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Investigation

Bacterial Taxonomy

Research Lines

Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

Resistencia a Antibióticos

Nuestro objetivo general es aportar conocimiento precoz sobre cualquier mecanismo de resistencia a antibióticos emergente en nuestro país. Dicho aporte de conocimiento se fundamenta en unos objetivos transversales clave:

  1) La capacidad de adaptar la investigación a los problemas de resistencia emergentes

  2) La promoción de estudios de investigación cooperativos y multidisciplinares con diferentes centros españoles y extranjeros

  3) La transferencia ágil de los resultados de la investigación a la práctica clínica del Sistema Nacional de Salud

  4) El fomento de la interrelación de la investigación con la referencia, la asesoría, la formación y la divulgación.

Nuestros principales objetivos científicos son la caracterización de las bases moleculares de la resistencia a antibióticos en bacterias patógenas, el estudio de la epidemiología molecular y la estructura poblacional de las bacterias resistentes, la caracterización de los elementos genéticos móviles que portan los genes de resistencia, y el desarrollo de técnicas diagnósticas y alternativas terapéuticas frente a bacterias con resistencia extensa, basado en nuevas tecnologías como la secuenciación de genomas bacterianos. La investigación en las vías de diseminación de enterobacterias, Acinetobacter baumannii y Pseudomonas aeruginosa productores de carbapenemasas es uno de nuestros objetivos prioritarios.


Algunas iniciativas en las que participamos son la red europea de vigilancia de la resistencia a antibióticos (EARS-Net), el  sistema de la OMS desarrollado para apoyar el plan de acción mundial sobre la resistencia a los antimicrobianos (GLASS), la red española de investigación en patología infecciosa (REIPI), el Plan nacional contra la resistencia a antibióticos (PRAN), el Comité Coordinador de la red de laboratorios para la vigilancia de microorganismos resistentes, y la coordinación nacional de los proyectos CARBA-ES-2019 (nacional) y CCRE-survey (ECDC).

Líneas de investigación

- Detección y caracterización de mecanismos de resistencia a antibióticos emergentes, sobre todo a antibióticos de última línea como los antibióticos carbapenémicos y la colistina.


- Caracterización y trazabilidad interregional, mediante el análisis de secuencias de genomas completos (WGS), de clones de alto riesgo con múltiple resistencia a antibióticos, y de plásmidos epidémicos portadores de genes de resistencia.


- Identificación mediante recursos bio-informáticos de posibles dianas para el desarrollo de nuevos productos o moléculas relacionadas con el control de la resistencia a antibióticos (vacunas, pruebas diagnósticas, atenuantes de virulencia y otros).


- Análisis de las tendencias evolutivas de la resistencia a antibióticos en patógenos bacterianos productores de bacteriemia; European Antimicrobial Resistance Surveillance Net (EARS-Net) del ECDC y Global Antimicrobial Resistance Surveillance System (GLASS) de la OMS.


- Análisis del microbioma y resistoma del tracto gastrointestinal humano y su relación con la colonización por bacterias multi-resistentes y desarrollo de infecciones (metagenómica).

Investigación en infecciones multirresistentes

 

La emergencia y diseminación global de cepas bacterianas de diferentes especies con resistencia a distintas clases de antibióticos (cepas multirresistentes) supone una amenaza para la eficacia del tratamiento antibiótico. El Antibiotic Resistance Global Report publicado por la Organización Mundial de la Salud en 2014 destacó altas tasas de resistencia en varias especies de bacterias patógenas en cada una de las seis regiones incluidas en el estudio (WHO; 2014). Las infecciones causadas por bacterias resistentes están asociadas a una mortalidad significativa, produciendo más de 700.000 muertes al año, y se estima que esta cifra llegará a 10 millones de muertes anuales en 2050, si no cambia la tendencia actual (Antimicrobial Resistance Rev; 2015). En 2017, la Organización Mundial de la Salud identificó las especies bacterianas frente a las que deberían implementarse nuevas medidas de tratamiento y prevención (WHO 2017). En este informe se clasificaron las especies Gram negativas multirresistentes.

Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella pneumoniae con la prioridad más alta (Priority 1: Critical). Las tasas de resistencia a los antimicrobianos de primera línea de estas bacterias Gram-negativas multirresistentes se han incrementado a nivel global durante la última década, complicando significativamente el manejo clínico de las infecciones producidas por estos microorganismos. En este contexto, nuestro grupo está desarrollando las siguientes líneas de investigación:

1. Desarrollo de vacunas para infecciones multirresistentes

Esta línea de investigación tiene como objetivo del desarrollo preclínico de vacunas profilácticas y anticuerpos monoclonales terapéuticos para infecciones producidas por bacterias Gram negativas multirresistentes de difícil manejo clínico debido a la resistencia antimicrobiana. La investigación realizada en esta línea tiene como objetivo identificar y caracterizar antígenos de las bacterias multirresistentes (Acinetobacter baumannii, Klebsiella pneumoniae y Pseudomonas aeruginosa) que sirvan para el desarrollo de anticuerpos monoclonales y vacunas a través de estudios epidemiológicos, genómicos y proteómicos.

2. Caracterización de tratamientos novedosos para infecciones multirresistentes

Esta línea de investigación tiene como objetivo identificar y caracterizar nuevos tratamientos basados en moléculas novedosas y/o combinaciones de antibióticos existentes para infecciones producidas por bacterias Gram negativas multirresistentes.  También se emplean técnicas moleculares y "omicas" para la identificación de nuevas dianas para el desarrollo de antibióticos novedosas. 

3. Desarrollo de vacunas frente a SARS-CoV-2

Debido la situación producida por la propagación del SARS-CoV-2 urge la realización de estudios que tienen como objetvo el desarrollo de vacunas profilácticas.  Nuestro grupo lidera el desarrollo de un prototipo de vacuna basado en ADN plasmídico que expresa antígenos de SARS-CoV-2 y la caracterización de la respuesta inmune inducida por esta vacuna en un modelo murino de inmunización.

Caracterización molecular de los estafilococcus

​El Laboratorio de Referencia e investigación en Infecciones Relacionadas con la Asistencia Sanitaria dispone de un Programa de Vigilancia de Staphylococcus aureus y Estafilococos coagulasa negativa y de la siguiente cartera de servicios:

Estafilococos coagulasa negativa

Identificación:

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

Perfil por PFGE

SSC

mec

MLST

 

Detección de genes

Genes mec

Genes de resistencia

Mecanismos de resistencia al linezolid

Dominio V del gen 23S ARNr

Gen rplC (riboproteína L3)

Gen rplD (riboproteína L4)

Gen rplV (riboproteína L22)

 

 

Staphylococcus aureus

Identificación:

PCR del gen Sau

Por secuencia del gen 16S del ARN ribosómico

Por secuencia del gen rpoB

Por secuencia del gen tuf

 

Marcadores moleculares

PFGE

MLST

SSC

mec

Spa-tipo

 

Detección de genes

Genes mec

Gen PVL

Toxinas exfoliativas (SST)

Toxina del Shock Tóxico (TSST)

Research projects

Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

A continuación se detallan los proyectos de investigación del grupo con vigencia en los últimos cinco años:

1. Título del proyecto: Terapias de RNA, Inmunoterapia y Diagnóstico Avanzado frente a las Resistencias Antimicrobianas. END-RAM (PLEC2024-011123).

Proyecto financiado por el CDTI y la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Transmisiones de 2024 (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez

2. Título del proyecto: AMIR: Inmunoterapia avanzada basada en macrófagos para infecciones resistentes a antibióticos (CPP2024-011561)

Proyecto financiado por la Agencia Estatal de Investigación en la convocatoria Retos 2025 (vigencia 2026-2028). IP: Isabela Alonso González.

3. Título del proyecto: Desarrollo y Estandarización de un Banco de fagos para el tratamiento de Infecciones Pulmonares crónicas producidas por Bacterias Multirresistentes (DEBIPhage) (COOP24CIII/00021).

Proyecto financiado por el ISCIIII en la convocatoria COOPERA-ISCIII (AESi 2024) (vigencia 2025-2028). IP: María Pérez Vázquez.

4. Título del proyecto: Estudio comprehensivo del impacto de las bacterias multirresistentes productoras de metalocarbapenemasas a nivel nacional: Proyecto multicéntrico nacional CARB/MBL-ES-25 (PI24CIII/00044)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2024 (vigencia 2025-2027). IPs: María Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias; coordinadora: Eva Ramírez de Arellano.

5. Título del proyecto: Phage Therapy An-persister strategy (PHAGES-An-PERS) (JPIAMR-ACTION 2024)

Proyecto financiado por la JPIAMR-Action 2024 (vigencia 2025-2027) IP: María del Mar Tomás Carmona (H.U. A Coruña). IP del CNM: Jesús Oteo Iglesias.

6. Título del proyecto: Improving surveillance of antibiotic-resistant Pseudomonas aeruginosa in Europe (ISARPAE) (JPIAMR_NC_2022-021)

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024) IP: Antonio Oliver Palomo (H.U Son Espases de Palma de Mallorca). Investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/isarpae/#network-partners

7. Título del proyecto: Bridging of Antimicrobial resistance Surveillance systems In Community Settings across Europe (BASICS) (JPIAMR_NC_2022-020).

Proyecto financiado por la JPI-AMR 2022 (vigencia 2023-2024). IP: Olivier Lemenand; investigador del grupo en el proyecto: Jesús Oteo Iglesias.

URL: https://www.jpiamr.eu/projects/basics/

8. Título del proyecto: La medicina de precisión contra la resistencia a antimicrobianos: Proyecto MePRAM (PMP22/00092)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria de Medicina Personalizada y de Precisión 2022 (vigencia 2023-junio 2026). IP: Jesús Oteo Iglesias.

9. Título del proyecto: Impact of carbapenemase-producing Klebsiella pneumoniae in patients infected by SARS-CoV-2: Prevalence and genomic characterization (PI21CIII/00039)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2020 (vigencia 2022-2024, prorrogado hasta 2025). IPs: María Dolores Pérez Vázquez y Jesús Oteo Iglesias.

10. Título del proyecto: Impacto de la hospitalización en UCI en el microbioma y resistoma intestinal, estudio de cohorte observacional (2018-T1/BMD-11581)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2019-2023). IP: Silvia García Cobos.

11. Título del proyecto: Metatranscriptomics to investigate the functional gut microbiome and resistome in critically ill patients (2022-5A/BMD-24243)

Proyecto financiado por la Dirección General de Investigación e Innovación, Consejería de Educación e Investigación de la CAM (vigencia 2023-2024). IP: Silvia García Cobos.

12. Título del proyecto: PROTECT, Inhibidores de carbapenemasas: actividad frente a Enterobacterales productores de carbapenemasas, mecanismos e impacto en la evolución de la resistencia antimicrobiana (PI22/01212).

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AES 2022 (vigencia 2023-2025). IP: Jorge Arca Suarez. Investigador colaborador del grupo: Maria Belén Aracil.

13. Título del proyecto: Incidencia y caracterización genómica de Klebsiella pneumoniae y Escherichia coli productores de carbapenemasas aislados en hospitales españoles: Proyecto multicéntrico nacional CARB-ES-2019 (PI18CIII/00030)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IP: Jesús Oteo Iglesias.

14. Título del proyecto: Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistente (MPY 380/18)

Proyecto financiado por el ISCIII en la convocatoria AESi 2018 (vigencia 2019-2021, prorrogado hasta diciembre de 2022). IPs: María Pérez Vázquez y Michael McConnelly

15. Aunque no se trata de proyectos de investigación con financiación competitiva al uso, caben destacar los estudios de vigilancia mediante WGS que el ECDC a través de su red EURGen-Net está llevando a cabo en los últimos años, y que se estructuran a través de redes nacionales; la subred española está coordinada desde el CNM-ISCIII por nuestro grupo.

15.1. ECDC genomic-based survey of carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii in Europe (CRAb). Inicio 2025. Coordinación española: Belén Aracil García y Jared Sotelo Tascón

15.2. ECDC genomic surveillance of carbapenem-resistant Enterobacterales 2025 (CRE25 survey). Inicio 2025. Coordinación española Belén Aracil García y Javier Cañada García.

Financiación activa:

1. STOPINFECTIONS: Desarrollo de la primera vacuna válida internacional contra la neumonía resistente a antibióticos. Convocatoria ​Retos de Colaboración 2019. Proyecto RTC 2019-007058-1 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033.  

2. AMREADY: Desarrollo y fabricación de vacunas como soluciones y preparación ante la crisis sanitaria mundial por la resistencia a antibióticos. Convocatoria Proyectos I+D+i en líneas estratégicas, en colaboración público-privada 2021. Número de expediente PLEC2021-008078. Proyecto PLEC2021-008078 financiado por MCIN/AEI/10.13039/501100011033 y por la Unión Europea NextGenerationEU/PRTR.


 

3. TRANSVAC DS: Design Study for a European Vaccine R&D Infrastructure. (Unión Europea; Horizonte 2020) Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2022. 1.900.000 €.

4. Development of a multiepitope vaccine for the prevention of COVID-19. (CaixaImpulse Program) CF01-0002. IP: Michael McConnell. 2020-2020. 300.000 €.

5. NANOVAX: Desarrollo de nanopartículas funcionalizadas para mejorar la respuesta a vacunas frente a enfermedades infecciosas. (DTS19CIII/0007) Instituto de Salud Carlos III. IP: Michael McConnell. 2020-2021. 86.000 €.

6.  Desarrollo preclínico de vacunas basadas en ADN plasmídico para la prevención de infecciones por Klebsiella pneumoniae y Acinetobacter baumannii multirresistentes. Instituto de Salud Carlos III (FIS). Co-IP: Michael McConnell. 2019-2021. 97.700 €.

7. Coordinación de actividades de investigación en el CNM para realizar una respuesta integradora frente a la pandemia por SARS-COV-2 en España. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 325.909 €.

8. Investigación para el desarrollo de vectores de expresión de antígenos de Actinobacillus pleuropneumonia. IP: Michael McConnell. 2019-2022. 11.000 €.

9. Investigación de anticuerpos frente a Acinetobacter baumannii. Co-IP Michael McConnell. 2018-2021. 40.400 €.

10. KapaVax: Development of a trivalent vaccine for the prevention of infection caused by Acinetobacter baumannii, Pseudomonas aeruginosa and Klebsiella pneumoniae. CARB-X. IP (ISCIII): Michael McConnell. 2019-2021. 89.615 €.

11. Estudio de la cinética y reactividad de los anticuerpos neutralizantes en pacientes recuperados de COVID-19. Fundación Mutua Madrileña. Work Package Leader: Michael McConnell. 2020-2021. 80.000 €.

12. STOP-Coronavirus: factores clínicos, inmunológicos, genómicos, virológicos y bioéticos de COVID-19. (ISCIII: COV20-00181). 2020-2021. 1.200.000€.

13. Desarrollo de herramientas computacionales basadas en "big data" genómico para el diagnóstico de precisión de sepsis bacteriana. (MPY 509/19). IP: Javier Martín Galiano. 2020-2022- 74,400 €.​

  En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.

   Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.

   Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la  Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.

   Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como  algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción  inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.

Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.

También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia". 

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Epidemiology of the Acinetobacter-derived cephalosporinase, carbapenem-hydrolysing oxacillinase and metallo-beta-lactamase genes, and of common insertion sequences, in epidemic clones of Acinetobacter baumannii from Spain

Villalón P, Valdezate S, Medina-Pascual MJ, Carrasco G, Vindel A, Saez-Nieto JA. Epidemiology of the Acinetobacter-derived cephalosporinase, carbapenem-hydrolysing oxacillinase and metallo-beta-lactamase genes, and of common insertion sequences, in epidemic clones of Acinetobacter baumannii from Spain. J Antimicrob Chemother. 2013;68(3):550-3.

PUBMED DOI

Shortcomings of the commercial MALDI-TOF MS database and use of MLSA as an arbiter in the identification of Nocardia species

Carrasco G, de Dios Caballero J, Garrido N, Valdezate S, Cantón R, Sáez-Nieto JA. Shortcomings of the commercial MALDI-TOF MS database and use of MLSA as an arbiter in the identification of Nocardia species. Front Microbiol. 2016 21;7:542.

PUBMED DOI

Kinetics of the invasion and egress processes of Babesia divergens, observed by time-lapse video microscopy.

Sevilla E; González LM; Luque D; Gray J; Montero E. 2018. Kinetics of the invasion and egress processes of Babesia divergens, observed by time-lapse video microscopy. Scientific Reports. 8:14116.DOI: 10.1038/s41598-018-32349-7

PUBMED DOI

Misdiagnosis of Babesiosis as Malaria, Equatorial Guinea, 2014.

2. Arsuaga M; González LM; Salvador Padial E; Woubshet Dinkessa A; Sevilla E; Trigo E; Puente S; Gray J; Montero E. 2018. Misdiagnosis of Babesiosis as Malaria, Equatorial Guinea, 2014. Emerging Infectious Diseases.24-8, pp.1588-1589.

PUBMED DOI

A fatal case of Babesia divergens infection in Northwestern Spain

3. Asensi V; González LM; Fernández-Suárez J; Sevilla E; Navascués RÁ; Suárez ML; Lauret ME; Bernardo A; Carton JA; Montero E. 2018. A fatal case of Babesia divergens infection in Northwestern Spain. Ticks Tick Borne Dis.9-3, pp.730-734.

PUBMED DOI

First report of Babesia microti-caused babesiosis in Spain.

Arsuaga M*; Gonzalez LM*; Lobo CA; Calle F; Bautista JM; Azcárate IG; Puente S; Montero E. 2016. First report of Babesia microti-caused babesiosis in Spain. Vector Borne Zoonotic Dis.16-10, pp.677-679. (*)= contribuyeron igualmente en este trabajo.

PUBMED DOI

First record of Babesia sp. in Antarctic penguins.

5. Montero E; González LM; Chaparro A; Benzal J; Bertellotti M; Masero JA; Colominas-Ciuró R; Vidal V; Barbosa A. 2016. First record of Babesia sp. in Antarctic penguins. Ticks Tick Borne Dis.7-3, pp.498-501.

PUBMED DOI

Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite

6. Del Carmen Terrón M; González-Camacho F; González LM; Luque D; Montero E. 2016. Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite.Ticks Tick Borne Dis.7-6, pp.1274-1279.

PUBMED DOI

First report of Babesia divergens infection in an HIV patient

7. González LM; Castro E; Lobo CA; Richart A; Ramiro R; González-Camacho F; Luque D; Velasco AC; Montero E. 2015. First report of Babesia divergens infection in an HIV patient. Int J Infect Dis. 33:202-4.

PUBMED DOI

Severe babesiosis in immunocompetent man, Spain

9. González LM, Rojo S, González-Camacho F, Luque D, Lobo CA, Montero E. 2014. Severe babesiosis in immunocompetent man, Spain. Emerging Infectious Disease. 20(4):724-726.

PUBMED DOI

The efficacy of the ultraviolet C pathogen inactivation system in the reduction of Babesia divergens in pooled buffy coat platelets

Castro E, González LM, Rubio JM, Ramiro R, Gironés N, Montero E. 2014. The efficacy of the ultraviolet C pathogen inactivation system in the reduction of Babesia divergens in pooled buffy coat platelets. Transfusion. 54(9): 2207-2216.

PUBMED DOI

Pneumoviridae fusion proteins as immunogens to induce cross-neutralizing antibody responses

Olmedillas E, Cano O, Martinez I, Luque D, Terron MC, McLellan JS, et al. Chimeric Pneumoviridae fusion proteins as immunogens to induce cross-neutralizing antibody responses. EMBO Mol Med. 2018;10(2):175-87.

PUBMED DOI

Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite

Terrón M.C, González-Camacho F., González L.M., Luque D.*, Montero E. 2016. Ultrastructure of the Babesia divergens free merozoite. Ticks Tick Borne Diseases. 7(6):1274-1279. *Corresponding author. IF: 3.23, Q1.

PUBMED DOI

High-Quality Draft Genome of Babesia divergens, the Etiological Agent of Cattle and Human Babesiosis.

8. Cuesta I; González LM; Estrada K; Grande R; Zaballos A; Lobo CA; Barrera J; Sanchez-Flores A; Montero E. 2014. High-Quality Draft Genome of Babesia divergens, the Etiological Agent of Cattle and Human Babesiosis. Genome Announcement. 2: e01194-14.

PUBMED DOI

Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance.

Horizontal gene transmission of the cfr gene to MRSA and Enterococcus: role of Staphylococcus epidermidis as a reservoir and alternative pathway for the spread of linezolid resistance. Cafini F, Nguyen le TT, Higashide M, Román F, Prieto J, Morikawa K. J Antimicrob Chemother. 2016 Mar;71(3):587-92.

PUBMED

Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit.

Emergence of linezolid-resistant coagulase-negative staphylococci in an intensive care unit. Balandin B, Lobo B, Orden B, Román F, García E, Martínez R, Valdivia M, Ortega A, Fernández I, Galdos P. Infect Dis (Lond). 2016;48(5):343-9.

PUBMED

Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak

Ramírez de Arellano E, Saavedra-Lozano J, Villalón P, Jové-Blanco A, Grandioso D, Sotelo J, Gamell A, González-López JJ, Cervantes E, Gónzalez MJ, Rello-Saltor V, Esteva C, Sanz-Santaeufemia F, Yagüe G, Manzanares Á, Brañas P, Ruiz de Gopegui E, Carrasco-Colom J, García F, Cercenado E, Mellado I, Del Castillo E, Pérez-Vazquez M, Oteo-Iglesias J, Calvo C; Spanish PedGAS-Net/CIBERINFEC GAS Study Group. Clinical, microbiological, and molecular characterization of pediatric invasive infections by Streptococcus pyogenes in Spain in a context of global outbreak. mSphere. 2024 Mar 26;9(3):e0072923

PUBMED DOI

Co-occurrence of the cephalosporinase cepA and carbapenemase cfiA genes in a Bacteroides fragilis division II strain, an unexpected finding

Valdezate S, Medina-Pascual MJ, Villalón P, Garrido N, Monzón S, Cuesta I, Cobo F (2024). Co-occurrence of the cephalosporinase cepA and carbapenemase cfiA genes in a Bacteroides fragilis division II strain, an unexpected finding. J Antimicrobial Chem. 2024 Jul 1;79(7):1683-1687

PUBMED DOI

Exploring the genetic background of the botulism neurotoxin BoNT/B2 in Spain

Valdezate S, Carrasco G, Medina MJ, Garrido N, Del Pino S, Valiente M, Pallarés MP, Villalon P. (2023). Exploring the genetic background of the botulism neurotoxin BoNT/B2 in Spain. Microbiol Spectr. Sep 26;11(5):e0238023

PUBMED DOI

Focusing on Gordonia Infections: Distribution, Antimicrobial Susceptibilities and Phylogeny

Pino-Rosa S, Medina-Pascual MJ, Carrasco G, Garrido N, Villalón P, Valiente M, Valdezate S. (2023). Focusing on Gordonia Infections: Distribution, Antimicrobial Susceptibilities and Phylogeny. Antibiotics (Basel). 26;12(11):1568

PUBMED DOI

Botulism in Spain: Epidemiology and Outcomes of Antitoxin Treatment, 1997-2019

Peñuelas M, Guerrero-Vadillo M, Valdezate S, Zamora MJ, Leon-Gomez I, Flores-Cuéllar Á, Carrasco G, Díaz-García O, Varela C. (2022). Botulism in Spain: Epidemiology and Outcomes of Antitoxin Treatment, 1997-2019. Toxins (Basel). 20;15(1):2

PUBMED DOI

Invasive Streptococcus pyogenes disease in Spain: a microbiological and epidemiological study covering the period 2007-2019

Villalón P, Sáez-Nieto JA, Rubio-López V, Medina-Pascual MJ, Garrido N, Carrasco G, Pino-Rosa S, Valdezate S. (2021). Invasive Streptococcus pyogenes disease in Spain: a microbiological and epidemiological study covering the period 2007-2019. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. 2021 Nov;40(11):2295-2303

PUBMED DOI

ANISERP: a new serpin from the parasite Anisakis simplex.

Valdivieso E, Perteguer MJ, Hurtado C, Campioli P, Rodríguez E, Saborido A, Martínez-Sernández V, Gómez-Puertas P, Ubeira FM, Gárate T. ANISERP: a new serpin from the parasite Anisakis simplex.Parasit Vectors. 2015 Jul 28;8:399.

PUBMED DOI

Revisiting the Ancylostoma caninum secretome provides new information on hookworm-host interactions.

Morante T, Shepherd C, Constantinoiu C, Loukas A, Sotillo J. Revisiting the Ancylostoma caninum secretome provides new information on hookworm-host interactions. Proteomics. 2017 Dec;17(23-24).

PUBMED DOI

Hookworm secreted extracellular vesicles interact with host cells and prevent inducible colitis in mice.

Eichenberger RM, Ryan S, Jones L, Buitrago G, Polster R, Montes de Oca M, Zuvelek J, Giacomin PR, Dent LA, Engwerda CR, Field MA, Sotillo J, Loukas A. Hookworm secreted extracellular vesicles interact with host cells and prevent inducible colitis in mice. Front Immunol. 2018 Apr 30;9:850.

PUBMED DOI

HDP2: a ribosomal DNA (NTS-ETS) sequence as a target for species-specific molecular diagnosis of intestinal taeniasis in humans.

Flores MD, Gonzalez LM, Hurtado C, Motta YM, Domínguez-Hidalgo C, Merino FJ, Perteguer MJ, Gárate T. HDP2: a ribosomal DNA (NTS-ETS) sequence as a target for species-specific molecular diagnosis of intestinal taeniasis in humans. Parasit Vectors. 2018 Feb 27;11(1):117. doi: 10.1186/s13071-018-2646-6.

PUBMED DOI

Antibody responses to chimeric peptides derived from parasite antigens in mice and other animal species.

Orbegozo-Medina RA, Martínez-Sernández V, Folgueira I, Mezo M, González-Warleta M, Perteguer MJ, Romarís F, Leiro JM, Ubeira FM. Antibody responses to chimeric peptides derived from parasite antigens in mice and other animal species. Mol Immunol. 2018 Dec 17;106:1-11.

PUBMED DOI

Comparison of T24H-his, GST-T24H and GST-Ts8B2 recombinant antigens in western blot, ELISA and multiplex bead-based assay for diagnosis of neurocysticercosis.

Hernández-González A, Noh J, Perteguer MJ, Gárate T, Handali S. Comparison of T24H-his, GST-T24H and GST-Ts8B2 recombinant antigens in western blot, ELISA and multiplex bead-based assay for diagnosis of neurocysticercosis. Parasit Vectors. 2017 May 15;10(1):237.

PUBMED DOI

Characterization of Trichuris muris secreted proteins and extracellular vesicles provides new insights into host-parasite communication.

Eichenberger RM, Talukder MH, Field MA, Wangchuk P, Giacomin P, Loukas A, Sotillo J. Characterization of Trichuris muris secreted proteins and extracellular vesicles provides new insights into host-parasite communication. J Extracell Vesicles. 2018 Jan 21;7(1):1428004.

PUBMED DOI

Evaluation of onchocerciasis seroprevalence in Bioko Island (Equatorial Guinea) after years of disease control programmes.

Hernández-González A, Moya L, Perteguer MJ, Herrador Z, Nguema R, Nguema J, Aparicio P, Benito A, Gárate T. Evaluation of onchocerciasis seroprevalence in Bioko Island (Equatorial Guinea) after years of disease control programmes. Parasit Vectors. 2016 Sep 20;9(1):509.

PUBMED DOI

Changes in protein expression after treatment with Ancylostoma caninum excretory/secretory products in a mouse model of colitis.

Sotillo J, Ferreira I, Potriquet J, Laha T, Navarro S, Loukas A, Mulvenna J. Changes in protein expression after treatment with Ancylostoma caninum excretory/secretory products in a mouse model of colitis. Sci Rep. 2017 Feb 13;7:41883.

PUBMED DOI

Fasciola spp: Mapping of the MF6 epitope and antigenic analysis of the MF6p/HDM family of heme-binding proteins.

Martínez-Sernández V, Perteguer MJ, Mezo M, González-Warleta M, Gárate T, Valero MA, Ubeira FM. Fasciola spp: Mapping of the MF6 epitope and antigenic analysis of the MF6p/HDM family of heme-binding proteins. PLoS One. 2017 Nov 21;12(11):e0188520.

PUBMED DOI

Accumulation of endogenous free radicals is required to induce titan-like cell formation in Cryptococcus neoformans

Irene García-Barbazán, Alba Torres-Cano, Rocío García-Rodas, Martin Sachse, Daniel Luque, Diego Megías, Oscar Zaragoza. mBio. 2024 Jan 16;15(1):e0254923

PUBMED DOI

An alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains

15. Alcazar-Fuoli L, Buitrago M, Gomez-Lopez A, Mellado E. An alternative host model of a mixed fungal infection by azole susceptible and resistant Aspergillus spp strains. Virulence. 2015;6(4):376-84. doi: 10.1080/21505594.2015.1025192. PMID: 26065322.

PUBMED DOI

Effect of pneumococcal conjugate vaccines and SARS-CoV-2 on antimicrobial resistance and the emergence of Streptococcus pneumoniae serotypes with reduced susceptibility in Spain, 2004-20: a national surveillance study

Sempere J, Llamosí M, López Ruiz B, Del Río I, Pérez-García C, Lago D, Gimeno M, Coronel P, González-Camacho F, Domenech M, Yuste J. Effect of pneumococcal conjugate vaccines and SARS-CoV-2 on antimicrobial resistance and the emergence of Streptococcus pneumoniae serotypes with reduced susceptibility in Spain, 2004-20: a national surveillance study. Lancet Microbe. 2022 Oct;3(10):e744-e752.

PUBMED DOI

Seconeolitsine, the Novel Inhibitor of DNA Topoisomerase I, Protects against Invasive Pneumococcal Disease Caused by Fluoroquinolone-Resistant Strains

Tirado-Vélez JM, Carreño D, Sevillano D, Alou L, Yuste J, de la Campa AG. Seconeolitsine, the Novel Inhibitor of DNA Topoisomerase I, Protects against Invasive Pneumococcal Disease Caused by Fluoroquinolone-Resistant Strains. Antibiotics. 2021 May 13;10(5):573.

PUBMED DOI

Minilungs from Human Embryonic Stem Cells to Study the Interaction of Streptococcus pneumoniae with the Respiratory Tract

Sempere J, Rossi SA, Chamorro-Herrero I, González-Camacho F, de Lucas MP, Rojas-Cabañeros JM, Taborda CP, Zaragoza Ó, Yuste J, Zambrano A. Minilungs from Human Embryonic Stem Cells to Study the Interaction of Streptococcus pneumoniae with the Respiratory Tract. Microbiol Spectr. 2022 Jun 29;10(3):e0045322

PUBMED DOI

A national longitudinal study evaluating the activity of cefditoren and other antibiotics against non-susceptible Streptococcus pneumoniae strains during the period 2004-20 in Spain

Sempere J, González-Camacho F, Domenech M, Llamosí M, Del Río I, López-Ruiz B, Gimeno M, Coronel P, Yuste J. A national longitudinal study evaluating the activity of cefditoren and other antibiotics against non-susceptible Streptococcus pneumoniae strains during the period 2004-20 in Spain. J Antimicrob Chemother. 2022 Mar 31;77(4):1045-1051.

PUBMED DOI

Nationwide Trends of Invasive Pneumococcal Disease in Spain From 2009 Through 2019 in Children and Adults During the Pneumococcal Conjugate Vaccine Era

de Miguel S, Domenech M, González-Camacho F, Sempere J, Vicioso D, Sanz JC, Comas LG, Ardanuy C, Fenoll A, Yuste J. Nationwide Trends of Invasive Pneumococcal Disease in Spain From 2009 Through 2019 in Children and Adults During the Pneumococcal Conjugate Vaccine Era. Clin Infect Dis. 2021 Dec 6;73(11):e3778-e3787

PUBMED DOI

Pulmonary BCG induces lung-resident macrophage activation and confers long-term protection against tuberculosis

7. Mata E, Tarancón R, Guerrero C, Moreo E, Moreau F, Uranga S, Gomez AB, Marinova D, Domenech M, Gonzalez-Camacho F, Monzon M, Badiola J, Dominguez-Andres J, Yuste J, Anel A, Peixoto A, Martin C, Aguilo N. Pulmonary BCG induces lung-resident macrophage activation and confers long-term protection against tuberculosis. Sci Immunol. 2021 Sep 24;6(63):eabc2934

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Vaccination with LytA, LytC, or Pce of Streptococcus pneumoniae Protects against Sepsis by Inducing IgGs That Activate the Complement System

Corsini B, Aguinagalde L, Ruiz S, Domenech M, Yuste J. Vaccination with LytA, LytC, or Pce of Streptococcus pneumoniae Protects against Sepsis by Inducing IgGs That Activate the Complement System. Vaccines. 2021 Feb 23;9(2):186.

PUBMED DOI

Physiologic and transcriptomic effects triggered by overexpression of wild type and mutant DNA topoisomerase I in Streptococcus pneumoniae

García-López M, Hernández P, Megias D, Ferrándiz MJ, de la Campa AG. Int J Mol Sci. 2023; 24:15800.

PUBMED DOI

StaR Is a positive regulator of topoisomerase I activity involved in supercoiling maintenance in Streptococcus pneumoniae

de Vasconcelos Junior AA, Tirado-Vélez JM, Martín-Galiano AJ, Megias D, Ferrándiz MJ, Hernández P, Amblar M, de la Campa AG. Int J Mol Sci. 2023; 24:5973.

PUBMED DOI

Role of PatAB transporter in efflux of levofloxacin in Streptococcus pneumoniae

Amblar M, Zaballos A, de la Campa AG. Antibiotics. 2022; 17:1837.

PUBMED DOI

Seconeolitsine, the novel inhibitor of DNA topoisomerase I, protects against invasive pneumococcal disease caused by fluoroquinolone-resistant strains.

Tirado-Vélez JM, Carreño D, Sevillano D, Alou L, Yuste J, de la Campa AG. Antibiotics 2021; 10:573.

PUBMED DOI

Genome-wide proximity between RNA polymerase and DNA topoisomerase I supports transcription in Streptococcus pneumoniae

Ferrándiz M-J, Hernández P, de la Campa AG. PLoS Genet. 2021; 17:e1009542.

PUBMED DOI

A Small Non-Coding RNA Modulates Expression of Pilus-1 Type in Streptococcus pneumoniae

Acebo P, Herranz C, Bernal-Espenberger L, Gómez-Sanz A, Terron MC, Luque D and Amblar M. Microorganisms. 2021; 9:1883.

PUBMED DOI

Reactive oxygen species production is a major factor directing the post-antibiotic effect of fluoroquinolones in Streptococcus pneumoniae

García MT, Valenzuela MV, Ferrándiz MJ, de la Campa AG. Antimicrob Agents Chemother. 2019; 63:e00737-19.

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HU of Streptococcus pneumoniae is essential for the preservation of DNA supercoiling

Ferrándiz MJ, Carreño D, Ayora S, de la Campa AG. Front Microbiol. 9:493 (2018).

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Boldine-derived alkaloids inhibit the activity of DNA topoisomerase I and growth of Mycobacterium tuberculosis.

García MT, Carreño D, Tirado-Vélez JM, Ferrándiz MJ, Rodrigues L, Gracia B, Amblar M, Ainsa JA*, de la Campa AG. Front Microbiol. 9:493 (2018).

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Absence of tmRNA has a protective effect against fluoroquinolones in Streptococcus pneumoniae

Brito L, Wilton J, Ferrándiz MJ, Gómez-Sanz A, de la Campa AG, Amblar M. Front. Microbiol. 7:2164 (2017).

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Bridging chromosomal architecture and pathophysiology of Streptococcus pneumoniae

Martín-Galiano AJ, Ferrándiz MJ, de la Campa AG. Genome Biol Evol. 2017; 9:350-361.

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Upregulation of the PatAB transporter confers fluoroquinolone resistance to Streptococcus pseudopneumoniae

Alvarado M, Martín-Galiano AJ, Ferrándiz MJ, Zaballos A, de la Campa AG. Front Microbiol. 8:2074 (2017).

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A novel typing method for Streptococcus pneumoniae using selected surface proteins

Domenech A, Moreno J, Ardanuy C, Liñares J, de la Campa AG, Martin-Galiano AJ. Front Microbiol. 2016; 31;7:420.

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An increase in negative supercoiling in bacteria reveals topology-reacting gene clusters and a homeostatic response mediated by the DNA topoisomerase I gene

Ferrándiz MJ, Martín-Galiano AJ, Arnanz C, Camacho-Soguero I, Tirado-Vélez JM, de la Campa AG. 2016. Nucl Acids Res. 44:7292-7303 (2016).

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Reactive oxygen species contribute to the bactericidal effects of the fluoroquinolone moxifloxacin in Streptococcus pneumoniae

Ferrándiz MJ, Martín-Galiano AJ, Arnanz C, Zimmerman T, de la Campa AG. Antimicrob Agents Chemother. 60:409-417 (2016).

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The fluoroquinolone levofloxacin triggers the transcriptional activation of iron transport genes that contribute to cell death in Streptococcus pneumoniae.

Ferrándiz MJ, de la Campa AG. Antimicrob Agents Chemother. 58:247-257 (2014)

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Fluoroquinolone-resistant pneumococci: dynamics of serotypes and clones in Spain in 2012 compared with those from 2002 and 2006

Domenech A, Tirado-Vélez JM, Fenoll A, Ardanuy C, Yuste J, Liñares J, de la Campa AG. Antimicrob Agents Chemother. 58:2393-2399 (2014).

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The balance between gyrase and topoisomerase I activities determines levels of supercoiling, nucleoid compaction, and viability in bacteria

García-López M, Megias D, Ferrándiz MJ, de la Campa AG. Front Microbiol. 2023; 11;1094692.

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Tyrosine kinase 2 modulates splenic B cells through type I IFN and TLR7 signaling.

Bodega-Mayor I, Delgado-Wicke P, Arrabal A, Alegría-Carrasco E, Nicolao-Gómez A, Jaén-Castaño M, Espadas C, Dopazo A, Martín-Gayo E, Gaspar ML, de Andrés B, Fernández-Ruiz E. Cell Mol Life Sci. 2024 Apr 29;81(1):199.

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Content with Investigacion Resistencia a Antibióticos e IRAS .

List of staff

Additional Information

The research objectives focus on the areas of Bacterial Taxonomy and Microbiology in Public Health:

- Identification of pathogenic bacteria that are difficult to assign taxonomically
- Description of new species
- Study of bacterial population biology through typing
- Epidemiology of antimicrobial resistance and virulence factors for certain bacterial pathogens in different nosocomial/community settings.

These objectives are addressed from the perspective of polyphasic taxonomy (phenotypic and genotypic taxonomy) through the study of targets for genus/species assignment and phylogenetic analyses. The analysis of the virulome and resistome of certain species is approached from the perspective of complete genome sequencing.

Research on invasive infection by Streptococcus pyogenes and other beta-hemolytic streptococci has been carried out since 1994, through the Surveillance Program of the National Center for Microbiology. The typing of invasive S. pyogenes strains circulating in Spain includes determination of: serotype (emm-type); the genetic profile of streptococcal pyrogenic exotoxins; the antimicrobial resistance phenotype; and the genotypes of epidemiologically related strains and/or outbreaks.

The research objectives focus on the areas of Bacterial Taxonomy and Microbiology in Public Health:

- Identification of pathogenic bacteria that are difficult to assign taxonomically
- Description of new species
- Study of bacterial population biology through typing
- Epidemiology of antimicrobial resistance and virulence factors for certain bacterial pathogens in different nosocomial/community settings.

These objectives are addressed from the perspective of polyphasic taxonomy (phenotypic and genotypic taxonomy) through the study of targets for genus/species assignment and phylogenetic analyses. The analysis of the virulome and resistome of certain species is approached from the perspective of complete genome sequencing.

Research on invasive infection by Streptococcus pyogenes and other beta-hemolytic streptococci has been carried out since 1994, through the Surveillance Program of the National Center for Microbiology. The typing of invasive S. pyogenes strains circulating in Spain includes determination of: serotype (emm-type); the genetic profile of streptococcal pyrogenic exotoxins; the antimicrobial resistance phenotype; and the genotypes of epidemiologically related strains and/or outbreaks.

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