): Michael McConnell. 2019-2021. 89.615 €.

11. Estudio de la cinética y reactividad de los anticuerpos neutralizantes en pacientes recuperados de COVID-19. Fundación Mutua Madrileña. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 80.000 €.

12. STOP-Coronavirus: factores clínicos, inmunológicos, genómicos, virológicos y bioéticos de COVID-19. (ISCIII: COV20-00181). 2020-2021. 1.200.000€.

13. Desarrollo de herramientas computacionales basadas en "big data" genómico para el diagnóstico de precisión de sepsis bacteriana. (MPY 509/19). IP: Javier Martín Galiano. 2020-2022- 74,400 €.​

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

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Where are we with monoclonal antibodies for multidrug-resistant infections?

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Phenotypic changes associated with Colistin resistance due to Lipopolysaccharide loss in Acinetobacter baumannii

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Guía Latinoamericana para la implementación de Código de Ética en los laboratorios de salud.

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Permanent control of HIV-1 pathogenesis in exceptional elite controllers: a model of spontaneous cure

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Guiding the humoral response against HIV-1 toward a MPER adjacent region by immunization with a VLP-formulated antibody-selected envelope variant

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Definition of the viral targets of protective HIV-1-specific T cell responses

Mothe B, Llano A, Ibarrondo J, Daniels M, Miranda C, Zamarreno J, Bach V, Zuniga R, Perez-Alvarez S, Berger CT, Puertas MC, Martinez-Picado J, Rolland M, Farfan M, Szinger JJ, Hildebrand WH, Yang OO, Sanchez-Merino V, Brumme CJ, Brumme ZL, Heckerman D, Allen TM, Mullins JI, Gomez G, Goulder PJ, Walker BD, Gatell JM, Clotet B, Korber BT, Sanchez J, Brander C; J Transl Med. 2011 Dec 7;9:208

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Vector-mediated gene transfer engenders long-lived neutralizing activity and protection against SIV infection in monkeys

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Balancing selection and the evolution of functional polymorphism in Old World monkey TRIM5alpha

Newman RM, Hall L, Connole M, Chen GL, Sato S, Yuste E, Diehl W, Hunter E, Kaur A, Miller GM, Johnson WE; Proc Natl Acad Sci U S A. 2006 Dec 12;103(50):19134-9

PUBMED DOI

Virion envelope content, infectivity, and neutralization sensitivity of simian immunodeficiency virus

Yuste E, Johnson W, Pavlakis GN, Desrosiers RC; J Virol. 2005 Oct;79(19):12455-63.

PUBMED DOI

HIV-1-specific CD8+ T cell responses and viral evolution in women and infants

Sanchez-Merino V, Nie S, Luzuriaga K*. 2005. J Immunol 175:6976-86.

PUBMED DOI

Modulation of Env content in virions of simian immunodeficiency virus: correlation with cell surface expression and virion infectivity

Yuste E, Reeves JD, Doms RW, Desrosiers RC*. 2004. J Virol 78:6775-85.

PUBMED DOI

The Association of HIV-1 Neutralization in Aviremic Children and Adults with Time to ART Initiation and CD4+/CD8+ Ratios

Sanchez-Merino V, Martin-Serrano M, Beltran M, Lazaro-Martin B, Cervantes E, Oltra M, Sainz T, Garcia F, Navarro ML, Yuste E; Vaccines (Basel). 2023 Dec 20;12(1):8;

PUBMED DOI

High-Resolution Melting Assay to Detect the Mutations That Cause the Y132F and G458S Substitutions at the ERG11 Gene Involved in Azole Resistance in Candida parapsilosis

Nuria Trevijano-Contador, Elena López-Peralta, Jorge López-López, Alejandra Roldán, Cristina de Armentia, Óscar Zaragoza. Mycoses 2024 Nov;67(11):e13811

PUBMED DOI

Broad Protection against Invasive Fungal Disease from a Nanobody Targeting the Active Site of Fungal β-1,3-Glucanosyltransferases

Redrado-Hernández S, Macías-León J, Castro-López J, Belén Sanz A, Dolader E, Arias M, González-Ramírez AM, Sánchez-Navarro D, Petryk Y, Farkaš V, Vincke C, Muyldermans S, García-Barbazán I, Del Agua C, Zaragoza O, Arroyo J, Pardo J, Gálvez EM, Hurtado-Guerrero R. Angew Chem Int Ed Engl. 2024 Aug 19;63(34):e202405823.

PUBMED DOI

Toward the consensus of definitions for the phenomena of antifungal tolerance and persistence in filamentous fungi.

Amich J, Bromley M, Goldman GH, Valero C. mBio. 2025 Feb 25:e0347524

PUBMED DOI

Fungal burden assessment in hospital zones with different protection degrees

García-Gutiérrez L, Baena Rojas B, Ruiz M, Hernández Egido S, Ruiz-Gaitán AC, Laiz L, Pemán J, Cuétara-García MS, Mellado E & Martin-Sanchez PM. Build Environ, Volume 269, 1 February 2025, 112454

DOI

Distribution of Aspergillus Species and Prevalence of Azole Resistance in clinical and environmental Samples from a Spanish Hospital during a three-year study period

Lucio J, Alcazar-Fuoli L, Gil H, Cano-Pascual S, Hernandez-Egido S, Cuetara MS and Mellado E. Mycoses. 2024 Apr;67(4):e13719.

PUBMED DOI

Importance of the Aspergillus fumigatus mismatch repair protein Msh6 in antifungal resistance development

Lucio J, Gonzalez-Jimenez I, Roldan A, Amich J, Alcazar-Fuoli L and Mellado E. J Fungi (Basel). 2024 Mar 12;10(3):210

PUBMED DOI

The role of methionine synthases in fungal metabolism and virulence

Scott J and Amich J. Essays Biochem (2023) 67 (5): 853-863.

PUBMED DOI

Potential implication of azole persistence in the treatment failure of two haematological patients infected with Aspergillus fumigatus

Peláez-García de la Rasilla T, Mato-López A, Pablos-Puertas CE, González-Huerta AJ, Gómez-López A, Mellado E, Amich J. Journal of Fungi, 2023 Jul 30;9(8):805.

PUBMED DOI

Aspergillus fumigatus can exhibit persistence to the fungicidal drug voriconazole

Valero C., Á Mato-López, I J. Donaldson, A. Roldán, H. Chown, N. Van-Rhijn, S. Gago, T. Furukawa, A. Mogorovsky, R. Ben Ami, P. Bowyer, N. Osherov, T. Fontaine, G.H. Goldman, E. Mellado, M. Bromley and J. Amich. Microbiology Spectrum.2023 13;11(2):e0477022

PUBMED DOI

COVID-19 Associated Pulmonary Aspergillosis (CAPA): Hospital or Home Environment as a source of life-threatening Aspergillus fumigatus infection?

Peláez-García de la Rasilla T, González-Jiménez I, García-Fernández Arroyo A, Roldán A, Carretero-Ares JL, Clemente-García M,, Martínez-Suarez M, Vázquez Valdés F, Melón-Garcia S, Mellado E, Sánchez-Nuñez ML on behalf HUCAPA group. Journal of Fungi, 2022 Mar 19;8(3):316.

PUBMED DOI

An expanded agar base secreening method for azole resistant Aspergillus fumigatus

Lucio J, Gonzalez-Jimenez I, Garcia-Rubio R, Cuetara MS and Mellado E. Mycoses 2022, 65 (2): 178-185.

PUBMED DOI

Are point mutations in HMG-CoA reductases (Hmg1 and Hmg2) a step towards azole resistance in Aspergillus fumigatus?

Gonzalez-Jimenez I., Lucio J., Roldan A, Alcazar-Fuoli L. and Mellado E. Molecules, 2021, 26(19):5975.

PUBMED DOI

Multi-resistance to non-azole fungicides in Aspergillus fumigatus TR34/L98H azole resistant isolates

Gonzalez-Jimenez I, Garcia-Rubio R, Monzon S, Lucio J, Cuesta I, and Mellado E. Antimicrob Agents Chemother. 17;65(9):e0064221

PUBMED DOI

The sulfur-related metabolic status of Aspergillus fumigatus during infection reveals cytosolic serine hydroxymethyltransferase as a promising antifungal target

Alharthi R, Sueiro-Olivares M, Storer I, Bin Shuraym H, Scott J, Al-Shidhani R, Fortune-Grant R, Bignell E, Tabernero L, Bromley M and Amich J. 2025. Virulence, 16(1):2449075

PUBMED DOI

Guasp, P., E. Lorente, A. Martín-Esteban, E. Barnea, P. Romania, D. Fruci, J. J. W. Kuiper, A. Admon, and J. A. López de Castro. 2019. Redundancy and Complementarity between ERAP1 and ERAP2 Revealed by their Effects on the Behcet's Disease-Associated HLA-B*51 Peptidome. Mol.Cell Proteomics.

Guasp, P., E. Lorente, A. Martín-Esteban, E. Barnea, P. Romania, D. Fruci, J. J. W. Kuiper, A. Admon, and J. A. López de Castro. 2019. Redundancy and Complementarity between ERAP1 and ERAP2 Revealed by their Effects on the Behcet's Disease-Associated HLA-B*51 Peptidome. Mol.Cell Proteomics.

PUBMED DOI

CD69 targeting enhances anti-Vaccinia virus immunity

Notario L., Redondo-Antón J., Alari-Pahissa E., Albentosa A., Leiva M., López D., Sabio G., and Lauzurica P. (2019) CD69 targeting enhances anti-Vaccinia virus immunity. Journal of Virology 12;93(19). pii: e00553-19.

PUBMED DOI

Proteomics analysis reveals that structural proteins of the virion core and involved in gene expression are the main source for HLA class II ligands in vaccinia virus-infected cells.

Lorente, E., Martin-Galiano, A. J., Barnea, E., Barriga, A., Palomo, C., Garcia-Arriaza, J., Mir, C., Lauzurica, P., Esteban, M., Admon, A., and Lopez, D. (2019) Proteomics analysis reveals that structural proteins of the virion core and involved in gene expression are the main source for HLA class II ligands in vaccinia virus-infected cells. J.Proteome.Res. 18(9):3512-3520

PUBMED DOI

Computational characterization of the peptidome in transporter associated with antigen processing (TAP)-deficient cells.

Martin-Galiano, A. J. and Lopez, D. (2019) Computational characterization of the peptidome in transporter associated with antigen processing (TAP)-deficient cells. PLoS.ONE. 14, e0210583.

PUBMED DOI

Lorente, E., A. Barriga, E. Barnea, C. Palomo, J. Garcia-Arriaza, C. Mir, M. Esteban, A. Admon, and D. López. 2019. Immunoproteomic analysis of a Chikungunya poxvirus-based vaccine reveals high HLA class II immunoprevalence. PLoS.Negl.Trop.Dis. 13:e0007547.

Lorente, E., A. Barriga, E. Barnea, C. Palomo, J. Garcia-Arriaza, C. Mir, M. Esteban, A. Admon, and D. López. 2019. Immunoproteomic analysis of a Chikungunya poxvirus-based vaccine reveals high HLA class II immunoprevalence. PLoS.Negl.Trop.Dis. 13:e0007547.

PUBMED DOI

López, D., A. Barriga, E. Lorente, and C. Mir. 2019. Immunoproteomic Lessons for Human Respiratory Syncytial Virus Vaccine Design. J.Clin.Med. 8.

López, D., A. Barriga, E. Lorente, and C. Mir. 2019. Immunoproteomic Lessons for Human Respiratory Syncytial Virus Vaccine Design. J.Clin.Med. 8.

PUBMED DOI

Brait, V. H., F. Miro-Mur, I. Perez-de-Puig, L. Notario, B. Hurtado, J. Pedragosa, M. Gallizioli, F. Jimenez-Altayo, M. Arbaizar-Rovirosa, A. Otxoa-de-Amezaga, J. Monteagudo, M. Ferrer-Ferrer, l. R. de, X, E. Bonfill-Teixidor, A. Salas-Perdomo, A. Hernandez-Vidal, P. Garcia-de-Frutos, P. Lauzurica, and A. M. Planas. 2019. CD69 Plays a Beneficial Role in Ischemic Stroke by Dampening Endothelial Activation. Circ.Res. 124:279-291.

Brait, V. H., F. Miro-Mur, I. Perez-de-Puig, L. Notario, B. Hurtado, J. Pedragosa, M. Gallizioli, F. Jimenez-Altayo, M. Arbaizar-Rovirosa, A. Otxoa-de-Amezaga, J. Monteagudo, M. Ferrer-Ferrer, l. R. de, X, E. Bonfill-Teixidor, A. Salas-Perdomo, A. Hernandez-Vidal, P. Garcia-de-Frutos, P. Lauzurica, and A. M. Planas. 2019. CD69 Plays a Beneficial Role in Ischemic Stroke by Dampening Endothelial Activation. Circ.Res. 124:279-291.

DOI

Lorente, E., J. Redondo-Anton, A. Martín-Esteban, P. Guasp, E. Barnea, P. Lauzurica, A. Admon, and J. A. López de Castro. 2019. Substantial Influence of ERAP2 on the HLA-B*40:02 Peptidome: Implications for HLA-B*27-Negative Ankylosing Spondylitis. Mol.Cell Proteomics. 18:2298-2309.

Lorente, E., J. Redondo-Anton, A. Martín-Esteban, P. Guasp, E. Barnea, P. Lauzurica, A. Admon, and J. A. López de Castro. 2019. Substantial Influence of ERAP2 on the HLA-B*40:02 Peptidome: Implications for HLA-B*27-Negative Ankylosing Spondylitis. Mol.Cell Proteomics. 18:2298-2309.

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Lorente, E., C. Palomo, E. Barnea, C. Mir, V. M. Del, A. Admon, and D. López. 2019a. Natural Spleen Cell Ligandome in Transporter Antigen Processing-Deficient Mice. J.Proteome.Res. 18:3512-3520.

Lorente, E., C. Palomo, E. Barnea, C. Mir, V. M. Del, A. Admon, and D. López. 2019a. Natural Spleen Cell Ligandome in Transporter Antigen Processing-Deficient Mice. J.Proteome.Res. 18:3512-3520.

PUBMED

Lorente, E., M. G. Fontela, E. Barnea, A. J. Martín-Galiano, C. Mir, B. Galocha, A. Admon, P. Lauzurica, and D. López. 2020. Modulation of Natural HLA-B*27:05 Ligandome by Ankylosing Spondylitis-associated Endoplasmic Reticulum Aminopeptidase 2 (ERAP2). Mol.Cell Proteomics. 19:994-1004.

Lorente, E., M. G. Fontela, E. Barnea, A. J. Martín-Galiano, C. Mir, B. Galocha, A. Admon, P. Lauzurica, and D. López. 2020. Modulation of Natural HLA-B*27:05 Ligandome by Ankylosing Spondylitis-associated Endoplasmic Reticulum Aminopeptidase 2 (ERAP2). Mol.Cell Proteomics. 19:994-1004.

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Redondo-Anton, J., M. G. Fontela, L. Notario, R. Torres-Ruiz, S. Rodriguez-Perales, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2020. Functional Characterization of a Dual Enhancer/Promoter Regulatory Element Leading Human CD69 Expression. Front Genet. 11:552949.

Redondo-Anton, J., M. G. Fontela, L. Notario, R. Torres-Ruiz, S. Rodriguez-Perales, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2020. Functional Characterization of a Dual Enhancer/Promoter Regulatory Element Leading Human CD69 Expression. Front Genet. 11:552949.

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Fontela, M. G., L. Notario, E. Alari-Pahissa, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2019

Fontela, M. G., L. Notario, E. Alari-Pahissa, E. Lorente, and P. Lauzurica. 2019. The Conserved Non-Coding Sequence 2 (CNS2) Enhances CD69 Transcription through Cooperation between the Transcription Factors Oct1 and RUNX1. Genes (Basel) 10.

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Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

List of staff

Additional Information

The research objectives focus on the areas of Bacterial Taxonomy and Microbiology in Public Health:

- Identification of pathogenic bacteria that are difficult to assign taxonomically
- Description of new species
- Study of bacterial population biology through typing
- Epidemiology of antimicrobial resistance and virulence factors for certain bacterial pathogens in different nosocomial/community settings.

These objectives are addressed from the perspective of polyphasic taxonomy (phenotypic and genotypic taxonomy) through the study of targets for genus/species assignment and phylogenetic analyses. The analysis of the virulome and resistome of certain species is approached from the perspective of complete genome sequencing.

Research on invasive infection by Streptococcus pyogenes and other beta-hemolytic streptococci has been carried out since 1994, through the Surveillance Program of the National Center for Microbiology. The typing of invasive S. pyogenes strains circulating in Spain includes determination of: serotype (emm-type); the genetic profile of streptococcal pyrogenic exotoxins; the antimicrobial resistance phenotype; and the genotypes of epidemiologically related strains and/or outbreaks.

The research objectives focus on the areas of Bacterial Taxonomy and Microbiology in Public Health:

- Identification of pathogenic bacteria that are difficult to assign taxonomically
- Description of new species
- Study of bacterial population biology through typing
- Epidemiology of antimicrobial resistance and virulence factors for certain bacterial pathogens in different nosocomial/community settings.

These objectives are addressed from the perspective of polyphasic taxonomy (phenotypic and genotypic taxonomy) through the study of targets for genus/species assignment and phylogenetic analyses. The analysis of the virulome and resistome of certain species is approached from the perspective of complete genome sequencing.

Research on invasive infection by Streptococcus pyogenes and other beta-hemolytic streptococci has been carried out since 1994, through the Surveillance Program of the National Center for Microbiology. The typing of invasive S. pyogenes strains circulating in Spain includes determination of: serotype (emm-type); the genetic profile of streptococcal pyrogenic exotoxins; the antimicrobial resistance phenotype; and the genotypes of epidemiologically related strains and/or outbreaks.

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