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Investigation
Human Papillomavirus
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En el Laboratorio de I.R.A.S., también denominado de "Infecciones Intrahospitalarias", nos centramos actualmente en la caracterización molecular de los estafilococos, tanto S. aureus, como coagulasa negativos.
Los marcadores moleculares habituales, en el caso de los S. aureus son: electroforesis en campo pulsado (PFGE), tipificación multilocus de secuencias (MLST), tipo de casete cromosómico estafilocócico (SSCmec), tipificación spa, También detectamos, entre otros, los genes mec y PVL, los genes que codifican la Toxina exfoliativa (SST) y la Toxina del Shock Tóxico. Asimismo, para la identificación de los estafilococos coagulasa negativos, secuenciamos los genes 16S, rpoB, tuf., a los que también aplicamos PFGE, SSCmec, MLST.
Nuestras líneas de investigación se centran, por un lado, en el estudio de los mecanismos de resistencia a las oxazolidinonas: gen cfr, dominio del gen 23S ARNr , gen rplC (riboproteína L3), gen rplD (riboproteína L4), gen rplV (riboproteína L22). Hemos detectado, por primera vez, la existencia de nuevas mutaciones en la riboproteína L4 en un paciente con fibrosis quística. Aparte de los estudios llevados a cabo de las resistencias al linezolid en distintos hospitales, estudiamos en colaboración con la Universidad de Tsukuba (Japón) y la Universidad Europea la prevalencia del plásmido pSCFS7 entre cepas cfr positivas de distintos hospitales españoles.
Por otra parte, participamos en estudios multicéntricos (2002-2014) para conocer mejor el estado de la población estafilocócica española, centrándonos fundamentalmente en las cepas de S. aureus resistentes a meticilina (SARM); dado que es un importante patógeno humano que causa una amplia variedad de infecciones que pueden ser leves, como algunas infecciones de piel y partes blandas, o graves, como bacteriemia, endocarditis, neumonía e infecciones de localización quirúrgica. Además, pueden producir una colonización asintomática, lo que facilita su transmisión y diseminación. Desde su descripción inicial en 1959 y durante varias décadas, el SARM se había considerado un patógeno confinado al ámbito sanitario, pero a partir de la década de los noventa, se describe la emergencia de cepas SARM responsables de infecciones aparentemente adquiridas en la comunidad.
Dentro de esta línea estamos colaborando en el proyecto: "Colonización por S. aureus resistente a la meticilina en niños sanos de la comunidad (estudio C.O.S.A.C.O.)", que es un estudio multicéntrico de ámbito nacional.
También colaboramos con otros laboratorios en distintos estudios, como: "Mecanismos de patogenicidad y protección en bacterias Gram positivas causantes de enfermedades respiratorias y bacteriemia".
Publications
pective comparative multi-centre study on imported Plasmodium ovale wallikeri and Plasmodium ovale curtisi infections.
Rojo-Marcos G, Rubio-Muñoz JM, Angheben A, Jaureguiberry S, García-Bujalance S, Tomasoni LR, Rodríguez-Valero N, Ruiz-Giardín JM, Salas-Coronas J, Cuadros-González J, García-Rodríguez M, Molina-Romero I, López-Vélez R, Gobbi F, Calderón-Moreno M, Martin-Echevarría E, Elía-López M, Llovo-Taboada J; TropNet Plasmodium ovale investigator group. Prospective comparative multi-centre study on imported Plasmodium ovale wallikeri and Plasmodium ovale curtisi infections. Malar J. 2018 Oct 30;17(1):399.
PUBMED DOIImported and autochthonous malaria in West Saudi Arabia: results from a reference hospital
Soliman RH, Garcia-Aranda P, Elzagawy SM, Hussein BE, Mayah WW, Martin Ramirez A, Ta-Tang TH, Rubio JM. Imported and autochthonous malaria in West Saudi Arabia: results from a reference hospital. Malar J. 2018 Aug 7;17(1):286.
PUBMED DOICryptosporidium hominis genotypes involved in increased incidence and clusters of cases, Navarra, Spain, 2012.
Fuentes, I., Martín, C., Beristain, X; Mazón,A, Saugar, JM, Blanco, A; García M, Cenoz, Valle-Cristia, Ezpeleta, C., Castilla, J. 2015. Cryptosporidium hominis genotypes involved in increased incidence and clusters of cases, Navarra, Spain, 2012. Epidemiology and Infection; 143:1033-6
PUBMED DOIMolecular genotyping of Giardia duodenalis isolates from symptomatic individuals attending two major public hospitals in Madrid, Spain.
Lucio A, Martínez-Ruiz R, Merino FJ, Bailo B, Aguilera M, Fuentes I, Carmena D. 2015. Molecular genotyping of Giardia duodenalis isolates from symptomatic individuals attending two major public hospitals in Madrid, Spain. PLoS One. 10 (12): e0143981.
PUBMED DOIOccurrence and subtype distribution of Blastocystis sp. in humans, dogs, and cats sharing household in northern Spain and assessment of zoonotic transmission risk.
Paulos S, Köster PC, de Lucio A, Hernández-de-Mingo M, Cardona GA, Fernández-Crespo JC, Stensvold RC, Carmena D. 2018. Occurrence and subtype distribution of Blastocystis sp. in humans, dogs, and cats sharing household in northern Spain and assessment of zoonotic transmission risk. Zoonoses and Public Health, 65:993-1002.
PUBMED DOIPhlebotomine sand fly survey in the focus of leishmaniasis of Madrid, Spain (2012–2014): seasonal dynamics, Leishmania infantum infection rates and blood meal preferences.
González E, Jiménez M, Hernández S, Martín-Martín I, Molina R. Phlebotomine sand fly survey in the focus of leishmaniasis of Madrid, Spain (2012–2014): seasonal dynamics, Leishmania infantum infection rates and blood meal preferences. Parasit Vectors 2017, 10:368.
PUBMED DOIMethods in Sand Fly Research
Molina R, Jiménez M, Alvar J, González E, Hernández-Taberna S, Martín-Martín Inés. 2017. Methods in Sand Fly Research (R. Molina, M. Jiménez & J. Alvar, edits.). Servicio de Publicaciones Universidad de Alcalá de Henares. ISBN: 978-84-16978-28-1
Factors associated with Leishmania asymptomatic infection: results from a cross-sectional survey in highland northern Ethiopia
Custodio E, Gadisa E, Sordo L, Cruz I, Moreno J, Nieto J, Chicharro C, Aseffa A, Abraham Z, Hailu T, Cañavate C. Factors associated with Leishmania asymptomatic infection: results from a cross-sectional survey in highland northern Ethiopia. PLoS Negl Trop Dis. 2012;6(9):e1813.
PUBMED DOICytokine Release Assays as Tests for Exposure to Leishmania, and for Confirming Cure from Leishmaniasis, in Solid Organ Transplant Recipients.
Carrillo E, Carrasco-Antón N, López-Medrano F, Salto E, Fernández L, San Martín JV, Alvar J, Aguado JM, Moreno J. Cytokine Release Assays as Tests for Exposure to Leishmania, and for Confirming Cure from Leishmaniasis, in Solid Organ Transplant Recipients. PLoS Negl Trop Dis. 2015 Oct 23;9(10):e0004179.
PUBMED DOIChemotactic Protein 1 in Plasma from Soluble Leishmania Antigen-Stimulated Whole Blood as a Potential Biomarker of the Cellular Immune Response to Leishmania infantum
Ibarra-Meneses AV, Sanchez C, Alvar J, Moreno J, Carrillo E. Monocyte Chemotactic Protein 1 in Plasma from Soluble Leishmania Antigen-Stimulated Whole Blood as a Potential Biomarker of the Cellular Immune Response to Leishmania infantum. Front Immunol. 2017 Sep 29;8:1208.
PUBMED DOICytokines and chemokines measured in dried SLA-stimulated whole blood spots for asymptomatic Leishmania infantum and Leishmania donovani infection.
Ibarra-Meneses AV, Mondal D, Alvar J, Moreno J, Carrillo E. Cytokines and chemokines measured in dried SLA-stimulated whole blood spots for asymptomatic Leishmania infantum and Leishmania donovani infection. Sci Rep. 2017 Dec 8;7(1):17266.
PUBMED DOICellular Markers of Active Disease and Cure in Different Forms of Leishmania infantum-Induced Disease.
Botana L, Matía B, San Martin JV, Romero-Maté A, Castro A, Molina L, Fernandez L, Ibarra-Meneses A, Aguado M, Sánchez C, Horrillo L, Chicharro C, Nieto J, Ortega S, Ruiz-Giardin JM, Carrillo E, Moreno J. Cellular Markers of Active Disease and Cure in Different Forms of Leishmania infantum-Induced Disease. Front Cell Infect Microbiol. 2018 Nov 13;8:381.
PUBMED DOICarroll MW et al. Temporal and spatial analysis of the 2014-2015 Ebola virus outbreak in West Africa. Nature.
Carroll MW et al. Temporal and spatial analysis of the 2014-2015 Ebola virus outbreak in West Africa. Nature. 2015 Aug 6;524(7563):97-101. doi: 10.1038/nature14594. Epub 2015 Jun 17. PMID: 26083749.
Fernandez-Garcia MD, Meertens L, Chazal M, Hafirassou ML, Dejarnac O, Zamborlini A, Despres P, Sauvonnet N, Arenzana-Seisdedos F, Jouvenet N, Amara A. Vaccine and Wild-Type Strains of Yellow Fever Virus Engage Distinct Entry Mechanisms and Differentially Stimulate Antiviral Immune Responses.
Fernandez-Garcia MD, Meertens L, Chazal M, Hafirassou ML, Dejarnac O, Zamborlini A, Despres P, Sauvonnet N, Arenzana-Seisdedos F, Jouvenet N, Amara A. Vaccine and Wild-Type Strains of Yellow Fever Virus Engage Distinct Entry Mechanisms and Differentially Stimulate Antiviral Immune Responses. mBio. 2016 Feb 9;7(1):e01956-15. doi: 10.1128/mBio.01956-15. PMID: 26861019; PMCID:PMC4752603.
Identification and whole-genome characterization of a recombinant Enterovirus B69 isolated from a patient with Acute Flaccid Paralysis in Niger, 2015
Fernandez-Garcia MD, Majumdar M, Kebe O, Ndiaye K, Martin J. Identification and whole-genome characterization of a recombinant Enterovirus B69 isolated from a patient with Acute Flaccid Paralysis in Niger, 2015. Sci Rep. 2018 Feb 1;8(1):2181. doi: 10.1038/s41598-018-20346-9. PMID: 29391547; PMCID: PMC5795009.
Majumdar M, Sharif S, Klapsa D, Wilton T, Alam MM, Fernandez-Garcia MD, Rehman L, Mujtaba G, McAllister G, Harvala H, Templeton K, Mee ET, Asghar H, Ndiaye K, Minor PD, Martin J. Environmental Surveillance Reveals Complex Enterovirus Circulation Patterns in Human Populations. Open Forum Infect Dis. 2018
Majumdar M, Sharif S, Klapsa D, Wilton T, Alam MM, Fernandez-Garcia MD, Rehman L, Mujtaba G, McAllister G, Harvala H, Templeton K, Mee ET, Asghar H, Ndiaye K, Minor PD, Martin J. Environmental Surveillance Reveals Complex Enterovirus Circulation Patterns in Human Populations. Open Forum Infect Dis. 2018 Oct 1;5(10):ofy250. doi: 10.1093/ofid/ofy250. PMID: 30377626; PMCID: PMC6201154.
Fernandez-Garcia MD, Majumdar M, Kebe O, Fall AD, Kone M, Kande M, Dabo M, Sylla MS, Sompare D, Howard W, Faye O, Martin J, Ndiaye K. Emergence of Vaccine-Derived Polioviruses during Ebola Virus Disease Outbreak, Guinea, 2014-2015.
Fernandez-Garcia MD, Majumdar M, Kebe O, Fall AD, Kone M, Kande M, Dabo M, Sylla MS, Sompare D, Howard W, Faye O, Martin J, Ndiaye K. Emergence of Vaccine-Derived Polioviruses during Ebola Virus Disease Outbreak, Guinea, 2014-2015. Emerg Infect Dis. 2018 Jan;24(1):65-74. doi: 10.3201/eid2401.171174. PMID:29260690; PMCID: PMC5749474.
Content with Investigacion .
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Carmen Marcos Moreno
Ayudante de Investigación de OPIs
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Federico Román Alonso
Científico Titular de OPIs
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Verónica Casquero García
Técnico Superior Especializado de OPIs
ORCID code: 0000-0002-2365-394X
Verónica Casquero García es Licenciada en Bioquímica y en Biología, con amplia experiencia en técnicas de biología molecular, incluyendo aislamiento de ADN y ARN, PCR, RT- y qPCR, clonaje, mutagénesis dirigida, silenciamiento génico mediante shRNA y edición génica con CRISPR-Cas9. Posee experiencia en cultivo y manipulación de células madre embrionarias de ratón, células primarias de ratón y humano y líneas celulares, así como en técnicas de bioquímica de proteínas y en microscopía. Su trayectoria investigadora abarca varios centros incluyendo CSIC, CNIC y CNIO. Desde su incorporación al CNM en el Laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos e IRAS ha sido clave en la actualización y desarrollo de técnicas moleculares y pruebas diagnósticas del Programa de Vigilancia en Infecciones Estafilocócicas. Domina la extracción de ADN/ARN bacteriano de distintos tipos de muestras y la preparación de librerías para secuenciación genómica, metagenómica y metatranscriptómica.
List of staff
Additional Information
Diagnosis/Reference: detection and genotyping of the Human Papillomavirus, tests offered at https://cnm-laboratorios.isciii.es/.
For additional studies contact the laboratory.
• Molecular epidemiology of infections caused by HPV in the general population and in different risk groups.
• Surveillance of the distribution of genotypes in the population to monitor the effectiveness of vaccination against HPV.
• Development of new methodology for the diagnosis and characterization of infections caused by HPV.
Diagnosis/Reference: detection and genotyping of the Human Papillomavirus, tests offered at https://cnm-laboratorios.isciii.es/.
For additional studies contact the laboratory.
• Molecular epidemiology of infections caused by HPV in the general population and in different risk groups.
• Surveillance of the distribution of genotypes in the population to monitor the effectiveness of vaccination against HPV.
• Development of new methodology for the diagnosis and characterization of infections caused by HPV.
The current director of CNM is Dr. José Miguel Rubio Muñoz.
Dr. José Miguel Rubio has a degree in Biological Sciences from the Universidad Autónoma de Madrid (1986) and a PhD in Biological Sciences from the same university (1992). He carried out his doctoral thesis at the Department of Genetics of the Universidad Autónoma de Madrid, as Associate Professor (1988-1989), and at the School of Biology of the University of East Anglia in Norwich, UK, as Senior Research Assistant (1989-1992).
During his postdoctoral period he obtained a grant from the European Commission within the Human Capital and Mobility Program to be carried out at the University of “La Sapienza” in Rome, Italy and the Institute of Molecular Biology and Biotechnology in Crete, Greece (1993-1994). Subsequently, he made a further stay funded by the WHO and the university itself at the Department of Entomology, Wageningen University, The Netherlands (1994-1996).
Since 1997 he has been a member of the Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), where he joined the Department of Parasitology of the National Center of Microbiology, as an EU-INCO postdoctoral fellow and later with a grant from the Autonomous Community of Madrid (CAM). She was part of the founding group of the National Center for Tropical Medicine (2003-2006) and of the 24/7 Alerts and Emergencies Unit (2006-2018) and is currently Head of the Malaria and Emerging Parasitosis Unit of the National Microbiology Center and is part, as research staff, of the Center for Biomedical Research Network on Infectious Diseases (CIBERINFEC/ISCIII).
During his scientific career he has been Visiting Scientist at the Leonidas e Marie Dean Center (FIOCRUZ-AMAZONAS, Manaus, Brazil) and is an External Consultant of the Parasitology Departments of Cairo University (Egypt) and the Medical Research Center (MRC) of Kuala Lumpur (Malaysia). He also belongs or has belonged to different national and international committees: Member of the expert group for malaria control of the European Centre for Disease Control (ECDC) since 2011; Expert-Evaluator for health programs of the European Commission since 2004; Spanish Representative (commissioned by ISCIII and MSC) in the Technical Scientific Committee of the TDR (WHO) 2007-2008; Spanish Deputy Focal Point for microbiology at the European Centre for Disease Control (ECDC) from 2012 to 2020; and, member of the Research Ethics Committee of ISCIII until 2019.
In this period he has published more than 100 articles in international indexed journals, 10 book chapters and has been co-editor of two books in the area of malaria, tropical medicine and neglected diseases. He has participated in 58 competitively funded research projects, 20 of them international, having been the principal investigator in 8 national and 11 international projects as PI of the project or WP leader. In addition, he has led five agreements with companies. Currently he has been awarded four sexenios of research, being presented this year 2025 to the fifth. In the teaching field, he participates in different postgraduate programs in the areas of microbiology and parasitology, having directed seven doctoral theses and more than 20 Master's or Degree final projects, both nationally and internationally.
El laboratorio de Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ofrece una amplia cartera de servicios al Sistema Nacional de Salud, las cuales pueden solicitarse en cnm-laboratorios.isciii.es. Jefe del Laboratorio: Jesús Oteo Iglesias (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica).
Dispone de dos programas de Vigilancia oficiales y gratuitos que engloban los ensayos ofertados ya sea como aislamientos individuales o mediante estudio de brotes. El Laboratorio utiliza asimismo técnicas de PCR en tiempo real para la detección de genes de resistencia, estas técnicas se han adaptado a un formato multiplex que permite detectar varios genes en la misma reacción. En los últimos años se han incluido metodologías basadas en la secuenciación de genomas completos para el análisis de bacterias multiresistentes (WGS).
Programa de vigilancia de Haemophilus influenzae. Responsables: María Pérez Vázquez (Punto focal Nacional de Haemophilus influenzae) y Belén Aracil. Laboratorio encargado de la identificación, estudio de sensibilidad y análisis genotípico de aislados de Haemophilus influenzae, centrándose esencialmente en la patología invasiva debida este patógeno.
Programa de vigilancia de Resistencia a Antibióticos. Responsables: María Pérez Vázquez y Belén Aracil (Punto focal Nacional de Resistencia antibiótica). Laboratorio encargado de la identificación, el estudio de sensibilidad antibiótica, y el diagnóstico fenotípico y genotípico de los diferentes mecanismos de resistencia a antibióticos fundamentalmente en enterobacterias y gram-negativos no fermentadores y Enterococcus spp.
Estudio de brotes. Responsables: Belén Aracil y María Pérez Vázquez. El programa incluye la caracterización de brotes nosocomiales y clones emergentes de alto riesgo mediante diferentes técnicas moleculares (tabla resumen). Éstas, nos permiten realizar estudios filogenéticos con el fin de obtener una información detallada acerca la relación entre los diferentes aislados y su trazabilidad. El objetivo final es generar datos que se transfieren a los hospitales como ayuda para la prevención o control de la propagación del brote.
Acreditación y Calidad. Responsable: Belén Aracil. El laboratorio Referencia e Investigación en Resistencia a Antibióticos ha sido de los primeros en el ISCIII en la utilización de técnicas acreditadas por la Entidad Nacional de Acreditaciones (ENAC). Este laboratorio consiguió la primera acreditación homologada de técnicas diagnósticas en 2012, programa que ha sido ampliado, de manera que en la actualidad más de la mitad de las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud están debidamente acreditadas por ENAC.
Técnicos responsables de las técnicas realizadas en el Laboratorio: Noelia Lara Fuella y Verónica Bautista Sánchez.
En la siguiente imagen se resumen las técnicas ofrecidas al Sistema Nacional de Salud.
| PROGRAMAS | NOMBRE CARTERA SERVICIO | PATÓGENO | DETERMINACIÓN, DETECCIÓN, ANÁLISIS | MÉTODOS |
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Programa de vigilancia de Haemophilus Programa de vigilancia de resistencia a antibióticos. |
Identificación bacteriana |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus spp |
Identificación bacteriana |
Bioquímicos MALDI TOF Secuenciación de RNAr |
| | Identificación capsular |
Haemophilus influenzae
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Identificación capsular fenotípica y genotípica |
Aglutinación serológica en latex PCR ind/multiplex |
| | Determinación de Sensibilidad |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
|
Determinación de Sensibilidad |
Microdilución Tiras epsilon Kirby Bauer |
| | Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia |
Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores,
|
Métodos fenotípicos de detección de mecanismos de resistencia |
Discos y tabletas combinados con inhibidores Tiras combinadas Test de Hodge modificado CabaNP Inmunocromatografía CBP |
| | Métodos genotípicos de detección de mecanismos de resistencia |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
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ADN, PCR y secuenciación |
PCR ind/multiplex Análisis comparativo de las secuencias |
| | Tipificación molecular/análisis filogenéticos |
Haemophilus sp. Enterobacterias, gram-negativos no fermentadores, Enterococcus
|
Corte enzimas de restricción, electroforesis ADN, PCR y secuenciación Preparación de librerías y secuenciación y análisis de genomas completos |
PFGE
MLST
WGS |