El Centro Nacional de Epidemiología (CNE) tiene como meta generar información y nuevas evidencias para la toma de decisiones en salud pública. El CNE trabaja al servicio de la salud pública, contribuyendo al control de enfermedades y riesgos en colaboración con las comunidades autónomas, el Ministerio de Sanidad y el resto de la administración general del Estado con competencias sanitarias.
El Centro Nacional de Microbiología (CNM) es uno de los centros pertenecientes al Instituto de Salud Carlos III, y proporciona apoyo científico-técnico a la Administración General del Estado, a las Comunidades Autónomas y al Sistema Nacional de Salud (SNS), tal y como se recoge en La Ley General de Sanidad (Ley 14/1986, de 25 de abril) y el Estatuto del Instituto de Salud Carlos III (RD 375/2001, de 6 abril y su posterior reforma, RD 1672/2009, de 6 de noviembre).
Es el órgano científico-técnico del Instituto de Salud Carlos III, especializado en los aspectos sanitarios derivados de la contaminación medioambiental. Fue creado mediante RD 252/1974 y posteriormente, adscrito al Instituto de Salud Carlos III.
El Centro Nacional de Medicina Tropical (http://www.psglobal.es/el-centro) se crea por orden del 27 de diciembre de 2001 (publicado en BOE del 11 de enero de 2002) para responder a la creciente movilidad internacional (inmigración y viajeros) pero también por la mayor presencia española en programas de cooperación internacional con el objetivo de "reforzar la asistencia, investigación y docencia en enfermedades tropicales y establecer programas de cooperación científico-técnica con países donde existen estas patologías".
El Instituto de Investigación de Enfermedades Raras (IIER), forma parte de la estructura del Instituto de Salud Carlos III (ISCIII), dependiendo de la Subdirección General de Servicios Aplicados, Formación e Investigación. Colabora con el Ministerio de Sanidad, Consumo y Bienestar Social (MSCBS) en el desarrollo del Registro Estatal de Enfermedades Raras y en la Estrategia Nacional para estas enfermedades.
La Agencia de Evaluación de Tecnologías Sanitarias (AETS) atiende las necesidades de información y evidencia científica del SNS en relación con la definición de la política de prestaciones sanitarias y la mejora de la calidad y eficiencia. Para ello, ofrece valoraciones objetivas de los impactos en salud, social, ético, organizativo y económico de las técnicas, procedimientos e intervenciones sanitarias, para contribuir a sustentar sobre bases científicas, las decisiones de autoridades y demás agentes sanitarios.
Las enfermedades crónicas comprenden uno de los grupos de patologías con mayor carga de enfermedad y discapacidad, siendo responsables de hasta el 60% de todas las muertes en el mundo occidental. La UFIEC realiza actividades que reflejan el enfoque integral en la investigación de enfermedades crónicas, abordando tanto el diagnóstico como el desarrollo de terapias avanzadas. Además, la utilización de tecnologías avanzadas, como la biotecnología de células troncales y organoides, demuestra el compromiso de la unidad con la aplicación de métodos innovadores en la investigación médica.
La Unidad de Investigación en Telemedicina y Salud Digital (UITeS) promueve y desarrolla actividades de I+D+i y Formación en el campo de las TIC aplicadas a la Salud. Las actividades de la UITeS reflejan el compromiso en el desarrollo y la aplicación de tecnologías digitales en el ámbito de la salud, abordando aspectos clave como la interoperabilidad, la seguridad, la capacitación, y la evaluación de servicios digitales para la atención médica. La creación de la Plataforma abierta para la Innovación en Telemedicina y Salud subraya su enfoque en fomentar la innovación en este campo.
Investén-isciii

Unidad de Investigación en cuidados y servicios de salud (Investén-isciii)
La Unidad de investigación en cuidados y servicios de salud (Investén-isciii) tiene como objetivo fomentar la investigación en cuidados de enfermería y otras disciplinas relacionadas. Investén-isciii incluye profesionales, en su mayor parte de enfermería de todas las comunidades autónomas. Su ámbito de influencia es nacional, en ella están involucradas las diferentes áreas de trabajo de los profesionales de enfermería y disciplinas afines: la atención primaria, la hospitalaria, las instituciones docentes y las diferentes áreas de gestión de la provisión de cuidados. Las actividades de Investén-isciii reflejan el compromiso en fortalecer la investigación en cuidados de salud, promover la aplicación de la evidencia en la práctica clínica y contribuir a la mejora continua de la atención sanitaria en España. La participación en redes de investigación y la colaboración nacional e internacional destacan su papel en la comunidad científica y asistencial.
El Laboratorio lleva a cabo una labor de lucha antidopaje fundamental para garantizar un deporte limpio, impulsando el cuidado de la salud de deportistas profesionales y concienciando a su entorno y a la población en general de los peligros del dopaje y sus posibles efectos secundarios para la salud de las personas.
Las Unidades Centrales Científico-Técnicas (UCCTs) dan apoyo científico-técnico de alta calidad a los distintos investigadores y proveedores de servicios del ISCIII, dedicando parte de sus esfuerzos a la investigación y desarrollo de nuevos abordajes y tecnologías relacionados de forma que puedan mantenerse en todo momento actualizadas para proporcionar los últimos avances en el campo a sus usuarios. Entre las Unidades más destacadas se encuentran la Unidades de Genómica, Veterinaria, Microscopía Electrónica,y Microscopía Óptica Avanzada y Citometría de Flujo.